4 Ergebnisse
4.2 MLST-Analyse
4.2.2 Auswahl von Isolaten für die MLST-Analyse und Darstellung der
Im Folgenden wird für die Herden B1, C2, D1, E1, E2, E3, F1, F2, G1, G2, die Auswahl von Isolaten für die MLST-Analyse anhand von UPGMA-Diagrammen der RFLP-Restriktionsmuster dargestellt. Zusätzlich werden die Ergebnisse der MLST-Analyse der ausgewählten Isolate vorgestellt. Zudem werden auch die Ergebnisse der MLST-Analyse der in dieser Studie eingesetzten Referenz-Stämme präsentiert.
Herde B1 und C2
Herde B1 wurde unmittelbar vor der Herde C2 geschlachtet. Aufgrund des engen zeitlichen Zusammenhangs werden die Ergebnisse von Herde B1 und C2 zusammen dargestellt.
In Abbildung 12 ist die Clusterbildung anhand des SmaI-UPGMA-Dendrogramms für die Herden B1 und C2 dargestellt. Es wurden 6 Cluster bei einem Cut-off Wert von 94,9 % gebildet. Die Zugehörigkeit der für die MLST ausgewählten Isolate zu den Clustern ist der Abbildung ebenfalls zu entnehmen. Aus den Clustern C2-a, C2-c, C2-e und C2-f wurden jeweils drei Isolate, aus dem Cluster C2-d zwei Isolate und aus Cluster C2-b ein Isolat für die MLST ausgewählt.
Cluster C2-a, n = 6, Isolate 119,157* und 158* per MLST analysiert Cluster C2-b, n = 1, Isolat 144 per MLST analysiert
100
80
60
40
96.7 41
100
100 39.7
35.1
94.9
100 78.4 22.4
Cluster C2-c, n = 6, Isolate 147, 148 und 149 per MLST analysiert Cluster C2-d, n = 3, Isolate 145 und 154 per MLST analysiert
Cluster C2-e, n = 29, Isolate 133, 135 und 152 per MLST analysiert
Cluster C2-f, n = 3, Isolate 115, 123 und 137per MLST analysiert
Abbildung 12: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der, per RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde B1 und C2 mit den Clustern C2-a bis C2-f
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster, * = Isolate aus Herde B1
In den Ergebnissen der MLST-Analyse (Tabelle 21) zeigte sich, dass das Isolat 119 aus Herde C2 mit ST 2900 den gleichen Sequenztyp besaß wie die Isolate 157 und 158 aus Herde B1, wobei ST 2900 keinem klonalen Komplex zugeordnet werden konnte.
Beide Isolate aus Herde B1 wurden als C. jejuni ssp. doylei differenziert, während das Isolat 119 aus Herde C1 als C. jejuni spp. jejuni eingestuft wurde.
Aus Cluster C2-c wurden die Isolate 147, 148 und 149 per MLST typisiert. Sie besaßen alle ST 2896 und hatten identische SmaI-Restriktionsmuster. Isolat 149 wurde allerdings als C. coli eingestuft, während die Isolate 147 und 148 als C. jejuni spp. jejuni differenziert wurden. Auch die Isolate 145 und 154 in Cluster C2-d gehörten laut API Campy® unterschiedlichen Spezies an.
Die ausgewählten Isolate aus Cluster C2-e und C2-f waren ST 901 und wurden als C. coli eingestuft. Die beiden Cluster wiesen in der RFLP-Analyse eine Ähnlichkeit von 78,9 % auf (siehe Abbildung 12).
Tabelle 21: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herden B1 und C2
SmaI-UPGMA-Cluster C2-a SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 119 2900 22 15 4 64 141 3 35 n.d. C. j. j.
157* 2900 22 15 4 64 141 3 35 n.d. C. j. d.
158* 2900 22 15 4 64 141 3 35 n.d. C. j. d.
SmaI-UPGMA-Cluster C2-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 144 1519 8 1 5 3 2 1 1 ST-21 C. j. j.
Fortsetzung der Tabelle 21:
SmaI-UPGMA-Cluster C2-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 147 2896 22 61 4 64 154 25 23 ST-1034 C. j. j.
148 2896 22 61 4 64 154 25 23 ST-1034 C. j. j.
149 2896 22 61 4 64 154 25 23 ST-1034 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster C2-d SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®)
145 45 4 7 10 4 1 7 1 ST-45 C. j. j.
154 45 4 7 10 4 1 7 1 ST-45 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster C2-e SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 133 901 33 39 30 79 104 43 41 ST-828 C. c.
