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Übungen zur Vorlesung „Computational Chemistry“ SS20

Übungsblatt 6

Sie können dieses Übungsblatt auch online einreichen (bis zum 29.06.2020, Dateigröße < 2MB) an michael.hutter[ät]bioinformatik.uni-saarland.de

Vorname, Name:

1. Aus einer Simulation haben wir für die Eigenschaft A folgende Ergebnisse zu den jeweiligen Schritten i erhalten:

Schritt A Schritt A

1 0.129 11 0.665

2 0.928 12 0.289

3 0.208 13 0.206

4 0.434 14 0.085

5 0.569 15 0.394

6 0.414 16 0.611

7 0.631 17 0.807

8 0.719 18 0.929

9 0.837 19 0.134

10 0.034 20 0.345

Berechen sie den Erwartungswert (=Durchschnitt) von A gemäß der Formel

=

=

N

i

A

i

N A

1

1

wobei N die Anzahl der Schritte und Ai der Wert von A im Schritt i ist.

(je 10 Punkte) a) für die Schritte von 1 bis 10

b) für die Schritte von 11 bis 20 c) für die Schritte von 1 bis 20

Aus einem Experiment haben wir den Erwartungswert von A zu 0.500 erhalten.

d) Welcher der beiden Simulationsabschnitte (1-10 bzw. 11-20) war in dieser Hinsicht der

„bessere“ ? Bitte kurz begründen. (10 Punkte)

e) Brachten die Schritte von 11 bis 20 diesbezüglich eine Verbesserung für den berechneten Erwartungswert, oder hätte man die Simulation nach 10 Schritten abbrechen können ?

(10 Punkte)

(2)

2. Skizzieren Sie den Verlauf der Energie (Summe aus kinetischer und potentieller Energie) mit der Zeit, wenn Sie

a) einen Produktionslauf im NVT-Ensemble bei Raumtemperatur durchführen

b) im NVE-Ensemble zunächst von 0K aufheizen, und dann weiter bei Raumtemperatur simulieren

(je 10 Punkte)

3. Verwenden Sie für diese Frage die Daten auf Seite 5 der 6. Vorlesung. Die Punkte M und L werden bei der Berechnung der van der Waals Energie nicht berücksichtigt.

a) Um welchen Faktor (ungefähr) steigt der Rechenaufwand für den Elektrostatikterm in typischen Kraftfeldern, wenn man das TIP5P Wassermodell anstelle von TIP3P verwendet? (10 Punkte)

b) Unterscheidet sich der Aufwand für den van der Waals-Term zwischen TIP3P und TIP4P? Bitte

kurze Begründung angeben. (10 Punkte)

4. Skizzieren Sie das Energieprofil von 1,2-Dichloro-Ethan für die Rotation um die zentrale C-C Bindung. Die van der Waals Radien sind: Wasserstoff: 1.20 Å, Kohlenstoff: 1.70 Å, Chlor: 1.75 Å

(10 Punkte)

C C

Cl

Cl H

H H

H

H H Cl

Cl H H

H Cl H

Cl H H

Cl H H

Cl H H

φ = 0°

180 360 φ

Energie

φ = 120° φ = 240°

0 E

t

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