Übereinstimmungen aus proteomischer und transkriptomi-

Unterex-pression von Untereinheiten mitochondrialer Atmungskettenkomplexe ergeben hatten, zu ei-nem Großteil bestätigt werden. In Tabelle 5.21 sind ORFs hellgrau unterlegt, die ebenfalls auf

Ausschnitt unterexprimierter mitochondrialer Gene aus dem Transkriptom der HYP-Mutante G81

ORF Gen Beschreibung FC±SD FC

(Anox.¹) Anox.

Q0045 COX1 Cytochrom-c-Oxidase Untereinheit I (mt-DNA, 13848-13988) -19,61±10,381 Q0045 COX1 Cytochrom-c-Oxidase Untereinheit I (mt-DNA, 20508-20984) -18,18±3,967 Q0045 COX1 Cytochrom-c-Oxidase Untereinheit I (mt-DNA, 23612-23746) -8,33±6,111 Q0045 COX1 Cytochrom-c-Oxidase Untereinheit I (mt-DNA, 26627-26701) -5,88±6,574 Q0045 COX1 Cytochrom-c-Oxidase Untereinheit I (mt-DNA, 26228-26530) -5,26±4,155 Q0060 AI3 DNA-Endonuclease ai3 (mt-DNA, 18992-19996) -5,88±5,190 Q0085 ATP6 F1F0-ATPase-Komplex, F0-A-Untereinheit (mt-DNA, 28487-29266) -13,89±0,579 Q0130 OLI1 F1F0-ATPase-Komplex, F0-Untereinheit 9 (mt-DNA, 46723-46953) -7,69±5,858 Q0105 COB Ubiquinol-Cytochr.-c-Red.ase (Cytochr.B) (mt-DNA, 43297-43647) -10,00±4,700 Q0105 COB Ubiquinol-Cytochr.-c-Red.ase (Cytochr.B) (mt-DNA, 40841-41093) -5,88±3,460 Q0105 COB Ubiquinol-Cytochr.-c-Red.ase (Cytochr.B) (mt-DNA, 39141-39217) -5,26±3,324 Q0105 COB Ubiquinol-Cytochr.-c-Red.ase (Cytochr.B) (mt-DNA, 36540-36954) -5,26±3,490 Q0105 COB Ubiquinol-Cytochr.-c-Red.ase (Cytochr.B) (mt-DNA, 42508-42561) -4,35±3,214 Q0055 AI2 COX1-Intron-2-Protein (mt-DNA, 16473-18830) -4,76±4,218 Q0080 AAP1 F1F0-ATPase-Komplex, F0-Untereinheit 8 (mt-DNA, 27666-27812) -4,55±1,674 Q0250 COX2 Cytochrom-C-Oxidase Untereinheit II (mt-DNA, 74495-75622) -2,22±0,691 Q0140 VAR1 mitochondriales ribosomales Protein (mt-DNA, 48901-50097) -2,94±1,990

YJL133W MRS3 mitochondriales Carrier-Protein -4,55±0,207 -1,07

YKL029C MAE1 mitochondriales Malat-Enzym -4,55±0,413 1,34

YEL033W schwache Ähnlichkeit zu Sauroleishmania-mitoch. ORF-5-Protein -4,00±1,920 -2,39 a

YKL016C ATP7 ATP-Synthase d-Untereinheit -3,57±0,472 -1,81 a

YDL181W INH1 ATPase-Inhibitor -3,45±1,189 -1,72 a

YNL052W COX5A Cytochrom-c-Oxidase, Kette Va -3,45±0,844 -3,15 a

YLL041C SDH2 Succinatdehydrogenase (Ubiquinon), Eisen-Schwefel-Prot. -3,33±0,167 -2,15 a

YDL004W ATP16 ATP-Synthaseδ-Untereinheit -3,13±0,684 -1,92 a

YOR065W CYT1 Cytochrom c1 -3,03±0,055 -7,04 a

YDR377W ATP17 ATP synthase f-Untereinheit -3,03±0,735 -1,64 a

YBR039W ATP3 γ-Untereinheit der mitochondrialen ATP-Synthase -3,03±0,643 -1,72 a YKL148C SDH1 Flavoprotein-Untereinheit der Succinatdehydrogenase -2,94±0,433 -2,20 a