135 901 33 39 30 79 104 43 41 ST-828 C. c.
152 901 33 39 30 79 104 43 41 ST-828 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster C2-f SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 115 901 33 39 30 79 104 43 41 ST-828 C. c.
123 901 33 39 30 79 104 43 41 ST-828 C. c.
137 901 33 39 30 79 104 43 41 ST-828 C. c.
* = Isolate aus Herde B1, Legende siehe Tabelle 18
Herde D1
Abbildung 13 zeigt das SmaI-UPGMA-Dendrogramm sowie die gebildeten Cluster innerhalb von Herde D1 und gibt Auskunft über die für die MLST-Analyse ausgewählten Isolate. Die 7 Cluster (D1-a bis D1-g) wurden mit einem Cut-off Wert von 92,9 % gebildet und pro Cluster wurde ein Isolat per MLST analysiert.
100
50
62.5 50 100
66.7 92.9 46.5
48.5 100 28.4
Cluster D1-a, n=1, Isolat 106 per MLST analysiert Cluster D1-b, n=1, Isolat 108 per MLST analysiert Cluster D1-c, n=2, Isolat 104 per MLST analysiert Cluster D1-d, n=3, Isolat 109 per MLST analysiert Cluster D1-e, n=1, Isolat 110 per MLST analysiert Cluster D1-f, n=3, Isolat 112 per MLST analysiert Cluster D1-g, n=1, Isolat 110 per MLST analysiert
Abbildung 13: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der mittels RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde D1 mit den Clustern D1-a bis D1-g
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster
Tabelle 22 zeigt die nach RFLP-Clustern sortierten MLST-Ergebnisse der ausgewählten Isolate aus Herde D1. Alle ausgewählten Isolate haben unterschiedliche STs. Isolat 106 aus Cluster D1-a und Isolat 110 aus Cluster D1-e wurden jedoch gemeinsam dem ST-21-Komplex zugeordnet. Auch die Isolate 104 aus Cluster D1-c und 109 aus Cluster D1-d gehören einem gemeinsamen klonalen Komplex an (ST-206-Komplex). Die Isolate 112 mit dem ST 2301 aus Cluster D1-f und 105 mit dem ST 1450 aus Cluster D1-g wurden per API Campy® als C. coli identifiziert. Die übrigen Isolate wurden als C. jejuni ssp. jejuni differenziert.
Tabelle 22: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herde D1
SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 106 53 2 1 21 3 2 1 5 ST-21 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster D1-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 108 2899 7 55 5 10 11 68 26 ST-446 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster D1-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®)
104 46 2 21 5 3 2 1 5 ST-206 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster D1-d SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®)
109 572 62 4 5 2 2 1 5 ST-206 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster D1-e SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®)
110 1728 2 1 12 3 11 1 5 ST-21 C. j. j.
Fortsetzung der Tabelle 22:
SmaI-UPGMA-Cluster D1-f SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 112 2301 33 176 30 115 104 43 17 ST-828 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster D1-g SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 105 1450 53 39 44 82 104 35 36 n.d. C. c.
Legende siehe Tabelle 18
Herde E1
Die Isolate der Herde E1 bildeten bei einem Cut-off Wert von 92,3 % drei Cluster (Cluster E1-a, E1-b und E1-c), wobei aus Cluster E1-a und E1-c jeweils ein Isolat und aus Cluster E1-b zwei Isolate für die MLST Analyse ausgewählt wurden (siehe Abbildung 14).
100
80
60
92.3 100 55.3
100 42.9
Cluster E1-a, n = 2, Isolat 449 per MLST analysiert
Cluster E1-b, n = 3, Isolate 440 und 459 per MLST analysiert
Cluster E1-c, n = 14, Isolat 454 per MLST analysiert
Abbildung 14: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der mittels RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde E1 mit den Clustern E1-a bis E1-c
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster
Die MLST analysierten Vertreter der unterschiedlichen Cluster zeigen unterschiedliche STs. Die beiden Isolate aus Cluster E1-b (Isolate 440 und 459) haben den ST 45. Alle Isolate wurden als C. jejuni spp. jejuni differenziert (Tabelle 23).
Tabelle 23: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herde E1
SmaI-UPGMA-Cluster E1-a SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 449 51 7 17 2 15 23 3 12 ST-443 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster E1-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 440 45 4 7 10 4 1 7 1 ST-45 C. j. j.
