Untersuchung der aus PhoB und dem Alanin-Scan stammenden Peptide in verschiedenen Lösungsmitteln verschiedenen Lösungsmitteln

Die CD-Spektroskopie erlaubt die Abschätzung der Anteile der unterschiedlichen Sekundärstrukturen von Peptiden in Lösung. Standardmäßig wird eine Einwaage von 0.2-0.5 g Peptid / mL Puffer verwendet, was bei einer Masse der vorhandenen Peptide von um 2.5 kDA einer Konzentration von 0.08 - 0.2 mM entspräche. Für die Messungen wurde eine Peptidkonzentration von 0.1 mM verwendet. Als Puffer wurde der Phosphatpuffer verwendet, der für die Bindungsstudien der PhoB-Mutanten mittels Oberflächenplasmonresonanz verwendet wurde, 100 mM Na₂HPO₄ und 50 mM NaCl bei einem pH von 7.4.

4.1.4.1.1 Vergleich der Messungen in TFE und im Puffer

Zuerst wurde der Einfluß des Lösungsmittels auf die Sekundärstruktur durch Messungen im verwendeten Puffer und im Helix-stabilisierenden TFE für das Peptid mit der nativen Sequenz, PhoB(190-209) untersucht (Abb. 59).

Abb. 59: Vergleiche der CD-Spektren von PhoB(190-209) in TFE (blau) und im Puffer (grün).

Es zeigt sich eine deutliche Veränderung, das Spektrum hat mit den beiden Minima bei 208 nm und 222 nm sowie dem in der Intensität nahezu identischen Maximum bei 192 die typischen Anzeichen für eine α-Helix. Auch die Sekundärstrukturvorhersage mit dem von

JASCO gelieferten Tool ergab einen Anteil von 100% α-Helix. Es zeigte sich also, daß das Peptid unter geeigneten Bedingungen eine komplett α-helicale Struktur einnehmen kann.

4.1.4.1.2 Ermittlung der Sekundärstrukturen

Anschließend erfolgten Messungen von vier ausgewählten Peptiden bei 0.1 mM im Puffer in der 1 mm Küvette. Es wurden Messungen mit den Peptiden mit der nativen Sequenz 209) sowie den punktmutierten Peptiden 209) R193A, PhoB(190-209) H198A und PhoB(190-PhoB(190-209) R203A durchgeführt. Das Peptid PhoB(190-PhoB(190-209) R193A zeigte in den Sensogrammen der Oberflächenplasmonresonanz eine größere Affinität zu der DNA als das mit der nativen Sequenz, PhoB(190-209) H198A zeigte nahezu keine Affinität, und PhoB(190-209) R203A ergab ein negative Bindung im Sensogramm, was bedeutet, daß die Bindung an die Referenzzelle besser ist als an die Meßzelle.

Abb. 60: Vergleich der CD-Spektren des Peptids im Puffer mit der native Sequenz PhoB(190-209) sowie den punktmutierten Peptide PhoB(190-209) R193A, PhoB(190-209) H198A und PhoB(190-209) R203A.

Alle vier Spektren zeigen eine Form, die ansatzweise auf helicale Strukturen hinweisen (Abb. 60). Sie zeigen ein Minmum bei 208 nm, ein weiteres, bzw. eine Schulter bei ungefähr 222 nm und ein Maximum bei 192 nm. Die Betrag der Intensität des Maximums bei 192 nm sollte allerdings ähnlich groß sein wie der für das Minimum bei 208, dies ist bei keinem der Peptide der Fall, die Intensität bei 192 nm ist immer viel geringer. Dies könnte auf 3₁₀-Helices anstelle von α-Helices hindeuten.[382,383,387,388] Hierfür spricht auch die Tatsache, das die Intensitäten bei 222 nm und 208 nm nicht ähnlich sind, sondern die bei 222nm immer viel geringer ist. Das Verhältnis für eine α-Helix sollte ungefähr bei 1

liegen, für eine 3₁₀-Helix bei unter 0.4.[383,387-390] Letzteres ist bei keinem der Peptide der Fall, wenn die Peptide PhoB(190-209) R193A und PhoB(190-209) R203A auch nahe daran sind. Der Grund für die geringere Intensität des Maximums bei 192 nm dürfte jedoch eher der verwendete Puffer sein. NaCl absorbiert bei unter 195 nm so stark, daß Messungen verfälscht werden können.

