Berechnung von tagSNPs für und

Sollen unabhängig von dem zu untersuchenden Gen Sequenzierungen im Rahmen von Assoziationsstudien durchgeführt werden, trägt die Kenntnis von Kopplungsgruppen zur Optimierung hinsichtlich der Effizienz bei, da Zeit und Kosten eingespart werden können.

3. METHODEN 72 Zur Bestimmung von tagSNPs, die dann bestimmte Gruppen von Einzelbasenaustauschen repräsentieren, wurde wieder das Programm HaploView eingesetzt. Hierin ist ein Taggerprogramm enthalten, welches sich auf die Methode von Paul de Bakker´s stützt (vgl.

Kap. 4.7.4 und 4.8.4). So kann bestimmt werden, welcher SNP auch die Bestimmung von anderen SNPs impliziert. Das Programm ist so konfiguriert worden, dass das Tagging paarweise erfolgte und immer r² ≥ 0,8 erfüllt sein musste.

Wie in Kap. 1.9 formuliert, sollten in den codierenden Sequenzen von und

vorhandene Varianten gefunden und hinsichtlich ihrer Bedeutung für die Entstehung des familiären Mammakarzinoms beurteilt werden. In den folgenden Kapiteln sind diese Varianten und ihre Verteilung in den Patientinnenkollektiven dargestellt.

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In dem Gen wurden die folgenden Varianten durch Vergleich mit der hierfür in der NCBI Datenbank hinterlegten Sequenz NC_000005.8 (vgl. Kap. 3.3.6) gefunden.

Die Nomenklatur wurde wie folgt festgelegt:

Exonständige Variante: „p.“/ Abk. der ursprünglichen Aminosäure/ Codonposition/ Abk. der neuen Aminosäure (Bsp.: p.C511R).

Intronständige Variante: „IVS“ gefolgt von Intronnummer/ „+“ Anzahl der Basen ab Donorstelle bzw. „ “ Anzahl der Basen ab Akzeptorstelle/ ursprüngliche Base > neue Base (Bsp.: IVS10 17 A>T).

Eine Gegenüberstellung dieser Nomenklatur mit derjenigen der Human Gene Variation Society (HGVS) ist im Anhang 8.7 zu finden.

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In Exon 2 fand sich ein Basenaustausch von Cytosin zu Thymin am ersten Nukleotid des Tripletts 34 der DNA. Diese Mutation bewirkt bei der Translation einen Aminosäureaustausch von Arginin zu Cystein. Er wurde nur bei einer weißrussischen Patientin in heterozygoter Form festgestellt (vgl. Abb. 4.1).

Isoleucin an Position 76 des Proteins erhalten (vgl. Abb. 4.2). Dieser Austausch fand sich in beiden Patientinnenkollektiven in heterozygoter und homozygoter Form (vgl. Tab. 4.1).

-& Häufigkeit der p.I76I Variante in den untersuchten Kollektiven.

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In Exon 5 wies eine deutsche Patientin eine synonyme Mutation durch Austausch der letzten Base im Basentriplett 127 der codierenden Sequenz auf. Hier war ein Cytosin gegen ein Thymin in einem der beiden Allele ausgetauscht, so dass die Patientin heterozygot für diese Variante ist. Beide Codons codieren für die Aminosäure Serin (vgl. Abb. 4.3).

Wildtyp Heterozygot p.S127S

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In Intron 5 wurde bei 6 von 46 Patientinnen in beiden Kollektiven 42 Basen vor Beginn von Exon 6 ein Austausch von Adenin zu Thymin festgestellt. Dieser lag bei allen Betroffenen immer heterozygot vor. 2 von 21 Patientinnen aus dem deutschen Kollektiv und 4 von 25 Patientinnen aus dem weißrussischen Kollektiv trugen den Basenaustausch. Sonst fanden sich keine Auffälligkeiten. (vgl. Kap. 4.2.13)

Da die Sequenzierung mit dem Rückwärts Primer erfolgte, ist im Folgenden ein Ausschnitt aus dem Antisense Strang gezeigt. Dort ist der Austausch von Thymin zu Adenin nachzuvollziehen (Abb. 4.4).

Wildtyp Heterozygot IVS5–42 A>T

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Die Mutationsstelle ist mit einem Pfeil gekennzeichnet.

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In Exon 8 fand sich bei 19 von 46 Patientinnen aus beiden Kollektiven ein Austausch von Cytosin zu Thymin bei der mittleren Base des Codons 435 (vgl. Abb. 4.5). Dieser Austausch war sowohl in heterozygoter als auch in homozygoter Ausprägung zu finden (vgl. Tab. 4.2).

Dadurch wird statt Prolin an der entsprechenden Aminosäurekettenposition Leucin angehängt.

