lassen darauf schließen, dass die Variante mit Cystein innerhalb der Familie von homologen Proteinen deutlich abweicht und somit möglicherweise nicht so wie das Protein mit Arginin an Position 34 funktionieren wird.
Vorhersagen über Auswirkungen auf funktionelle Gruppen, Domänen oder die 3D Struktur von RAP80 waren nicht möglich, da hierfür noch keine Daten für die Kalkulation vorliegen.
Auf Grund der Einstufung „probably damaging“ liegt die Durchführung von Fall Kontroll Studien für alle drei genannten „missense“ Mutationen nahe.
Für p.P435L konnten Nikkilä (2009) eine Odds Ratio von 1,63 mit einem 95%
Konfidenzintervall von 1,05 bis 2,53 bestimmen. Dabei wurden 112 Fälle und 325 Kontrollen untersucht. Akbari (2009) fanden demgegenüber für 575 Fälle und 723 Kontrollen keinen statistisch signifikanten Unterschied. Meine Metaanalyse dieser beiden Studien ergab eine Mantel Haenszel Odds Ratio von 0,99 mit einem 95%KI von 0,81 bis 1,22 und somit keinen Hinweis darauf, dass p.P435L das Mammakarzinomrisiko beeinflusst.
Ein Vergleich der Träger und Allelfrequenzen anderer Fallkollektive (alle und negativ) und dem CEU Kollektiv (vgl. Anhang 8.5) mittels χ² Test ergab keinen signifikanten Unterschied auf dem 5% Signifikanzniveau für p.P435L. Ein Vergleich der homozygoten und heterozygoten Trägerfrequenzen insgesamt führte zu dem Ergebnis p = 0,093, was aber der niedrigen Frequenz in dem Fallkollektiv von Kanadierinnen schweizerischer Herkunft von Novak (2009) geschuldet ist. Ein Grund hierfür könnte sein geringer Probenumfang (26) sein. Somit ergibt sich auch durch diese Betrachtung kein Argument für die Durchführung einer Fall Kontroll Studie im vorliegenden Kollektiv.
Für p.C511R konnten Nikkilä keinen signifikanten Unterschied in der Häufigkeit zwischen der Fall und der Kontrollgruppe finden. Akbari konnten die ermittelte Odds Ratio von 1,5 für die Variante p.C511R statistisch nicht sichern (95%KI von 0,9 bis 2,3), obwohl der Probenumfang von 572 für die Fälle und 726 für die Kontrollen vielfach so hoch war wie in der Studie von Nikkilä (Akbari , 2009; Nikkilä , 2009). Meine Metaanalyse dieser beiden Studien ergab eine Mantel Haenszel Odds Ratio von 1,53 mit einem 95%KI von 1,02 bis 2,27. Weitere Hinweise auf eine Beteiligung von p.C511R an der Entstehung von familiärem Mammakarzinom wurden durch den statistischen Vergleich der Träger bzw. Allelfrequenzen anderer Fallgruppen und insbesondere der entsprechenden CEU Daten nicht unterstützt. Insbesondere liegt zwischen den Frequenzen des hier untersuchten Gesamtkollektivs und dem CEU Kollektiv von unselektierten Patienten kein
; statistisch signifikanter Unterschied vor (vgl. Anhang 8.5). Bei der im Gesamtkollektiv vorliegenden Trägerfrequenz von 13 % könnte mit den zur Verfügung stehenden 1000 Proben pro Gruppe eine Odds Ratio von 1,5 mit α = 0,05 und einer Power von 80 % gesichert werden. Die Durchführung einer Fall Kontroll Studie erscheint vielversprechend, weil sie das Ergebnis der Metaanalyse noch weiter absichern könnte. Außerdem wären die ermitttelten Daten für eine Fall Kontroll Studie mit Haplotypen verwendbar (vgl. Kap. 5.2.6).
Da die Variante p.R34C neu entdeckt wurde, drängte sich die Durchführung einer Fall Kontroll Studie auf. Bei weiteren 210 Fällen von Frauen mit Mammakarzinom ohne weitere Einschränkung bezüglich des oder Status oder anderer Parameter, konnte in der hier präsentierten Studie jedoch keine weitere Trägerin der Variante gefunden werden, so dass bei dem zur Verfügung stehenden Probenmaterial nicht mit einem signifikanten Nachweis für die Relevanz der Variante bei der Entstehung eines Mammakarzinoms gerechnet werden konnte (vgl. Kap. 4.9.3).
