Veröffentlichungen zur Verfügung steht, und diese nicht eindeutig durch Rechnung ineinander überführt werden können. -& Allelfrequenzen für die Varianten in .
Ein Vergleich der Allelfrequenzen zwischen den beiden Kollektiven mittels χ² Test ergab keinen signifikanten Unterschied.
Im gesamten Kollektiv kamen die Varianten p.R34C, p.S127S und IVS10 17 A>T mit nur jeweils einem Allel vor.
Die Allelfrequenzen für p.I76I, p.T448T und IVS12 17 G>A sind nahezu identisch. Unter Berücksichtigung der Trägerfrequenzen (vgl. Kap. 4.2.13) und den Erläuterungen in Kap. 4.2, dass immer dieselben Patientinnen die Dreierkombination der genannten SNPs zeigten, kann die Hypothese der Korrelation dieser Varianten aufgestellt werden. Die Frequenz von p.I76I weicht etwas von den anderen beiden ab, weil eine Patientin hierfür homozygot und für die beiden anderen SNPs heterozygot war. Die Tatsache, dass die Allelfrequenzen der Varianten höher sind als die des Wildtyps, lässt eine Assoziation mit familiärem Mammakarzinom vermuten, was allerdings zu überprüfen ist. Da in der vorliegenden Arbeit ausschließlich bzw. negative Patientinnen untersucht wurden, kann vermutet werden, dass die Allelfrequenzen für verursachende oder mit familiärem Mammakarzinom assoziierte Mutationen in höherer Allelfrequenz in dieser Fallgruppe zu finden sein würden als in einer Kontrollgruppe. Das ist allerdings keine Voraussetzung für eine Assoziation.
Im Falle von IVS5 42 A>T, IVS9+42 C>T und p.C511R kann ebenfalls vermutet werden, dass sie korreliert oder sogar gekoppelt vorliegen, weil immer dieselben Patientinnen für alle drei SNPs heterozygot sind (vgl. Kap. 4.2.5, 4.2.8, 4.2.9 und 4.2.13). Allerdings ist hier zu bedenken, dass durch die vorliegende Bestimmung des Genotyps nicht gewährleistet ist, dass
= die Varianten immer auf demselben Chromosom liegen. Das festzustellen, ist Aufgabe der Kopplungsanalyse mit HaploView (vgl. Kap. 4.7.4). Die Allelfrequenz ist relativ niedrig. Ein Vergleich mit denen in anderen Kollektiven, die Rekonstruktion von Haplotypen und ein Vergleich der entsprechenden Haplotypfrequenzen ist die Voraussetzung dafür, fundierte Hypothesen über eine Assoziation mit einem Mammakarzinom im Falle dieser wie auch der vorgenannten Dreierkombination von SNPs aufstellen zu können.
Die Variante p.P435L ist in dem untersuchten Fallkollektiv deutlich vertreten. Die Allelfrequenzen legen die Vermutung nahe, dass die Variante nicht mit den anderen korreliert vorliegt. Ein Vergleich der Frequenz mit anderen Kollektiven ist auch hier notwendig, um weitere Hypothesen formulieren zu können.
Die Variante IVS11+24 G>A ist relativ selten und scheint nicht mit einer anderen Variante assoziiert zu sein. Der Vergleich mit anderen Kollektiven ist für genauere Aussagen notwendig.
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Wie im vorherigen Kapitel für die Varianten von , werden hier die Allelfrequenzen für die Varianten von entsprechend angegeben.
-&Allelfrequenzen für die Varianten von .
Ein Vergleich der Allelfrequenzen zwischen beiden Kollektiven mittels χ² Test ergab keinen signifikanten Unterschied.
Alle Varianten waren in deutlicher Anzahl in den Kollektiven vertreten. Ein Vergleich der Allelfrequenzen mit anderen Kollektiven ist erforderlich, um Hypothesen über einen Zusammenhang mit familiärem Mammakarzinom aufstellen zu können. Die relativ hohe
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Minorallelfrequenz der Variante IVS3+41 A>T kann, wie bereits im vorherigen Kapitel erläutert, ein Hinweis auf einen Zusammenhang mit familiärem Mammakarzinom sein.