-& Häufigkeit der p.P435L Variante in den untersuchten Kollektiven.

Wildtyp Heterozygot p.P435L Homozygot p.P435L

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In Exon 9 war bei 34 von 46 Patientinnen aus beiden Kollektiven sowohl in heterozygoter als auch in homozygoter Ausprägung ein Austausch der dritten Base von Cytosin zu Adenin festzustellen (vgl. Tab. 4.3 und Abb. 4.6). Dieser betraf das Triplett 448 und kann als eine synonyme Mutation interpretiert werden, weil jedes Codon für die Aminosäure Threonin codiert. Die Häufigkeiten waren nahezu identisch mit denen in Exon 3. Im deutschen Kollektiv gab es keinen Unterschied. Im Weißrussischen wurde eine Homozygote weniger

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und eine Heterozygote mehr als in Exon 3 gefunden (vgl. Tab. 4.1). Es waren immer dieselben Patientinnen von beiden Varianten betroffen.

./ -& Häufigkeit der p.T448T Variante in den untersuchten Kollektiven.

Wildtyp Heterozygot p.T448T Homozygot p.T448T

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Bei der Analyse der sequenzierten Basen im Bereich von Exon 9 zeigte sich ein Basenaustausch von Cytosin zu Thymin 42 Basen nach Ende des Exon 9 bei denselben 6 deutschen und weißrussischen Patientinnen wie in Intron 5. Dieser lag bei allen Proben wie auch im Falle des Introns 5 heterozygot vor (vgl. Abb. 4.7 und Kap. 4.2.13).

Wildtyp Heterozygot IVS9+42 C>T

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In der zugehörigen Sequenz wurde ein Austausch in der ersten Base des Codons 511 von Thymin zu Cytosin gefunden (vgl. Abb. 4.8). Dadurch ist bei allen Mutationsträgerinnen ein Aminosäureaustausch von Cystein zu Arginin zu erwarten. Die Mutation wurde immer in heterozygoter Form gefunden. Sie betraf dieselben 6 Patientinnen wie die Basenaustausche in Intron 5 und 9 (vgl. auch Kap. 4.2.13).

Wildtyp Heterozygot p.C511R

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Bei der Sequenzierung des Exons 11 wurde 17 Basen vor Beginn dieses Exons bei 1 Probe von 25 des weißrussischen Kollektivs ein Basenaustausch von Adenin zu Thymin gefunden.

Die Patientin ist hierfür heterozygot (vgl. Abb. 4.9). Deutsche Patientinnen waren nicht betroffen.

Wildtyp Heterozygot IVS10–17 A>T

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In Intron 11 wurde 24 Basen nach Ende von Exon 10 bei 4 Patientinnen ein Basenaustausch von Guanin zu Adenin festgestellt (vgl. Abb. 4.10). Dieser Austausch lag in allen Fällen heterozygot vor. Er konnte in beiden Kollektiven gesichert werden, wobei 3 deutsche Patientinnen von 21 und 1 weißrussische Patientin von 25 Trägerinnen dieser Variante waren (vgl. auch Kap. 4.2.13).

Wildtyp Heterozygot IVS11+24 G>A

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In diesem Intron wurde 17 Basen vor Beginn von Exon 13 ein Basenaustausch von Guanin zu Adenin gefunden (vgl. Abb. 4.11). Dieser kam in beiden Patientinnenkollektiven mehrheitlich in homozygoter und heterozygoter Form vor (vgl. Tab. 4.4). Die Häufigkeiten der Varianten waren identisch mit denen von Exon 9, welche wiederum mit denen von Exon 3 nahezu übereinstimmten. Alle Patientinnen waren bezüglich Exon 9 genau dann homozygot oder heterozygot oder vom Wildtyp, wenn sie es auch bezüglich Intron 12 waren (vgl. Tab. 4.1 und 4.3).

Wildtyp Heterozygot IVS12–17 G>A Homozygot IVS12–17 G>A

& '()*" "+)→→→→""+ Die Mutationsstelle ist mit einem Pfeil gekennzeichnet.

! -&Häufigkeit des Austausches G → A an Position 17 von Intron 12in den untersuchten

Kollektiven.

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Die folgende Tabelle fasst die in den vorangegangenen Kapiteln genannten Varianten bezüglich ihrer Trägerfrequenzen in den beiden Kollektiven zusammen.

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-<& Trägerfrequenzen der Varianten in in beiden Kollektiven.

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In diesem Gen wurden die folgenden Varianten durch Vergleich mit der hierfür in der NCBI Datenbank hinterlegten Sequenz NC_000019.8 (vgl. Kap. 3.3.6) gefunden. Bei der Angabe

Im Dokument Varianten des RAP80-Deubiquitinierungskomplexes bei Patientinnen mit Mammakarzinom (Seite 84-94)