459 45 4 7 10 4 1 7 1 ST-45 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster E1-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 454 2108 2 193 1 2 263 1 5 ST-48 C. j. j.
Legende siehe Tabelle 18
Herde E2
Bei einem Cut-off Wert von 93 % konnten 5 Cluster gebildet werden (Cluster E2-a bis E2-e). Aus den Clustern E2-c und E2-d wurden jeweils zwei Isolate ausgewählt,
während aus den restlichen Clustern jeweils ein Vertreter mittels MLST analysiert wurde (Abbildung 15).
100
90
80
93
98.4 81.2
91.8
93.6 89.5
94 86.1 70.4
Cluster E2-a, n = 8, Isolat 641 per MLST analysiert
Cluster E2-b, n = 8, Isolat 617 per MLST analysiert
Cluster E2-c, n = 28, Isolate 625 und 669 per MLST analysiert
Cluster E2-d, n = 9, Isolate 622 und 673 per MLST analysiert
Cluster E2-e, n = 7, Isolat 649 per MLST analysiert
Abbildung 15: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der mittels RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde E2 mit den Clustern E2-a bis E2-e
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster
Die Isolate aus Cluster E2-a und E2-b zeigten mit einer Ähnlichkeit der Cluster von 81,2 %, in der MLST den ST 1068. Die übrigen Isolate aus Cluster E2-b bis E2-e, deren Ähnlichkeit zwischen 86,1 % und 89,5 % liegt, waren ST 827. Alle analysierten Isolate wurden als C. coli eingestuft (siehe Tabelle 24 und Abbildung 15).
Tabelle 24: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herde E2
SmaI-UPGMA-Cluster E2-a SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 641 1068 33 39 30 78 104 43 17 ST-828 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster E2-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 617 1068 33 39 30 78 104 43 17 ST-828 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster E2-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 625 827 33 39 30 82 104 56 17 ST-828 C. c.
669 827 33 39 30 82 104 56 17 ST-828 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster E2-d SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 622 827 33 39 30 82 104 56 17 ST-828 C. c.
673 827 33 39 30 82 104 56 17 ST-828 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster E2-e SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 649 827 33 39 30 82 104 56 17 ST-828 C. c.
Legende siehe Tabelle 18
Herde E3
Die Isolate aus Herde E3 ordneten sich in sechs Cluster (Cluster E3-a bis E3-f siehe Abbildung 16). In Cluster E3-f wurden Isolate zusammengefasst deren Restriktionsmuster im UPGMA-Dendrogramm nur 81,9 % Ähnlichkeit aufwiesen, da die visuelle Kontrolle der entsprechenden Restriktionsmuster eine größere Ähnlichkeit zeigte, als berechnet. Bei den übrigen Clustern lag die Ähnlichkeit der Restriktionsmuster der Isolate eines Clusters zwischen 89,8 % und 94,1 %. Pro Cluster wurde ein Vertreter für die Analyse mittels MLST ausgewählt.
100
80
60
40
20
89.8
90.8 74.7
94.1 46.8
91.8 63.8
31.2
81.9 19.1
Cluster E3-a, n = 10, Isolat 719 per MLST analysiert
Cluster E3-b, n = 3, Isolat 724 per MLST analysiert Cluster E3-c, n = 5, Isolat 753 per MLST analysiert
Cluster E3-d, n = 9, Isolat 770 per MLST analysiert Cluster E3-e, n = 1, Isolat 744 per MLST analysiert
Cluster E3-f, n = 22, Isolat 718 per MLST analysiert
Abbildung 16: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der mittels RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde E3 mit den Clustern E3-a bis E3-f
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster
Die MLST-Analyse zeigte für Isolat 719 aus Cluster E3-a und Isolat 724 aus Cluster E3-b den gleichen ST (ST 53). Sonst hatten die Isolate unterschiedliche STs. Die Cluster E3-a und E3-b wiesen untereinander eine Ähnlichkeit von 74,7 % auf (siehe Abbildung 16). Das Isolat 718 mit dem ST 901 aus Cluster E3-f wurde als C. coli, das Isolat 744 aus Cluster E3-e als C. jejuni spp. doylei und die übrigen Isolate als C. jejuni spp. jejuni differenziert (Tabelle 25).
Tabelle 25: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herde E3
SmaI-UPGMA-Cluster E3-a SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 719 53 2 1 21 3 2 1 5 ST-21 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster E3-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 724 53 2 1 21 3 2 1 5 ST-21 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster E3-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®)
753 46 2 21 5 3 2 1 5 ST-206 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster E3-d SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 770 2909 22 15 4 243 11 29 35 n.d. C. j. j.