Auffällig sind die fast identischen Allelfrequenzen bzgl. vierer Loci. In Kap. 4.3 ist ausgeführt, dass bis auf zwei Ausnahmen immer dieselben Patientinnen bzgl. IVS1 7 C>T, IVS6 50 G>A, IVS8 6 C>T und p.K279K heterozygot bzw. homozygot sind. In einem Fall liegt in IVS1 7 C>T Homozygotie statt Heterozygotie vor. In Exon 9 fehlt das Ergebnis einer Probe wegen Erschöpfung des Probenmaterials. Diese Patientin trug die anderen drei Varianten und war diesbezüglich heterozygot. Diese Befunde legen die durch Berechnung von Kopplungsungleichgewicht zu unterstützende Vermutung einer Korrelation der genannten vier SNPs nahe.
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Im vorliegenden Kapitel sollte epidemiologischen Aspekten von Basenaustauschen weiter nachgegangen werden. Insbesondere stellte sich durch die folgende Betrachtung der ermittelten Genotypen und die Hypothesen aus den Allelfrequenzen (vgl. Kap. 4.6) die Frage nach der Bestätigung von Kopplungsungleichgewichten beziehungsweise Korrelation von SNPs bei paarweiser Betrachtung. Daraus würden sich Strategien zur Identifizierung von krankheitsdisponierenden Genorten (Loci) entwickeln lassen. Hierzu werden die Größen D`
beziehungsweise r² angegeben.
Die Berechnung dieser Größen und die Rekonstruktion der dafür benötigten Haplotypen erfolgte mit dem frei erhältlichen Programm HaploView (vgl. Kap. 3.11.6). Sie bildet die Voraussetzung für die im Diskussionsteil begründete Hypothesenbildung über einen Zusammenhang zwischen bestimmten Haplotypen und familiärem Mammakarzinom.
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Die folgende Tab. 4.15 zeigt die mittels Sequenzierung ermittelten Genotypen und ihre Häufigkeit für das deutsche Patientinnenkollektiv.
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-<&Genotypen von und Häufigkeiten für das deutsche Patientinnenkollektiv. Schwarz
= Wildtyp; Rot = Polymorphismen in Exon 3, Exon 9 und Intron 12; andere Farben = Unterscheidung der weiteren SNPs. Fett und farbig = SNPs. Grauer Hintergrund = Übereinstimmung im weißrussischen Kollektiv.
Die fett gedruckten Basen in Schwarz bezeichnen die Wildtypvariante gemäß NC_000005.8 (vgl. Kap. 3.3.6) der NCBI Datenbank. Sie wird als die Häufigste angesehen. Allerdings kommen die SNPs in Exon 3, Exon 9 und Intron 12 hier häufiger vor, wenn man zusätzliche SNPs außer Acht lässt. Die drei SNPs kommen immer gemeinsam vor. Auffällig ist ebenfalls das seltene aber gleichzeitige Vorkommen der Varianten in Intron 5 und 9 und Exon 10. Die Variante in Exon 8 ist recht häufig, die Variante in Intron 11 selten. Beide scheinen unabhängig von den anderen vorzukommen. Der Polymorphismus in Exon 5 wurde nur bei einer Patientin festgestellt. Diese Auffälligkeiten unterstützen die Befunde und Schlussfolgerungen bzgl. Korrelation von SNPs aus der Betrachtung der Allelfrequenzen (vgl.
Kap. 4.6.1).
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Analog zum vorangegangenen Kapitel wurden auch hier die Genotypen und ihre Häufigkeiten in einer Tabelle (s. u.) zusammengestellt.
- 0&Genotypen von und Häufigkeiten für das weißrussische Patientinnenkollektiv.
