12. ¨Ubung zur Vorlesung “Einf¨uhrung in die Bioinformatik I, 2. Teil”

ˆ W¨ ochentlich wird ein Aufgabenzettel online gestellt, dessen L¨ osung zu Beginn der n¨ achsten Ubung abgegeben werden muss ¨.. ˆ L¨ osungen werden in der ¨

Denken Sie sich je einen Text der L¨ ange zehn und ein Pattern der L¨ ange vier aus, sodass das Pattern genau einmal im Text vorkommt und der naive Textsuche-Algo- rithmus (a)

Aufgabe 1 (3 Punkte): Berechnen Sie f¨ ur die beiden Sequenzen GACAGGT und GAAGT die Ma- trix D und alle optimalen globalen Alignments

Zwei B¨ aume seien benachbart, wenn der eine aus dem anderen durch Kontraktion 1 genau einer Kante hervorgeht.. Zeich- nen Sie den Nachbarschaftsgraphen 2 der zugeh¨

Aufgabe 1 (5 Punkte): Verwenden Sie den Fitch-Algorithmus, um eine maximal sparsame Benennung der inneren Knoten des unten gegebenen Baumes zu finden.. Es sollen die Kosten

Aufgabe 1 (5 Punkte): Verwenden Sie den Fitch-Algorithmus, um eine maximal sparsame Benennung der inneren Knoten des unten gegebenen Baumes

Denken Sie sich je einen Text der L¨ ange zehn und ein Pattern der L¨ ange vier aus, sodass das Pattern genau einmal im Text vorkommt und der naive Textsuche-Al- gorithmus (a)

Aufgabe 3 (5 Punkte): Finden Sie eine allgemeine Methode, um mit Hilfe der DP-Matrix alle optimalen Alignments zweier Strings zu bestimmen. Aufgabe 4 (5 Punkte): Geben Sie