Das Spektrum für PhoB(190-209) entspricht noch am ehesten dem, was für eine α-Helix erwartet wird. Allerdings sind auch hier die Intensitäten des Maximums bei 192 nm sehr gering und des Minimums bei 222 nm auch geringer als eigentlich erwartet. Für kürzere Peptide mit α-helicaler Struktur ist dies jedoch bekannt.^[538]

Mit den Spektren dieser Messungen wurden Sekundärstrukturanalysen durchgeführt. Die Sekundärstrukturanalysen wurden mit Hilfe des Programmes Dichroprot und der von JASCO zum CD-Spektrometer mitgelieferten Software sowie mittels des auf einem neuronalen Netz basierenden Programmes CDNN durchgeführt. Dichroprot liefert die Ergebnisse entsprechend der Methoden von Fasman,^[414] Chen,^[422] Bolotina,^[454] Chang^[408]

und Yang^[403] (in Tab. 10 und 23-25 als Yang I bezeichnet) sowie den α-helicalen Anteil über die molare Elliptizität bei 220 nm.^[422] Die Software von JASCO liefert Ergebnisse entsprechend Yang (in Tab.: 10 und 23-25 als Yang II bezeichnet),^[403] dieser Wert sollte eigentlich identisch mit Yang I sein, da er auf derselben Methode basiert, jedoch ergeben sich deutliche Unterschiede.

Die Betrachtung der Ergebnisse der Sekundärstrukturanalaysen mittels Dichroprot und der Software von JASCO zeigt zunächst einmal, daß die Anteile der einzelnen Sekundärstrukturelemente je nach Auswertemethode stark variieren (Tab. 10 für das Peptid PhoB(190-209) H198A, für die übrigen Peptide im Anhang, Tab. 23-25). Für das Peptid PhoB(190-209) H198A ergibt sich beispielsweise ein Anteil der α-Helix von 7.7 % aus Yang I bis zu 121.4% bei der Abschätzung über die molare Elliptizität. Es wird sogar dreimal ein negativer prozentualer Anteil für das β-Faltblatt vorgeschlagen, zweimal bei Bolotina, einmal bei Chen. Dies zeigt die eingeschränkte Anwendungsmöglichkeit des

“Least Square Fit“ zur Sekundärstrukturanalyse. Weiterhin ist es nötig, das mittels Fit errechnete Spektrum mit dem gemessenen zu vergleichen, um die Übereinstimmung zu überprüfen. Nur die Auswertung nach Bolotina und die nach Yang II liefern ähnliche berechnete Spektren wie die gemessenen, jedoch sind die Abweichungen immer noch sehr groß. Außerdem läßt die die Ausgabe negativer Anteile für das β-Faltblatt generell Zweifel an der Anwendung dieser Methode für die Auswertung der Peptide aufkommen.

Tab. 10: Ergebnis der verschiedenen Analysemethoden für den jeweiligen Anteil der Sekundärstrukturen für PhoB(190-209) H198A.

α-Helix β-Faltblatt β-Turn Coil

Fasman 18,3 33,3 0,0 48,5

Chen 15,0 13,4 0,0 71,7

Bolotina 35,6 3,0 40,8 20,5

Chang 20,5 9,2 28,8 41,6

Yang I 7,7 44,3 0,0 48,0

Yang ll 42,8 0 0 57,2

über die Mol. El. 121,4

In der Tendenz liefern die Auswertemethoden alle einen relativ hohen Anteil an Turn-Strukturen und α-Helices für die Peptide. Vergleicht man die Sekundärstruktur der vier Peptide untereinander, läßt sich kein Trend feststellen, wenn alle Methoden betrachtet werden. Außerdem sind die Fits nicht gut genug, um zuverlässige quantitative Aussagen treffen zu können. Es läßt sich eigentlich nur sicher sagen, daß die Peptide einen großen Anteil an α-Helices und Turn-Strukturen haben, wobei mehrere davon ja im Prinzip auch zu helicalen Strukturen führen. Ein quantitativer Vergleich dieser Daten ist jedoch als nicht sinnvoll zu betrachten

Als weitere Methode zur Sekundärstrukturanalyse wurde das Programm CDNN verwendet, das über ein neuronales Netz arbeitet. Die Sekundärstrukturanalyse mit CDNN liefert Ergebnisse für verschiedene Bereiche des Spektrums, in 5 nm-Schritten von 190 nm bis 210 nm beginnend bis 260 nm. Dies erlaubt eine differenzierte Betrachtung der Ergebnisse.