YKL141W SDH3 Succinatdehydrogenase, Cytochrom b -2,86±0,327 -1,57 a

YFR049W YMR31 mitochondriales ribosomales Protein (precursor) -2,78±0,849 -1,76 a YJR144W MGM101 involviert in die Erhaltung des mitochondrialen Genoms -2,78±0,270 -1,25

YGL187C COX4 Untereinheit IV der Cytochrom-c-Oxidase -2,78±0,309 -4,46 a

YPR020W ATP20 Untereinheit G der mitoch. F1F0-ATP-Synthase (Dimerform) -2,78±1,080 -2,60 a YDL198C YHM1 benötigt für die Erhaltung des mitochondrialen Genoms -2,70±0,584 -2,49 a YEL024W RIP1 Rieske-Eisen-Schwefel-Prot. des mitoch. Cytochrom-bc1-Komplexes -2,70±0,095 -4,24 a YDR298C ATP5 ATP-Synthase Untereinheit 5; F1-δ; verleiht Oligomycin- Sensitivität -2,63±0,097 -2,66 a YML120C NDI1 mitochondriale NADH-Ubiquinon-6-Oxidoreduktase -2,63±0,277 -2,32 a YDR178W SDH4 Succinatdehydrogenase, Membrananker-Untereinheit -2,63±1,177 -2,22 a

YLR295C ATP14 ATP-Synthase, Untereinheit h -2,44±0,595 -1,94 a

YOR176W HEM15 Ferrochelatase (katalysiert letzten Schritt der Häm-Synthese) -2,44±0,357 1,3 YDL066W IDP1 mitochondriale Form der NADP-spezifischen Isocitratdehydrogenase -2,44±0,297 -1,36 a YPL271W ATP15 nukleäres Gen für die ATP-Synthase-ε-Untereinheit -2,44±0,476 -1,67 a YPR191W QCR2 40 kDa-Ubiquinol-Cytochrom-c-Reduktase Hüllen-Protein 2 -2,44±0,714 -2,06 a YPL078C ATP4 F1F0-ATPase-Komplex, F0-Unterienheit 4, mitochondrial -2,38±0,227 -2,02 a

YKL150W MCR1 NADH-Cytochrom-b5-Reduktase -2,38±0,340 -2,12 a

YJR048W CYC1 Iso-1-Cytochrom-c -2,33±0,487 -22,22 a

YIL070C MAM33 mitochondriales saueres Matrix-Protein -2,33±1,514 -1,97 a

YJL208C NUC1 mitochondriale Nuklease -2,27±0,517 -2,23 a

YJL063C MRPL8 mitochondriales ribosomales Protein MRPL8 (YmL8) -2,22±0,840 -1,80 a

YLR395C COX8 Cytochrom-c-Oxidase, Kette VIII -2,17±0,236 -3,40 a

YKR066C CCP1 Cytochrom-c-Peroxidase -2,17±0,709 1,88

YGL191W COX13 Untereinheit VIa der Cytochrom-c-Oxidase, interagiert spezif. mit ATP -2,08±0,694 -2,69 a YDL067C COX9 Untereinheit VIIa der Cytochrom-c-Oxidase -2,04±0,392 1,24

YPR058W YMC1 mitochondriales Transportprotein -2,00±0,120 -1,04

YGR183C QCR9 7,3 kDa-Untereinh. 9 des Ubiquinol-Cyto.-c-Oxidoreduktase-Kompl. -2,00±0,240 -1,73 a

YKL142W MRP8 mitochondriales ribosomales Protein -1,92±0,518 1,1

YMR081C ISF1 UPF1-regulierende Funktion auf mRNA-Turnover-Ebene -1,92±1,036 1,63 YLR038C COX12 Untereinheit VIb der Cytochrom-c-Oxidase -1,92±0,259 -4,85 a YMR256C COX7 Untereinheit VII der Cytochrom-c-Oxidase -1,89±0,214 -3,44 a YBL045C COR1 44 kDa-Hauptproteinn der Coenzym-QH2-Cytochrom-c-Reduktase -1,85±0,446 -3,73 a YML091C RPM2 Untereinheit der mitochondrialen RNase P -1,85±1,029 -1,86 a

YDL078C MDH3 Malatdehydrogenase -1,85±0,274 -1,39 a

YER141W COX15 Cytochrom-Oxidase-Verbindungsfaktor -1,79±0,274 -1,03

YDR529C QCR7 Ubiquinol-Cytochrom-c-Oxidoreduktase, Untereinheit 7 (14 kDa) -1,79±0,415 -2,65 a

