Wie in Abschnitt 3.7.1 bereits erwähnt, wurde für die durchgeführten Untersuchungen zunächst das Hardy-Weinberg-Gleichgewicht berechnet, um zu sehen, ob die Allelhäufigkeiten im stabilen Gleichgewicht zueinander stehen.
Gen & SNP Allele Gesamt Kontrollen MS-S MS-OS Ref. Var. 2pq-e 2pq-b 2pq-e 2pq-b 2pq-e 2pg-b 2pq-e 2pq-b TRPV1-733080 T C 0,33 0,40 0,30 0,32 0,37 0,46 0,34 0,44 TRPV1-224535 A G 0,45 0,45 0,48 0,44 0,38 0,46 0,46 0,46 FAAH-1053627 A C 0,41 0,41 0,35 0,30 0,37 0,34 0,48 0,61 FAAH-324420 C A 0,33 0,36 0,36 0,36 0,37 0,44 0,25 0,29 ALOX12-2271316 G C 0,45 0,42 0,46 0,44 0,42 0,37 0,48 0,44 ALOX15-916055 T C 0,45 0,47 0,44 0,46 0,48 0,49 0,42 0,46 PTGS2-2066826 G A 0,24 0,21 0,21 0,20 0,27 0,27 0,25 0,20 MGLL-500104 G A 0,06 0,07 0,08 0,08 0,07 0,07 0,05 0,05 MGLL-664910 A G 0,38 0,41 0,38 0,40 0,28 0,29 0,43 0,54 CNR1-1049353 G A 0,40 0,45 0,41 0,50 0,41 0,39 0,39 0,44 CNR1-AAT <5 ≥5 0,50 0,46 0,46 0,48 0,47 0,46 0,45 0,44 CNR2-2229579 C T 0,15 0,14 0,13 0,14 0,07 0,07 0,21 0,20 In der Tabelle steht „2pq-e“ für die nach Hardy-Weinberg errechnete Heterozygotenfrequenz,
„2pq-b“ für die tatsächlich beobachtete. Es wurden einmal alle Proben zusammen betrachtet und anschließend jede Gruppe einzeln.
Es ergaben sich nach Berechnung des 95 %-Konfidenzintervalls (mit Hilfe des Programms Epicalc 2000) keine signifikanten Abweichungen zwischen den errechneten und beobachteten Werten, so dass gesagt werden kann, dass sich alle Gruppen im Hardy-Weinberg-Gleichgewicht befinden.
Ergebnisse 60 4.2 Betrachtung der Allelverteilung
Um eine Aussage treffen zu können, ob ein SNP eine auffällige Verteilung zeigt, wurde zunächst die Verteilung der Allele betrachtet. Dieses erfolgte in zwei Schritten. Zuerst wurden die Gesund-Kontrollen mit allen MS-Proben verglichen. Ein signifikanter Unterschied bei der Verteilung eines SNP würde in diesem Fall für einen Zusammenhang mit der Erkrankung an sich sprechen. Im zweiten Schritt wurden die beiden MS-Gruppen einander gegenübergestellt, um so einen möglichen Zusammenhang mit Spastizität sichtbar zu machen.
Gen & SNP Allele Frequenz in % FET OR (95 %) Ref. Var. Kontrollen Patienten
TRPV1-733080 T C 82,0 76,8 0,354 0,73 (0,39-1,35) TRPV1-224535 A G 60,0 69,5 0,141 1,52 (0,90-2,56) FAAH-1053627 A C 77,0 67,7 0,124 0,63 (0,35-1,10) FAAH-324420 C A 76,0 80,5 0,438 1,30 (0,71-2,38) ALOX12-2271316 G C 64,0 65,2 0,895 1,05 (0,63-1,79) ALOX15-916055 T C 67,0 65,2 0,791 0,93 (0,55-1,56) PTGS2-2066826 G A 88,0 84,8 0,474 0,76 (0,36-1,59) MGLL-500104 G A 96,0 97,0 0,734 1,32 (0,35-5,00) MGLL-664910 A G 74,0 75,6 0,884 1,09 (0,61-1,92) CNR1-1049353 G A 71,0 72,0 0,889 1,05 (0,61-1,82) CNR1-AAT <5 ≥5 36,0 36,0 1,000 1,00 (0,60-1,67) CNR2-2229579 C T 93,0 92,1 0,817 0,88 (0,34-2,27)
Tabelle 4.2.1: Vergleich Kontrollen gegen Patienten
Als Referenz-Allel ist das jeweils häufigere angegeben, mit einer Ausnahme, und zwar bei der Untersuchung des AAT-Repeats im CNR1-Gen. Hier erfolgte die Angabe analog zu der Veröffentlichung von Comings et al. [25], wo die Gruppe mit < 5 Repeats die häufigere war.