Die Analysen im Bereich von 190-260 nm und 195-260 nm sind aufgrund der hohen Absorption des NaCl im Puffer in diesem Bereich von geringer Aussagekraft. Die Analyse im Bereich von 210-260 verzichtet sowohl auf die Information aus dem Maximum bei 192 nm als auch auf die aus dem Minimum bei 208 nm. Dies dürfte die Genauigkeit der Vorhersagen besonders für α-Helices verringern. Aus diesem Grund wird die Betrachtung der Ergebnisse bei 200-260 nm und 205-260 nm als die Zuverlässigste angenommen (Tab.

11 für das Peptid PhoB(190-209) H198A, für die übrigen Peptide im Anhang, Tab. 26-28).

Tab. 11: Ergebnis der Sekundärstrukturanalyse mittels CDNN für PhoB(190-209) H198A 190-260 nm 195-260 nm 200-260 nm 205-260 nm 210-260 nm α-Helix 37,20% 43,10% 57,20% 63,10% 56,20%

β-Faltblatt

antiparallel 12,30% 7,40% 4,30% 3,60% 4,10%

β-Faltblatt

parallel 6,00% 5,50% 3,90% 3,60% 4,90%

β-Turn 17,80% 15,80% 13,80% 12,80% 13,40%

Coil 18,70% 18,30% 15,80% 16,80% 20,80%

Summe 91,90% 90,10% 95,00% 99,90% 99,30%

Ein Kriterium für die Qualität der Sekundärstrukturvorhersage ist die Summe der Anteile der einzelnen Sekundärstrukturtypen, diese sollte möglichst nahe bei 100% sein.

Tab. 12: Vergleich der Vorhersagen für Sekundärstrukturanteile der relevanten Meßbereiche der vier Peptide.

α-Helix β-Faltblatt

antiparallel β-Faltblatt

parallel β-Turn Coil Summe PhoB 200-260 nm 36,40% 8,00% 7,40% 16,70% 27,10% 95,60%

205-260 nm 40,60% 6,50% 7,20% 15,70% 28,30% 98,30%

PhoB R193A 200-260 nm 22,40% 13,60% 11,60% 19,80% 36,90% 104,30%

205-260 nm 24,20% 10,50% 12,30% 18,50% 40,50% 106,00%

PhoB H198A 200-260 nm 57,20% 4,30% 3,90% 13,80% 15,80% 95,00%

205-260 nm 63,10% 3,60% 3,60% 12,80% 16,80% 99,90%

PhoB R203A 200-260 nm 41,30% 7,40% 5,90% 16,50% 21,00% 92,20%

205-260 nm 46,90% 5,60% 5,90% 15,00% 24,30% 97,70%

Der Vergleich der Sekundärstrukturanalysen der Peptide aus CDNN bestätigt den Trend, der sich auch im Vergleich der Sekundärstrukturanalysen mittels Dichroprot bereits abzeichnete (Tab. 12). Der Anteil an α-Helices der Peptide PhoB und PhoB R203A ist ähnlich groß, bei der Auswertung mittels CDNN liegt der Wert um 40%, mit etwas höheren Werten für PhoB R203A. Bei PhoB H198A liegt dieser Anteil um die Hälfte höher, bei ungefähr 60%, und für PhoB R193A liegt der Anteil um die Hälfte geringer bei knapp über 20%. Allerdings weist die Summe aller Sekundärstrukuren ca. 5%

Abweichungen von 100% auf, was an der Zuverlässigkeit auch dieser Vorhersagen zweifeln läßt. Einzige Ausnahme mit einem Wert von 99.90% ist PhoB H198A im Bereich von 205-260 nm. Diese kann als recht zuverlässig betrachtet werden, und liefert 63%

Anteil an α-Helices, ca. 7% für β-Faltblattstrukturen, ca. 13% für β-Turns und 17% für Random Coils, also einen großen Anteil an α-Helices und Turn-Strukturen, wie zu vermuten war.

4.1.4.2 Untersuchung der Veränderung der CD-Spektren der aus PhoB und dem