YMR056C AAC1 mitochondrialer ADP/ATP-Translokator -1,79±0,446 -1,00

YNL137C NAM9 mitochondriales ribosomales Protein, kleine Untereinheit -1,79±0,089 -1,68 a

YMR072W ABF2 HMG-1-Protein, mitochondrial -1,79±0,383 1,53

YBR084W MIS1 mitochondriale C1-Tetrahydroflat-Synthase -1,75±0,154 -1,30 a YBR251W MRPS5 mitochondriales ribosomales Protein, kleine Untereinheit -1,75±0,523 -1,21 YOR045W TOM6 Komponente des mitoch. Protein-Translokations-Komplexes -1,75±0,708 -1,24

YML081C-A ATP18 Protein assoziiert an ATP-Synthase -1,75±0,154

YMR241W YHM2 mtDNA stabilisierendes Protein, innere Mitochondrienmembran -1,69±0,115 -1,72 a YJR121W ATP2 F1F0-ATPase-Komplex,β-Untereinheit, mitochondrial -1,37±0,038

YLR393W ATP10 essentiell für den Zusammenbau einer funkt. mitoch. ATPase -1,35±0,073 YBL099W ATP1 mitochondriale F1F0-ATPase,α-Untereinheit -1,16±0,041 YJL180C ATP12 essentiell für den Zusammenbau einer funktionellen F1-ATPase -1,02±0,479 YNL315C ATP11 essentiell für den Zusammenbau einer funktionellen F1-ATPase 1,07±0,120

ORF Gen Beschreibung FC±SD Avg.FC¹ CKI score¹ YOL155C Ähnlichkeit mit Glucan-1,4-α-glucosidase Sta1p YAR066w -3,47±0,866 0,74 -0,44 YOL154W ZPS1 Zink- und pH-reguliertes Oberflächenprotein, Glykoprotein -2,65±0,537 0,56 -0,63 YML123C PHO84 Transporter für anorganisches Phosphat -2,39±1,441 0,27 -1,00

YLR359W ADE13 Adenylosuccinatlyase -2,36±1,028 0,72 -0,50

YER072W VTC1 vakuoläres Transporter-Chaperon, homolog zu S. pombe Nrf1p -2,03±0,269 0,55 -1,00

YER003C PMI40 Mannose-6-phosphatisomerase -1,84±0,156 0,68 -0,47

YMR241W YHM2 mtDNA stabilisierendes Protein, innere

Mitochondrienmembran -1,70±0,125 0,67 -0,41

YBR072W HSP26 Hitzeschock-Protein 26 -1,70±0,391 0,77 -0,44

YJL012C VTC4 schwache Ähnlichkeit zum regulatorischen Protein Pho81p,

vakuoläre Membran -1,68±0,074 0,63 -0,53

YDR280W RRP45 mögliche 3’->5’-Exoribonuklease, Komponente des

Exosomen-Komplexes -1,63±0,115 0,81 -0,41

YJR118C ILM1 uncharakterisierter Transporter, Null-Mutante zeigt

Wachstumsdefekt auf vergärbaren Kohlenstoffquellen -1,57±0,305 0,71 -0,44 YNL110C NOP15 nukleolares Protein, inv. in Ribosomen-Biosynthese -1,57±0,104 0,77 -0,41 YER146W LSM5 Sm-artiges Protein, inv. in mRNA-Abbauwegen -1,56±0,066 0,79 -0,44 YDL084W SUB2 ATP-abhängige RNA-Helikase, pre-mRNA-Splicing-Faktor,

inv. in mRNA-Kern- Export

-1,48±0,440 0,77 -0,41 YDR492W unbekannte Funktion, starke Ähnlichkeit zum hypothet.

Protein YOL002c

-1,48±0,043 0,81 -0,44 YJL111W CCT7 Komponente des cytosol. Chaperonin-Cct-Ringkomplexes

(Cytoskelett-Biogenese) -1,43±0,150 0,74 -0,41

Tabelle 5.22: 16 abgereicherte RNA-Spezies (40 %) in der Punktmutante G₈₁, die ebenfalls im Datensatz der 41 (100 %) herunterregulierten ORFs einer genomweiten Transkriptionsprofilanalysen von UPF123⁻-Mutanten [LELIVELTund CULBERTSON1999] enthalten waren.