Für den Vergleich der Kontrollen und der Patienten zeigten sich hier keine signifikanten Häufigkeiten, es wurde also keine Assoziation eines bestimmten Allels mit der MS gesehen.
Analog zu der obigen Tabelle erfolgte die Auswertung der beiden MS-Gruppen. Die Ergebnisse sind der folgenden Tabelle (4.2.2) zu entnehmen:
Gen & SNP Allele Frequenz in % FET OR (95 %) Ref. Var. MS-OS MS-S
TRPV1-733080 T C 78,0 75,6 0,853 0,87 (0,42-1,80) TRPV1-224535 A G 64,6 74,4 0,235 1,59 (0,81-3,11) FAAH-1053627 A C 59,8 75,6 0,045 2,09 (1,07-4,08) FAAH-324420 C A 85,4 75,6 0,167 0,53 (0,24-1,18) ALOX12-2271316 G C 61,0 69,5 0,325 1,46 (0,76-2,79) ALOX15-916055 T C 69,5 61,0 0,325 0,69 (0,36-1,31) PTGS2-2066826 G A 85,4 84,1 1,000 0,91 (0,39-2,13) MGLL-500104 G A 97,6 96,3 1,000 0,66 (0,11-4,05) MGLL-664910 A G 68,3 82,9 0,045 2,26 (1,08-4,73) CNR1-1049353 G A 73,2 70,7 0,862 0,89 (0,45-1,75) CNR1-AAT <5 ≥5 34,1 37,8 0,745 1,17 (0,62-2,22) CNR2-2229579 C T 87,8 96,3 0,079 3,66 (0,97-13,81)
Tabelle 4.2.2: Vergleich der MS-Gruppen
Bei dem Vergleich der beiden Patientengruppen sind zwei Beobachtungen mit einer signifikanten Abweichung zu verzeichnen, die in der Tabelle hervorgehoben sind. Bei den SNPs 1053627 (FAAH-Gen) und 664910 (MGLL-Gen) ist jeweils eine Häufung des A-Allels in der Spastik-Gruppe zu sehen. Da in dem Vergleich zwischen Kontrollen und Patienten kein Unterschied zu sehen ist, kann diese Häufung des A-Allels dem Symptom der Spastizität zugeordnet werden und nicht der Tatsache, dass eine Erkrankung mit MS vorliegt.
Der AAT-Repeat wurde analog zu der Veröffentlichung von Comings et al. [25] ausgewertet.
Dabei erfolgte die Zuordnung der Anzahl von AAT-Repeats, die in dieser Arbeit durch Sequenzierungen nachgewiesen wurden, zur Nummerierung nach Comings et al. durch den Vergleich der Häufigkeitsverteilung. Diese zeigte eine deutliche Ähnlichkeit, die in der nachstehenden Tabelle verdeutlicht wird:
Ergebnisse 62
Die hellgrau unterlegten Zeilen kennzeichnen die seltener auftretenden, die dunkelgrau unterlegten Zeilen die häufiger auftretenden Allele des AAT-Repeats.
Ausgewertet wurden die Allelverteilungen bei Comings et al., indem die Proben in zwei Gruppen aufgeteilt wurden, <5 und ≥5 (s.o.).
Aber auch eine Betrachtung der einzelnen AAT-Repeat-Allele ist möglich:
Anzahl AAT-
Tabelle 4.2.4: Vergleich der einzelnen AAT-Repeats zwischen Kontrollen und MS-Proben
Anzahl AAT- Repeats
Allelfreq.
