Analyse der MLST Daten auf epidemiologische Zusammenhänge

4 Ergebnisse

4.2 MLST-Analyse

4.2.5 Analyse der MLST Daten auf epidemiologische Zusammenhänge

UPGMA-Dendrogramm auf Grundlage der Allelmuster

Mit dem Ziel identische oder nah verwandte STs in verschiedenen Herden innerhalb des gesamten Datensatz aufzuspüren, wurde auf Grundlage der Allelmuster aller mittels MLST analysierten Isolate ein UPGMA-Dendrogramm erstellt (Abbildung 21).

Zusätzlich zu dem jeweiligen Allelmuster sind der Abbildung auch Informationen zu ST, klonalem Komplex, Herde, Spezies (laut API Campy^®) und Probenart zu entnehmen.

Das UPGMA-Dendrogramm zeigt 10 STs, die wiederholt in verschiedenen Herden vorkommen (s. grüne Markierung).

Anhand von Tabelle 34 und Tabelle 35 werden die weiteren Ergebnisse aus dem MLST-UPGMA- Dendrogramms zusammengefasst dargestellt.

100

aspA glnA gltA glyA pgm_ tkt_ uncA

9 2 4 62 4 5 6 C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni C. jejuni C. jejuni C. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei

Probenart

Abbildung 21 : Fortsetzung auf der nächsten Seite

Key ST CC Flock Spezies (nach API) Probenart C. jejuni ssp. jejuni C. coli

C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. doylei C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. jejuni ssp. jejuni C. coli

C. jejuni ssp. jejuni

Blinddarm Key ST CC Flock Spezies (nach API) Probenart

100 C. jejuni ssp. jejuni C. coli

C. jejuni ssp. jejuni

Blinddarm C. jejuni ssp. jejuni C. coli

C. jejuni ssp. jejuni

Blinddarm

Abbildung 21 : Fortsetzung auf der nächsten Seite

100

C. jejuni ssp. jejuni C. coli

Key ST CC Flock Spezies (nach API) Probenart

Abbildung 21: UPGMA-Dendrogramm auf Grundlage der Allelmuster aller per MLST analysierten Isolate

Key = Isolat-Nr., ST = Sequenztyp, CC = klonaler Komplex, Flock = Herde, Kloakentupf. = Kloakentupfer, Speziesdifferenzierung mit API Campy^®, n.d. = nicht definiert

= Markierung von STs, die in verschiedenen Herden nachgewiesen wurden = Markierung von CC, die in verschiedenen Herden nachgewiesen wurden

Tabelle 34 gibt eine Übersicht über wiederholt vorkommende Sequenztypen und ihr Vorkommen in verschiedenen Herden. 11 STs wurden wiederholt in verschiedenen

Herden gefunden. Ausgenommen ST 2807 und ST 2896 stammten die entsprechenden Isolate aus Herden verschiedener Mäster.

Tabelle 34: Übersicht über die Sequenztypen, die in verschiedenen Herden nachgewiesen wurden

Sequenztyp Nachweis in Herde Isolat-Nummer

C2 145, 154

E1 440, 459

CNET-112 908 D1 104 G1 162 46

E3 753 D1 106 F2 692 53

E3 719, 724

C1 40, 57

450 F2 695

G2 796, 805, 816, 833, 834, 835, 838

824 ID 848

C2 115, 123, 133, 135, 137, 152

G1 174 901

E3 718 C2 144 1519

E3 744

F1 217, 219, 226

2807

F2 705 A1 1, 2, 3, 9, 12, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 29, 30

C1 36, 38, 51, 58, 59, 62, 68 2896

C2 147, 148, 149

B1 157, 158

C2 119 2900

G1 167 IB 845 2912

IE 849

Im Dokument Phylogenetische Charakterisierung von Campylobacter-Isolaten aus der Geflügelschlachtung (Seite 130-135)