Genexpressionsanalyse von Thymusepithel-Tumoren

Zur Darstellung signifikanter Unterschiede der Genexpression von TET wurden DNA-Microarrays mit Tumorgewebe an der Medizinischen Fakultät Mannheim (Zentrum für Medizinische Forschung) durchgeführt. Die Daten wurden vom wissenschaftlichen Mitarbeiter Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht erhoben. Für die Genexpressionsanalyse wurde Kryogewebe und Affymetrix GeneChips^Ò-Analyse verwendet. Die notwendigen Tumoren wurden vom Pathologischen Institut des Universitätsklinikums Mannheim zur Verfügung gestellt. Diagnostisch wurden die Tumoren von Prof. Dr. med. Alexander Marx und Prof. Dr. med. Philipp Ströbel einer Tumorentität nach WHO zugeordnet. Insgesamt enthält das Kollektiv Tumorproben von zwölf weiblichen und zwölf männlichen Patienten, bestehend aus einem Typ A, zwei Typ AB, einem Typ B1, drei Typ B2, zwölf Typ B3 Thymomen und fünf Thymuskarzinomen. Bei den Thymuskarzinomen handelte es sich ausschließlich um Plattenepithelkarzinome. Der Altersdurchschnitt bei Erstdiagnose lag bei 50,3 Jahren (s. Tab. 3).

Tab. 3 Kollektiv Genexpressionsanalyse Kollektiv der Tumorpatienten zur Erstellung einer Genexpressionsanalyse. Klassifiziert nach WHO. Mit angeben ist das Durchschnittsalter bei Diagnose sowie das Geschlecht.

Statistisch verglichen wurden mit der Software SAS die Genexpression TC gegen B3-Thymome („TSCC vs. B3“, s. Abb. 8, Tab. 4) und TC gegen alle B3-Thymome („TSCC vs.

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4.1 Genexpressionsanalyse von Thymusepithel-Tumoren

Zur Darstellung signifikanter Unterschiede der Genexpression von TET wurden DNA-Microarrays mit Tumorgewebe an der Medizinischen Fakultät Mannheim (Zentrum für Medizinische Forschung) durchgeführt. Die Daten wurden vom wissenschaftlichen Mitarbeiter Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht erhoben. Für die Genexpressionsanalyse wurde Kryogewebe und Affymetrix GeneChips^Ò-Analyse verwendet. Die notwendigen Tumoren wurden vom Pathologischen Institut des Universitätsklinikums Mannheim zur Verfügung gestellt. Diagnostisch wurden die Tumoren von Prof. Dr. med. Alexander Marx und Prof. Dr. med. Philipp Ströbel einer Tumorentität nach WHO zugeordnet. Insgesamt enthält das Kollektiv Tumorproben von zwölf weiblichen und zwölf männlichen Patienten, bestehend aus einem Typ A, zwei Typ AB, einem Typ B1, drei Typ B2, zwölf Typ B3 Thymomen und fünf Thymuskarzinomen. Bei den Thymuskarzinomen handelte es sich ausschließlich um Plattenepithelkarzinome. Der Altersdurchschnitt bei Erstdiagnose lag bei 50,3 Jahren (s. Tab. 3).

Tab. 3 Kollektiv Genexpressionsanalyse Kollektiv der Tumorpatienten zur Erstellung einer Genexpressionsanalyse. Klassifiziert nach WHO. Mit angeben ist das Durchschnittsalter bei Diagnose sowie das Geschlecht.

Statistisch verglichen wurden mit der Software SAS die Genexpression TC gegen B3-Thymome („TSCC vs. B3“, s. Abb. 8, Tab. 4) und TC gegen alle B3-Thymome („TSCC vs.

Rest“, s. Abb. 9, Tab. 4). Die Affymetrix GeneChips^Ò enthielten 19674 Gene, wovon insgesamt im Vergleich TC vs. T3 und TC vs. alle Thymome 3367 signifikant reguliert waren. Die statistische Analyse wurde ebenfalls von Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht der Medizinischen Fakultät Mannheim durchgeführt.

Um signifikant unterschiedlich exprimierte Gene auf Proteinebene zu validieren, wurden PNMAL1 und HEPACAM2 (in Abb. 8 und Abb. 9 jeweils mit Pfeil gekennzeichnet) ausgewählt. Das exakte Signifikanzniveau der beiden Gene ist in Tab. 4 aufgelistet. PNMAL1 zeigte im Vergleich „TSCC vs. B3“ eine zur Basis 2 logarithmierte Ratio (TSCC/B3) von -5,06 (p < 0,0001) und im Vergleich „TSCC vs. Rest“ eine zur Basis 2 logarithmierte Ratio (TSCC/Rest) von -5,45 (p < 0,0001). Somit ist PNMAL1 in der Gruppe der Thymome im Vergleich zu den Thymuskarzinomen verstärkt exprimiert. HEPACAM2 zeigte im Vergleich

„TSCC vs. B3“ eine zur Basis 2 logarithmierte Ratio (TSCC/B3) von 5,39 (p < 0,0001) und im Vergleich „TSCC vs. Rest“ eine zur Basis 2 logarithmierte Ratio (TSCC/Rest) von 5,31 (p

< 0,0001). Somit ist HEPACAM2 in der Gruppe der Thymuskarzinome im Vergleich zu der Gruppe der Thymome verstärkt exprimiert. Ebenfalls signifikant reguliert erschien Kit (in Abb. 8 und Abb. 9 mit Pfeil gekennzeichnet), welches für eine Rezeptor-Tyrosinkinase kodiert und dessen verstärkte Expression in Thymuskarzinomen bereits bekannt ist (Henley et al. 2004; Pan et al. 2004; Ströbel et al. 2004a; Petrini et al. 2010). KIT zeigte den größten Genexpressionsunterschied (TSCC vs. B3 und TSCC vs. Rest) zugunsten der Thymuskarzinome (Ratio log2(TSCC/B3) = 6,07, p < 0,0001 und Ratio log2(TSCC/Rest) = 6,25, p < 0,0001).