MS-OS
Allelfreq.
MS-S
FET Odds ratio 7 0,061 0,024 0,443 2,60 (0,49 - 13,79)
9 - - - -
10 0,268 0,354 0,311 0,67 (0,34 - 1,30) 11 0,037 0,049 1,000 0,74 (0,16 - 3,42) 12 0,075 0,134 0,306 0,51 (0,18 - 1,45) 13 0,244 0,207 0,709 1,23 (0,59 - 2,57) 14 0,301 0,231 0,298 1,45 (0,73 - 2,92)
15 0,012 - 1,000 -
Tabelle 4.2.5: Vergleich der einzelnen AAT-Repeats zwischen beiden MS-Kollektiven
Dabei finden sich weder im Vergleich der Kontrollen gegen alle MS-Proben noch im Vergleich der beiden aufgestellten MS-Kollektive signifikante Unterschiede in den Allelverteilungen bezüglich der Anzahl an AAT-Repeats.
Ergebnisse 64 4.3 Betrachtung der Genotypen:
Um ein möglicherweise rezessives Allel erkennen zu können, müssen die Genotypen betrachtet werden. Damit ist zu einer Ausprägung des Merkmals des betreffenden rezessiven Allels kommt, muss der betreffende Träger homozygot sein. Folglich wäre ein Einfluss eines Allels auf eine Krankheit (MS) oder ein Symptom (Spastik) dadurch sichtbar, dass es in der betreffenden Gruppe bei den Homozygoten besonders häufig auftritt.
Ist ein Allel dagegen dominant, würde bereits ein Allel genügen, um das Merkmal auszuprägen. Es wären also alle Träger des Allels betroffen, nicht nur die homozygoten Träger. Aus den unten folgenden Tabellen lassen sich auch die Werte für Allelträger ablesen (Spalte „FET einzeln“), z.B. betrachtet man für die C-Allelträger bei TRPV1-733080 in der Reihe des Genotyps TT den Wert bei „FET einzeln“. Er spiegelt das Ergebnis für Nicht-C-Allelträger (also für T homozygote) gegen die restlichen (C-Allel-)Träger wider. Die Odds ratio für diesen Fall (Betrachtung der Allelträger) ist derselben Zeile zu entnehmen.
Die Abkürzungen in den folgenden Tabellen stehen für:
A = in OR grenzwertig nicht signifikant, aber nach FET signifikant
B = in OR Hinweisen für Signifikanz, aufgrund zu kleiner Gruppengröße in FET n. s.
C = in OR grenzwertiger Hinweis für Signifikanz, im FET nicht bestätigt
Im Vergleich der Kontrollen mit der Gesamtheit der MS-Proben (Tabelle 4.4.1) fällt lediglich auf, dass der AA-Genotyp des SNP 1053627 bei den Gesunden leicht signifikant häufiger ist als bei den MS-Proben. Der AC-Genotyp ist knapp nicht signifikant häufiger in dem Patientenkollektiv.
Bei dem Vergleich der beiden MS-Gruppen (Tabelle 4.4.2) fällt auf, dass bei dem SNP 1053627 nahe dem FAAH-Gen der AA-Genotyp, der in der Gesundgruppe schon häufiger war als in der Gesamtheit aller MS-Proben, in der Spastikgruppe besonders häufig ist. Der AC-Genotyp dagegen ist bei den anderen Gruppen signifikant häufiger.
Außerdem ist bei dem SNP 664910 im MGLL-Gen zu beobachten, dass der AA-Genotyp ebenfalls bei der Spastikgruppe signifikant häufiger anzutreffen ist, der AG-Genotyp dagegen bei der anderen Gruppe. Ein Unterschied der MS-Gruppe zu den Kontrollen besteht nicht.
SNP & Genotyp Frequenz in % FET OR (95 %) FET Tabelle 4.3.1: Vergleich der Gesundkontrollen mit allen MS-Patienten
Ergebnisse 66 Tabelle 4.3.2: Untersuchung der beiden MS-Gruppen