Schwarz = Wildtyp; Rot = Polymorphismen in Exon 3, Exon 9 und Intron 12; andere Farben = Unterscheidung der weiteren SNPs. Fett und farbig = SNPs. Index „R“ = kann durch Rekombination entstanden sein. Grauer Hintergrund = Übereinstimmung im deutschen Kollektiv.
Im Vergleich mit dem deutschen Patientinnenkollektiv fällt auf, dass es im weißrussischen Pendant zwei unterschiedliche Genotypen mehr gibt. Allerdings umfasst dieses Kollektiv vier Proben mehr als das Deutsche.
Auch hier ist der Wildtyp die häufigste Variante. Sie tritt allerdings hinter derjenigen mit den SNPs in den Exons 3, 9 und Intron 12 zurück, wenn man die weiteren SNPs aus der Betrachtung ausschließt. Dies war im deutschen Kollektiv ebenso. Der mit dem Index „R“
gekennzeichnete Genotyp legt die Vermutung nach Kopplungsbruch, also Rekombination zwischen Exon 3 und Exon 9 nahe. Eine Neumutation wäre allerdings auch denkbar. Weitere Gemeinsamkeiten mit den Genotypen der deutschen Patientinnen sind das gleichzeitige seltene Vorkommen der SNPs in Intron 5, 9 und Exon 10. Die häufige Variante in Exon 8 und
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! die seltene in Intron 11 scheinen unabhängig von den anderen zu sein. Die Basenaustausche in Exon 2 und Intron 10 kommen jeweils nur einmal und exklusiv in diesem Kollektiv vor.
Zusammenfassend unterstreicht die Analyse der Genotypen der beiden Kollektive die Aussagen aus Kapitel 4.6.1. Für die Dreierkombination der SNPs in Exon 3, Exon 9 und Intron 12 kann starkes Kopplungsungleichgewicht und hohe Korrelation vermutet werden.
Für die Dreierkombination der SNPs in Intron 5, Intron 9 und Exon 10 trifft dies ebenfalls zu.
Exon 8 scheint mit keinem der SNPs korreliert zu sein. Alle anderen Varianten sind für Korrelationsüberlegungen zu selten.
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Im folgenden wurden zur Rekonstruktion der Haplotypen und für die Berechnung von D` und r² beide Kollektive zusammengefasst. Da ein Ziel der vorliegenden Arbeit war, nach Risikofaktoren für familiäres Mammakarzinom zu suchen, kann von den seltenen Varianten nicht erwartet werden, für den zur Verfügung stehenden Probenumfang Signifikanz zu erreichen. Deshalb wurde die Aufmerksamkeit auf die häufigeren Varianten gelegt. Die häufigeren Varianten sind allerdings auch die evolutionär längere Zeit bestehenden, so dass bei der geographischen Nähe und der gemeinsamen Geschichte der beiden Populationen davon ausgegangen werden darf, dass sie epidemiologisch einer Population gleichgesetzt werden dürfen. Darüber hinaus ergab der Vergleich der Allel und Trägerfrequenzen der beiden Kollektive mittels χ² Test keinen signifikanten Unterschied.
Die Berechnung erfolgte mit Hilfe des Programms HaploView (vgl. Kap. 3.11.6). Da der zu Grunde liegende Algorithmus für die Bestimmung von Haplotypblöcken nach Gabriel (2002) nicht zu einer Identifizierung von Blöcken führte, wurde die Analyse einmal nach der Option „Solid spine of LD“ und einmal nach der Option „Four Gamete Rule“ durchgeführt, um mögliche Unterschiede in den Ergebnissen nach Anwendung der jeweiligen Methode feststellen zu können.
Die „Solid spine of LD“ Option ist eine Methode, die entlang den Schenkeln des LD Dreiecks immer vom ersten Marker ausgehend zu dem jeweils nächsten das LD bestimmt und alle zu einem Block zusammenfügt, die in starkem Kopplungsungleichgewicht stehen. Das führt dazu, dass der erste und letzte Marker eines Blocks in starkem Kopplungsungleichgewicht mit den dazwischen liegenden Markern stehen. Die dazwischen
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