(1): Angabe des Anreicherungsfaktors „Avg.FC“ und des Reproduzierbarkeit-Indikators „CKI score“ aus der UPF123⁻-Studie.

Das hellgrau unterlegte Gen HSP26 wurde in der Proteinexpressionsstudie mitochondrialer Proteine nach Kultur-Inkubation bei 37°C als in den Mutantenstämmen unterexprimiert gefunden.

Die dunkelgraue Unterlegung kennzeichnet erneut das Suppressorgen YHM2 des G^(ts)₈₁ -Phänotyps [YOUNG1998].

Proteinebene abgereichert gefunden wurden.

Wiedergefunden wurden folgende Untereinheiten aus den Atmungskettenkomplexen:

- ATP-Synthase-Komplex: ATP4, ATP7 und ATP16, - Cytochrom-bc-1-Komplex: QRC2, QCR7,

- Succinat-Dehydrogenase-Komplex: SDH1.

Desweiteren konnte die Abreicherung des 26kDa-Hitzeschockproteins Hsp26p auf Transkrip-tomebene ebenfalls bestätigt werden (Tabelle 5.22). Das Gen war auch unter den reproduzierbar abgereicherten 41 Probensäzten im Datensatz von [LELIVELTund CULBERTSON1999] enthal-ten.

5.1.9.10.1 Vergleich mit anoxischen Daten

Zellen unter anaeroben Bedingungen besitzen wie bei G₈₁eine abgeschwächte mitochondriale Atmungsaktivität. Ein Großteil der am stärksten abgereicherten Gene wies analoges Verhalten in einer genomweiten Studie zur Reaktion von Saccharomyces cerevisiae auf Sauerstoffaus-schluss auf. Dieses Ergebnis spiegelt sich repräsentativ in den 70 am stärksten abgereicherten ORFs von Tabelle 5.1.9.9 (Spalten 6 und 7) wider, in der Ergebnisse aus der Anoxie-Studie [KWASTet al. 2002] (Probensätze von mitochondrial codierten Genen sind dort nicht berück-sichtigt) enthalten sind. Dabei waren von den 70 Probensätzen 41(59%) in beiden Datensätzen deutlich abgereichert.

Der umfassendere Vergleich mit den anoxischen Transkriptomdaten verdeutlichte aber, dass ein Großteil der unter Ausschluss von Sauerstoff mittelstark oder schwächer abgereicherten

Abbildung 5.43: Überlappung angereicherter Transkripte in der G₈₁-HDOA-Analyse mit denen von upf∆-Stämmen [HEet al. 2003] und Hefestämmen unter anaeroben Bedingungen [KWASTet al. 2002].

In das Venn-Diagramm wurden nur akkumulierende Transkripte aus den drei Studien mit einem FC-Faktor≥1,7 und einem p-Wert unter 0,065 einbezogen.

ORFs nicht unter den abgereicherten Transkripten bei G₈₁ zu finden war. Von insgesamt 250 signifikant abgereicherten ORFs überlappten 20% mit der Anoxie-Studie.

Es stellte sich auch die Frage, ob das Muster angereicherter Transkripte in der Mutante kausal durch die eingeschränkte mitochondriale Atmung mitverursacht war. Daher wurden die angereicherten Transkripte ebenfalls mit denen des anoxischen Datensatzes verglichen.

Abbildung 5.43 zeigt die Überlappung der 533 signifikant angereicherten Probensätzen mit 335 ORFs, welche bei Sauerstoffausschluss akkumulierten [KWASTet al. 2002]. In den Ver-gleich wurde die gemittelte Zahl angereicherter ORFs aus upf∆-Stämmen [H^E et al. 2003]

einbezogen. 384 (72%) dieser Transkripte waren auch in G₈₁-Stämmen angereichert. Dagegen wurden im Vergleich zur Anoxiestudie nur 56 gleiche Transkripte (11%) gefunden. Dies zeigt, dass das Anreicherungstranskriptom von G₈₁ nicht durch eine ausfallende mitochondriale At-mung ausgelöst wird.

Im Dokument Funktionelle Analyse des Hypusin enthaltenden Proteins in Saccharomyces cerevisiae (Seite 145-148)