Fortsetzung der Tabelle 25:
SmaI-UPGMA-Cluster E3-e SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 744 1519 8 1 5 3 2 1 1 ST-21 C. j. d.
SmaI-UPGMA-Cluster E3-f SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 718 901 33 39 30 79 104 43 41 ST-828 C. c.
Legende siehe Tabelle 18
Herde F1
Für die Isolate aus Herde F1 wurden anhand des SmaI-UPGMA-Dendrogramms (Abbildung 17) fünf Cluster gebildet (Cluster F1-a bis F1-e). Die Isolate aus dem Cluster F1-a wurden trotz einer berechneten Ähnlichkeit unterhalb des Cut-off Werts nach visueller Kontrolle der Restriktionsmuster in einem Cluster zusammengefasst.
Aufgrund der Unterschreitung des Cut-off Wertes um 4,3 % wurden 3 Isolate (Isolat 211, 224 und 230) aus dem Cluster F1-a per MLST analysiert. Aus den übrigen Clustern wurde jeweils nur ein Isolat für die MLST ausgewählt.
100
80
60
40
85.7 58.7
95.9 52.4
91.1 65.7
35.7
Cluster F1-a, n = 5, Isolate 211, 224, 230 per MLST analysiert Cluster F1-b, n = 1, Isolat 247 per MLST analysiert
Cluster F1-c, n = 15, Isolat 237 per MLST analysiert
Cluster F1-d, n = 13, Isolate 217, 219 per MLST analysiert
Cluster F1-e, n = 1, Isolat 226 per MLST analysiert
Abbildung 17: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der mittels RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde F1 mit den Clustern F1-a bis F1-e
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster
In Tabelle 26 sind die Ergebnisse der MLST-Analyse und der API Campy® Differenzierung dargestellt. Die Isolate 211 und 230 aus Cluster F1-a hatten den ST 464, während das Isolat 224 aus demselben Cluster den ST 2903 zeigte. Allerdings unterschieden sich beide STs lediglich im Allel aspA und waren somit sehr eng verwandt. Über die pubMLST-Datenbank konnten beide STs sowie ST 131 aus Cluster F1-b keinem klonalen Komplex zugeordnet werden. Die Isolate 217 und 219 aus Cluster F1-d zeigten ST 2807 denselben Sequenztyp wie das Isolat 226 aus Cluster F1-e. Beide Cluster zeigen in Abbildung 17 untereinander einen Ähnlichkeitskoeffizienten von 65,7 %. Sämtliche Isolate wurden biochemisch als C. jejuni spp. jejuni eingestuft.
Tabelle 26: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herde F1
SmaI-UPGMA-Cluster F1-a SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®)
211 464 24 2 2 2 10 3 1 n.d. C. j. j.
224 2903 10 2 2 2 10 3 1 n.d. C. j. j.
230 464 24 2 2 2 10 3 1 n.d. C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster F1-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 247 131 7 2 6 10 10 37 1 n.d. C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster F1-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 237 2904 47 17 5 10 13 3 8 ST-446 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster F1-d SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 217 2807 7 17 2 15 13 3 12 ST-443 C. j. j.
219 2807 7 17 2 15 13 3 12 ST-443 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster F1-e SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 226 2807 7 17 2 15 13 3 12 ST-443 C. j. j.
Legende siehe Tabelle 18
Herde F2
Die Restriktionsmuster der Isolate aus Herde F2 konnten 7 Clustern (Cluster F2-a bis F2-g) zugeordnet werden (Abbildung 18). Im Cluster F2-c, wie auch im Cluster F2-d wurden Isolate zusammengefasst, deren Restriktionsmuster visuell eindeutig zu einem Cluster gehörten, auch wenn deren Ähnlichkeit mit etwas weniger als 90 % kalkuliert wurde. Aus Cluster F2-a wurden zwei Isolate und aus Cluster F2-b bis F2-g jeweils ein Isolat für die MLST-Analyse ausgesucht.