Rest“, s. Abb. 9, Tab. 4). Die Affymetrix GeneChips^Ò enthielten 19674 Gene, wovon insgesamt im Vergleich TC vs. T3 und TC vs. alle Thymome 3367 signifikant reguliert waren. Die statistische Analyse wurde ebenfalls von Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht der Medizinischen Fakultät Mannheim durchgeführt.

Um signifikant unterschiedlich exprimierte Gene auf Proteinebene zu validieren, wurden PNMAL1 und HEPACAM2 (in Abb. 8 und Abb. 9 jeweils mit Pfeil gekennzeichnet) ausgewählt. Das exakte Signifikanzniveau der beiden Gene ist in Tab. 4 aufgelistet. PNMAL1 zeigte im Vergleich „TSCC vs. B3“ eine zur Basis 2 logarithmierte Ratio (TSCC/B3) von -5,06 (p < 0,0001) und im Vergleich „TSCC vs. Rest“ eine zur Basis 2 logarithmierte Ratio (TSCC/Rest) von -5,45 (p < 0,0001). Somit ist PNMAL1 in der Gruppe der Thymome im Vergleich zu den Thymuskarzinomen verstärkt exprimiert. HEPACAM2 zeigte im Vergleich

„TSCC vs. B3“ eine zur Basis 2 logarithmierte Ratio (TSCC/B3) von 5,39 (p < 0,0001) und im Vergleich „TSCC vs. Rest“ eine zur Basis 2 logarithmierte Ratio (TSCC/Rest) von 5,31 (p

< 0,0001). Somit ist HEPACAM2 in der Gruppe der Thymuskarzinome im Vergleich zu der Gruppe der Thymome verstärkt exprimiert. Ebenfalls signifikant reguliert erschien Kit (in Abb. 8 und Abb. 9 mit Pfeil gekennzeichnet), welches für eine Rezeptor-Tyrosinkinase kodiert und dessen verstärkte Expression in Thymuskarzinomen bereits bekannt ist (Henley et al. 2004; Pan et al. 2004; Ströbel et al. 2004a; Petrini et al. 2010). KIT zeigte den größten Genexpressionsunterschied (TSCC vs. B3 und TSCC vs. Rest) zugunsten der Thymuskarzinome (Ratio log2(TSCC/B3) = 6,07, p < 0,0001 und Ratio log2(TSCC/Rest) = 6,25, p < 0,0001).

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Abb. 8 Volcano Plot TSCC vs. B3

Daten von Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht, Universität Mannheim. y-Achse: -log10(p-Wert). x-Achse: Estimate of TSCC vs. B3 entspricht log2(Ratio TSCC/B3). Ausgewählte Gene PNMAL1, HEPACAM2 und KIT sind einem mit Pfeil gekennzeichnet.

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Abb. 8 Volcano Plot TSCC vs. B3

Daten von Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht, Universität Mannheim. y-Achse: -log10(p-Wert). x-Achse: Estimate of TSCC vs. B3 entspricht log2(Ratio TSCC/B3). Ausgewählte Gene PNMAL1, HEPACAM2 und KIT sind einem mit Pfeil gekennzeichnet.

Abb. 9 Volcano Plot TSCC vs. Rest

Daten von Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht, Universität Mannheim. y-Achse: -log10(p-Wert). x-Achse: Estimate of TSCC vs. Rest entspricht log2(Ratio TSCC/Rest). Ausgewählte Gene PNMAL1, HEPACAM2 und KIT sind mit einem Pfeil gekennzeichnet.

Tab. 4 Genexpressionsanalyse von TET

Daten der Genexpressionsanalyse von TET mit Affymetrix GeneChips^Ò.Ausgewertet wurden die Daten mit der Software SAS von Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht, Fakultät Biotechnologie Universität Mannheim. Auswertung der Genexpressionsanalyse von Thymusepithel-Tumoren. Mit angegeben ist der p-Wert für die Ratio TSCC/B3 und Ratio TSCC/Rest.

Abb. 9 Volcano Plot TSCC vs. Rest

Daten von Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht, Universität Mannheim. y-Achse: -log10(p-Wert). x-Achse: Estimate of TSCC vs. Rest entspricht log2(Ratio TSCC/Rest). Ausgewählte Gene PNMAL1, HEPACAM2 und KIT sind mit einem Pfeil gekennzeichnet.

Tab. 4 Genexpressionsanalyse von TET

Daten der Genexpressionsanalyse von TET mit Affymetrix GeneChips^Ò.Ausgewertet wurden die Daten mit der Software SAS von Dr. rer. nat. Dipl.-Biol. Carsten Sticht, Fakultät Biotechnologie Universität Mannheim. Auswertung der Genexpressionsanalyse von Thymusepithel-Tumoren. Mit angegeben ist der p-Wert für die Ratio TSCC/B3 und Ratio TSCC/Rest.

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