7. ¨ Ubung zur Vorlesung
“Einf¨ uhrung in die Bioinformatik I, 2. Teil”
Sommersemester 2018
Prof. Peter Dittrich, Emanuel Barth, Maximilian Collatz, Marcus Ludwig Ausgabe: 31. Mai 2018,
Abgabe: 07. Juni 2018 zu Beginn der ¨ Ubung
Aufgabe 1 (5 Punkte): Verwenden Sie den Fitch-Algorithmus, um eine maximal sparsame Benennung der inneren Knoten des unten gegebenen Baumes zu finden. Gibt es mehrere optimale L¨osungen? Wenn ja, wie viele?
G T
C G C A C T G C G A T
1
Aufgabe 2 (5 Punkte): Geben Sie die zugeh¨orige Distanzmatrix f¨ur den dargestellten addi- tiven Baum an.
A 1
B 2
3 1
4
2 G
C 2
D 3
E 3
F 1
Aufgabe 3 (5 Punkte): Beweisen Sie, dass f¨ur jede beliebige Metrik d : X × X → R gilt:
d(x, y)≥0 f¨ur allex, y ∈X.
2