100
80
60
40
100 35.3
86.1
88.9 73.5
84.2 57.6
42.1 27.7
Cluster F2-a, n = 4, Isolate 690 und 694 per MLST analysiert Cluster F2-b, n = 1, Isolat 705 per MLST analysiert
Cluster F2-c, n = 7, Isolat 695 per MLST analysiert Cluster F2-d, n = 3, Isolat 692 per MLST analysiert Cluster F2-e, n = 1, Isolat 703 per MLST analysiert Cluster F2-f, n = 1, Isolat 704 per MLST analysiert Cluster F2-g, n = 1, Isolat 711 per MLST analysiert
Abbildung 18: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der mittels RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde F2 mit den Clustern F2-a bis F2-g
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster
Die in Tabelle 27 dargestellten MLST Ergebnisse der ausgewählten Campylobacter-Isolate zeigen für die beiden Campylobacter-Isolate 690 und 694 aus Cluster F2-a den ST 2906, der jedoch mithilfe der pubMLST- Datenbank keinem klonalen Komplex zuzuordnen war.
Auch ST 2908 des Isolats 711 aus Cluster F2-g konnte keinem klonalen Komplex zugeteilt werden. Im Übrigen hatten die Isolate aus den unterschiedlichen Clustern unterschiedliche STs. Es fällt auf, dass die Isolate aus Cluster F2-c, F2-e, F2-f demselben ST-446-Komplex zugeordnet wurden.
Die Isolate 690 und 694 aus Cluster F2-a und das Isolat 711 aus Cluster F2-g wurden biochemisch als C. coli differenziert während die Isolate aus Cluster F2-b bis F2-f als C. jejuni spp. jejuni eingestuft wurden.
Tabelle 27: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herde F2
SmaI-UPGMA-Cluster F2-a SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 690 2906 33 155 30 163 231 220 17 n.d. C. c.
694 2906 33 155 30 163 231 220 17 n.d. C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster F2-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 705 2807 7 17 2 15 13 3 12 ST-443 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster F2-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 695 450 47 55 5 10 11 48 8 ST-446 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster F2-d SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®)
692 53 2 1 21 3 2 1 5 ST-21 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster F2-e SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 703 978 47 55 5 10 23 120 8 ST-446 C. j. j.
Fortsetzung der Tabelle 27:
SmaI-UPGMA-Cluster F2-f SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 704 2907 47 55 5 10 23 120 17 ST-446 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster F2-g SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 711 2908 33 39 103 79 11 35 17 n.d. C. c.
Legende siehe Tabelle 18
Herde G1
Im SmaI-UPGMA-Dendrogramm (Abbildung 19) wurden sieben Cluster gebildet.
Nach visueller Kontrolle der Restriktionsmuster war offensichtlich, dass die in Cluster G1-d zusammengefassten Isolate trotz ihrer relativ geringen RFLP-Muster Ähnlichkeit von 85,1 % dennoch zu einem Cluster zusammengefasst werden konnten. Sicherheitshalber wurden dennoch zwei Isolate aus dem Cluster G1-d für die MLST ausgewählt (Isolate 187 und 190).
100
80
60
40
20
60
100 54.5
85.1
76.8 33.7
21.5
100 16.9
Cluster G1-a, n = 1, Isolat 167 per MLST analysiert Cluster G1-b, n = 1, Isolat 171 per MLST analysiert Cluster G1-c, n = 3, Isolat 178 per MLST analysiert
Cluster G1-d, n = 29, Isolate 187 und 190 per MLST analysiert
Cluster G1-e, n = 1, Isolat 188 per MLST analysiert Cluster G1-f, n = 1, Isolat 162 per MLST analysiert Cluster G1-g, n = 2, Isolat 174 per MLST analysiert
Abbildung 19: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der mittels RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde G1 mit den Clustern G1-a bis G1-g
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster
Bei den MLST-Ergebnissen (Tabelle 28) fällt auf, dass die Isolate 187 und 190 aus Cluster G1-d und das Isolat 188 aus Cluster G1-e den ST 1709 zeigen, wobei die Isolate 166 und 190 biochemisch als C. jejuni spp. doylei, Isolat 187 jedoch als C. jejuni spp. jejuni differenziert wurde. Cluster G1-d und Cluster G1-e hatten untereinander einen Ähnlichkeitskoeffizienten von 76,8 % (siehe Abbildung 19).
Isolat 174 aus Cluster G1-g wurde per API Campy® als C. coli identifiziert.
Tabelle 28: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herde G1
SmaI-UPGMA-Cluster G1-a SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 167 2900 22 15 4 64 141 3 35 n.d. C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster G1-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 171 2901 22 28 57 28 363 29 35 n.d. C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster G1-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 178 2902 9 2 4 64 4 22 6 ST-257 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster G1-d SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 187 1709 22 15 4 64 74 25 23 ST-1034 C. j. j.
190 1709 22 15 4 64 74 25 23 ST-1034 C. j. d.