Um niedrig penetrante Varianten mit nicht so hohem Risiko für die Entstehung eines familiären Mammakarzinoms erfassen zu können, wäre die Untersuchung größerer Populationen nötig. Weiterhin bleibt festzuhalten, dass die Varianten p.P435L und p.C511R in spanischen, deutschen, finnischen, weißrussischen, kanadischen, schweizerischen Populationen und unter den Ashkenazim gefunden wurden, und somit in der alten wie auch in der neuen Welt verbreitet zu sein scheinen (Akbari , 2009; Nikkilä , 2009; Novak , 2009; Osorio , 2009a). Aufgrund der Prävalenz sollte hier die Untersuchung weiterer Proben durch das Brustkrebskonsortium kein Problem sein, um mit höheren Fallzahlen ein zuverlässigeres Ergebnis zu erhalten.
p.R34C kommt wie wohl auch delE81 eher selten vor. Außerdem wurde p.R34C bis jetzt nur in der weißrussischen und delE81 nur in der finnischen Bevölkerung gefunden. Somit könnte sich hier der Nachweis einer Assoziation mit familiärem Mammakarzinom schwierig gestalten. Leider konnte die vorliegende Arbeit nicht dazu beitragen, die vielversprechenden Ergebnisse von Nikkilä zu untermauern (Nikkilä , 2009).
Außer auf Proteinebene können exonständige Varianten bereits den Spleißvorgang beeinflussen (Hastings & Krainer, 2001; Caceres & Kornblihtt, 2002). Dadurch könnte es zu
<
einem Überspringen eines Exons kommen. Deshalb wurde untersucht, ob durch den Austausch der jeweiligen Base eine Bindungsstelle für ein SR Protein verändert worden sein könnte, so dass dies nicht mehr binden könnte. Dabei war zu berücksichtigen, dass ein Exon in der Regel mehrere Bindungssequenzen für solche Proteine aufweist, so dass die alleinige Reduktion der angegebenen Bindungsstärke oder der Ausfall einer Bindungsstelle noch nicht aussagekräftig ist. In solchen Fällen ist zu untersuchen, ob es in der Nähe eine alternative Bindungsstelle gibt, oder ob etwa eine exklusive Stelle wegfällt. Dies wurde für p.R34C, p.P435L und p.C511R analysiert (vgl. Kap. 4.4.2).
Für p.R34C (c.100C > T) in Exon 2 von ergibt sich durch den Basenaustausch keine Veränderung in den Elementen des Exons, die die Enhancer Stellen betreffen. Allerdings entstehen zwei neue überlappende Silencer Bindungsstellen (vgl. Kap. 4.4.2.2). Theoretisch wäre es möglich, dass nun statt eines Enhancers ein Silencer bei Nukleotid 100 der codierenden Sequenz von Exon 2 binden würde. Dies könnte zu abweichenden Spleißvorgängen und in der Folge zu unterschiedlichen Proteinen führen. Sollte sich in Zukunft herausstellen, dass die Variante p.R34C mit dem familiären Mammakarzinom assoziiert ist, wäre dieses Ergebnis bei der weiteren Untersuchung der funktionalen molekularen Zusammenhänge zu berücksichtigen.
Für p.P435L (c.1304C > T) in Exon 8 von fällt durch den Basenaustausch eine Enhancer Bindungsstelle für SF2/ASF weg. Da es allerdings ungefähr zehn Basen entfernt weitere zwei Bindungsmöglichkeiten gibt, muss der Wegfall dieser einen nicht ins Gewicht fallen (vgl. Kap. 4.4.2.5). Inwieweit SF2/ASF tatsächlich an diese eine und nicht an die anderen beiden Motive bindet, könnte erst durch weitere Forschung bestimmt werden.
Ebenso wie für p.R34C ausgeführt, wäre dies für die Erforschung funktionaler Zusammenhnge zu berücksichtigen, falls eine Assoziation zwischen der Variante p.P435L und dem familiären Mammakarzinom in Zukunft nachgewiesen werden sollte.
Der Basenaustausch der Variante p.C511R (c.1531T > C) von betrifft zwei Bindungsmotive. Für das eine nimmt der Bindungsscore für SC35 leicht ab. Daraus lassen sich keine Schlüsse ableiten. Für das andere fällt durch den Basenaustausch die Bindungsstelle für SRp40 weg. Allerdings könnte dies auch zehn Basen weiter an sein Motiv binden (vgl. Kap. 4.4.2.7). Auch durch diese Ergebnisse kann nicht auf die wahren Gegebenheiten geschlossen werden. Es drängt sich allerdings auch nicht die Hypothese auf,