SmaI-UPGMA-Cluster G1-e SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 188 1709 22 15 4 64 74 25 23 ST-1034 C. j. d.
Fortsetzung der Tabelle 28:
SmaI-UPGMA-Cluster G1-f SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®)
162 46 2 21 5 3 2 1 5 ST-206 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster G1-g SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 174 901 33 39 30 79 104 43 41 ST-828 C. c.
Legende siehe Tabelle 18
Herde G2
Die per RFLP typisierten Isolate aus Herde G2 ließen anhand ihrer SmaI-Restriktionsmuster 9 Cluster (Cluster G2-a bis G2-i) erkennen (Abbildung 20). Dabei hatten die Restriktionsmuster der Isolate innerhalb eines Clusters zwischen 87,5 % bis 100 % Ähnlichkeit. Der Cut-off Wert lag somit leicht unterhalb von 90 %.
Aus Cluster G2-e wurden 2 Isolate per MLST analysiert, aus den übrigen Clustern wurde jeweils ein Isolat für die MLST ausgewählt.
100
80
60
40
88
95.1 86.5 62.3
88.4
100 70.9
87.5 84.1
100 78.1
88.4 72.7 64.1 35.7
Cluster G2-a, n = 9, Isolat 794 per MLST analysiert
Cluster G2-b, n = 5, Isolat 804 per MLST analysiert Cluster G2-c, n = 1, Isolat 818 per MLST analysiert Cluster G2-d, n = 6, Isolat 838 per MLST analysiert
Cluster G2-e, n = 4, Isolate 834 und 835 per MLST analysiert Cluster G2-f, n = 5, Isolat 833 per MLST analysiert
Cluster G2-h, n = 2, Isolat 816 per MLST analysiert Cluster G2-g, n = 1, Isolat 805 per MLST analysiert
Cluster G2-i, n = 12, Isolat 796 per MLST analysiert
Abbildung 20: UPGMA-Dendrogramm auf Basis der SmaI-Restriktionsmuster der mittels RFLP typisierten Campylobacter-Isolate aus Herde G2 mit den Clustern G2-a bis G2-i
n = Anzahl der mittels SmaI-RFLP typisierten Campylobacter-Isolate pro Cluster
Tabelle 29 zeigt die Ergebnisse der MLST und der biochemischen Speziesdifferenzierung der ausgewählten Isolate. Auffällig ist, dass die Isolate aus den Clustern G2-a bis G2-c dem ST-828-Komplex angehörten, während die Isolate aus den Clustern G2-d bis G2-i dem ST-257-Komplex zugehörig waren. Dabei besaßen die Isolate 796, 805, 816, 833, 834, 835 und 838 aus den Clustern G2-d bis G2-i gemeinsam den ST 824 und wurden per API Campy® als C. jejuni ssp. jejuni differenziert. Die Cluster G2-d bis G2-i zeigten im SmaI-UPGMA-Dendrogramm untereinander einen Ähnlichkeitskoeffizienten zwischen 64,1 % und 84,1 %, während die Cluster G2-a bis G2-c untereinander zwischen 62,3 % und 86,5 % Ähnlichkeit aufwiesen (siehe Abbildung 20).
Die Isolate 794 aus Cluster G2-a und 804 aus Cluster G2-b besaßen den gleichen Sequenztyp (ST 2910) und zeigten sich in der biochemischen Differenzierung als C.coli. Das Isolat 818 aus Cluster G2-c mit dem ST 854 unterschied sich in den Allelen glnA und tkt vom Allelmuster der Isolate 794 und 804 und wurde als C. jejuni spp. jejuni identifiziert.
Tabelle 29: Nach SmaI-UPGMA-Clustern sortierte Ergebnisse der MLST-Analyse mit Angabe der Spezies laut API Campy® für die Herde G1
SmaI-UPGMA-Cluster G2-a SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 794 2910 33 157 30 82 104 47 17 ST-828 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster G2-b SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 804 2910 33 157 30 82 104 47 17 ST-828 C. c.
SmaI-UPGMA-Cluster G2-c SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 818 854 33 38 30 82 104 43 17 ST-828 C. j. j.
SmaI-UPGMA-Cluster G2-d SmaI-Restriktionsmuster
Allelnummer Isolat-Nr. ST
aspA glnA gltA glyA pgm tkt uncA CC Spezies (API Campy®) 838 824 9 2 2 2 11 5 6 ST-257 C. j. j.
Fortsetzung der Tabelle 29:
Fortsetzung der Tabelle 29: