Enzymatische Isolierung von Magnetosomen

Um die Magnetosomenketten im Detail und getrennt von den organischen Zell-bestandteilen untersuchen zu k¨onnen, mussten diese aus der Zelle entfernt wer-den. Dies kann entweder in der Kultur geschehen, aber auch f¨ur den Fall be-reits auf Halbleiterproben abgeschiedener Bakterien angewendet werden. Dieses Verfahren wurden genutzt, um Proben mit reinen Magnetosomen f¨ur weiterfol-gende physikalische Untersuchungen wie TEM oder AFM zu erhalten, bzw.

um die organischen Bestandteile abgeschiedener Bakterien weitestgehend ent-fernen zu k¨onnen. Von physikalischem Interesse in dieser Arbeit sind die Ma-gnetosomenketten, sprich die anorganischen Bestandteile. Biologische Zellreste oder Medienbestandteile k¨onnen st¨orend wirken und sollten von der Halbleitero-berfl¨ache weitestgehend entfernt werden. Generell musste aber darauf geachtet werden, daß trotz der Trennung der Magnetosomenketten von den Zellen, deren Struktur nicht zerst¨ort wurde. Das bedeutet, die Ketten sollten m¨oglichst in ih-rer L¨ange und Form erhalten bleiben, so wie sie auch in der Zelle anzutreffen sind. Die gleichen biologischen Strukturen (Phospholipid-Doppelschichten), die der Zelle Stabilit¨at geben, bewirken Selbiges f¨ur die Magnetosomenketten. Dies schloß Verfahren (siehe [91]) aus, die unselektiv alle organischen Bestandteile aufl¨osen (meist unter Verwendung mehrerer Enzyme und teilweise durch me-chanisches Aufbrechen der Zellen ¹⁰). Dies f¨uhrt folglich auch meist zu einer Zerst¨orung der organischen Magnetosomenmembran, die die Magnetitkristalle

8Ein Puffer ist eine w¨aßrige L¨osung, mit der der pH-Wert innerhalb eines Mediums in gewissen Grenzen konstant gehalten werden kann. Damit bewirkt man einen Austausch des Mediums durch den Puffer. Ersetzt man das Medium durch Reinstwasser oder Bidest H2O kann es zum osmotischen Platzen der Zellen kommen.

9Komplexbildendes Agenz, Ethylendiamin-tetraacetat

10Um Suspensionen von einzelnen Magnetosomenkristallen, analog einem Ferrofluid, zu er-halten, bieten sich solche Methoden an.

umschließt und der Kette Struktur verleiht.

Zum Trennen der Magnetosomen aus den Zellen findet man in

Ver¨offentlichun-Umfüllen einer gut

Abbildung 3.5: Schematische Darstellung des in dieser Arbeit verwendeten Verfahrens zur Lyse und Isolation der Magnetosomenketten aus Bakterien.

Nach einer Anreicherung der Zellen mit Hilfe von Zentrifugation werden die Zellen enzymatisch aufgebrochen und im Anschluß gereinigt. Genauere Erl¨aute-rungen im Text.

gen mehrere Ans¨atze, die unterschiedliche Ziele verfolgen. Die entsprechenden Verfahren werden gew¨ahlt, je nachdem ob beispielsweise die Membran, die Ma-gnetosomen bzw. die Ketten im Ganzen zu untersuchen und zu isolieren sind.

In [92] wird eine Methode beschrieben, mit der die Magnetosomen von Magneto-spirillum magnetotacticum durch Separation in einem magnetischen Feldgradi-enten von 2 Kilogauss von der restlichen, unmagnetischen Zellfraktion getrennt werden. Sch¨uler [25] isolierte Magnetosomen mit Hilfe von Ultrazentrifugation (24 Stunden bei 25.000 rpm) in einem dreistufigen Zuckergradienten. Die Zellen wurden in beiden F¨allen mit Hilfe eines mechanischen Zellaufschlußverfahrens (French-Press¹¹) aufgebrochen. Beide Verfahren ließen die Magnetosomen in Ketten, waren aber darauf ausgerichtet, proteinchemische Untersuchungen an der Magnetosommembran durchzuf¨uhren. Eine vergleichsweise einfache, aber durchaus effektive Methode wurde in [93] vorgestellt. Modifiziert wurde diese Methode in der vorliegenden Arbeit ¨ubernommen, um m¨oglichst große Mengen an Magnetosomen in Kette zu erhalten. Hierbei erfolgte das Aufbrechen der

Zel-11Hierbei werden die Zellen durch den mechanischen Einfluss von Metallkugeln aufgebro-chen.

len vonMagnetospirillum magnetotacticum auf enzymatischem Weg, mit Hilfe des EnzymsLysozym.

Das Enzym Lysozym wirkt auf die, bei Bakterien zus¨atzlich zur

Zellmem-Abbildung 3.6: Abgeschiedene Bakterien vom Stamm Magnetospirillum ma-gnetotacticum links vor und rechts nach der Behandlung mit Lysozym (im Hell-feld). Rechts erkennt man, markiert durch Pfeile, daß ein großer Teil der Bak-terien aufgeplatzt ist und Zellwasser und damit ihre Bestandteile verloren hat.

bran vorhandene Zellwand. Es wirkt nicht auf die Phospholipid-Doppelschicht der Zellmembran bzw. der Magnetosomenmembran und l¨aßt damit die Ket-ten intakt. Lysozym spaltet die glykosidischen Bindungen des Mureins, welches den stabilisierenden Bestandteil der Bakterienzellwand bildet [87]. Die Bakteri-enwand von gramnegativen Bakterien wie Magnetospirillum magnetotacticum und Magnetospirillum gryphiswaldense ist mehrschichtig aufgebaut. Zum Zel-linneren weisen sie zun¨achst eine aus Phospholipiden und eingelagerten Pro-teinen bestehende Cytoplasmamembran auf, ¨ahnlich der von eukaryontischen Zellen. Zur Stabilisierung besitzen Bakterien aber neben einer weiteren ¨auße-ren, komplex zusammengesetzten Membran, eine dazwischenliegende Schicht aus dem Peptidoglykan Murein, einem Makromolek¨ul, das weitr¨aumig vernetzt das St¨utzskelett der Zellwand bildet. Unterst¨utzt werden muß der enzymati-sche Spaltvorgang durch die Hinzugabe von EDTA, was die Ca²⁺-Ionen ent-fernt, welche mit der Stabilit¨at der Lipopolysaccharidschicht in Verbindung gebracht werden (siehe dazu [87]). Die Effektivit¨at h¨angt dabei stark von den verwendeten Konzentrationen des Enzyms ab. Einen schematischen ¨Uberblick des Verfahrens findet man in Abbildung 3.5. Zun¨achst muss eine Lysozyml¨osung angesetzt werden. Diese besteht aus einer 50µg Lysozym pro ml - L¨osung mit einem Zusatz EDTA. L¨osungsmittel ist bidestilliertes Wasser. Nach der Zu-gabe der Lysozyml¨osung zu der vorher gereinigten und durch Zentrifugation aufkonzentrierten Bakteriensuspension, wurde diese bei 37^◦C f¨ur eine

ausrei-chende Zeit (mindestens 2 h) inkubiert. Die Wirkdauer des Lysozyms ist auf wenige Stunden beschr¨ankt. Die ¨ubliche Inkubationsdauer wurde auf ca. 12 h angesetzt. Danach wurde das Ergebnis der Lyse mit dem Lichtmikroskop kon-trolliert. Lysierte bzw. in Lyse befindliche Zellen erkennt man deutlich an ih-rem aufgequollenen Zellleib (siehe Abbildung 3.6). Die erhaltenen Magnetsome befanden sich auch nach dem Trennvorgang in Kettenform. Dies konnte mit elektronenmikroskopischen Untersuchungen (TEM und REM) best¨atigt wer-den. Die enzymatische Lyse der Bakterien ist zwar eine effektive Methode zur

Abbildung 3.7:Rasterelektronische Aufnahmen von Magnetosomenketten auf Proben. Die intakten Bakterien wurden aus ihrer Kultur auf GaAs-Substrat abgeschieden, mit Lysozym aufgebrochen und die Zellreste durch meh-rere Waschschritte entfernt. Im Bild a) erkennt man eine komplette, lineare Kette von 19 Magnetosomen, die praktisch frei von organischen Verunreinigun-gen ist. In Bild b) sind die organischen ¨Uberreste der Zellen als Schatten noch erkennbar. In Bild c) ist die Magnetosomenkette noch von Resten der Bakteri-enh¨ulle umgeben.

Trennung der Magnetosomenketten von den Zellen, dennoch sind nicht, wie bei mechanische Verfahren (French-Press), alle Zellen aufgebrochen. Den Ertrag an getrennten Magnetosomenketten und den Reinheitsgrad der Proben kann man durch eine Nachbehandlung mit Ultraschall erh¨ohen¹². Nach der Lyse werden durch Waschschritte in Puffer und Bidest (zweifach destilliertes Wasser) die gr¨obsten Verunreinigungen durch Zellreste entfernt. Die erhaltene Reinheit war ausreichend f¨ur die gew¨ahlten physikalischen Methoden. Dennoch befinden sich

12Durch die Behandlung mit Ultraschall k¨onnen die Ketten mechanisch zerst¨ort werden. Die Aufnahmen in diesem Kapitel wurden an Proben gemacht, bei denen Ultraschall angewendet wurde, um die Reinheit und damit die Qualit¨at der Aufnahmen zu erh¨ohen. Im Falle von Proben f¨ur Mikro-Hallmessungen wurde nur ein kurzer US-Dip angewandt, um die Ketten nicht zu zerst¨oren.

die isolierten Magnetosome z.T. in einer Matrix aus Verunreinigungen (Zellre-ste). Zur vollst¨andigen Entfernung dieser Reste w¨are die erw¨ahnte Methode von Sch¨uler [25] das zu w¨ahlende Verfahren.

In den Abbildungen 3.7 und 3.8 sind exemplarisch,

rasterelektronenmikrosko-Abbildung 3.8: Rasterelektronische Aufnahmen bei ca. 44.000 facher Ver-gr¨oßerung mit SE2 (Secondary Electron Detector) aufgenommen. Nach dem enzymatischen Aufbrechen der Bakterien werden durch eine Waschprozedur die organischen Reste entfernt, so daß die freie Kette erkennbar ist. An zwei Ma-gnetosomen wurden die wahrscheinlichen Kristallmorphologien eingezeichnet.

Vermutlich sind beide Magnetosome entlang der Kettenachse mit derh111i Kri-stallrichtung orientiert.

pische Aufnahmen von auf GaAs abgeschiedenen Magnetosomenketten gezeigt.

Durch die Verwendung einer Feldemissionskathode war es m¨oglich, kontrast-reiche Abbildungen der Magnetosomen selbst, bei auskontrast-reichender Vergr¨oßerung zu erhalten. Dies verdeutlicht auch die grundlegende Bedingung, die zu unter-suchenden Magnetosomen und nicht die Bakterien, durch die abbildende und pr¨aparierende Methode des REM / ESL (siehe Kapitel 4) f¨ur Untersuchungen zug¨anglich zu machen: mit dem ¨alteren REM Ger¨at am Lehrstuhl (mit LAB6 Kathode) konnte kein ausreichender Kontrast zur Abbildung der Magnetoso-men erreicht werden. Somit war keine ¨Uberpr¨ufung der Lage der Magnetoso-men, aber auch keine Untersuchung an Form und speziellen Kettenanomalien mit Hilfe von REM-Aufnahmen m¨oglich.

In der Abbildung 3.7 sind unter Verkippung aufgenommene Magnetosomen-ketten zu sehen, die nach der beschriebenene Methode des Abscheidens und der Reinigung (siehe Kapitel 4) pr¨apariert wurden. Die Aufnahmen

verdeut-Abbildung 3.9:Rasterelektronische Aufnahmen als weitere Beispiele von Ma-gnetosomenketten abgeschieden auf GaAs. Das linke Bild verdeutlicht, daß die Ketten von ihrer ursp¨unglichen Konformit¨at deutlich abweichen k¨onnen. Offen-sichtlich wurde hier durch mechanische Beanspruchung, beispielsweise w¨ahrend des Abscheidens, die Kettenstruktur zumindest teilweise zerst¨ort. Eine aus zwei Magnetosomen bestehende Teilkette (Kreis) hat sich an die Hauptkette ange-lagert. Das mit A markierte Magnetosom ist ein Kristallzwilling, w¨ahrend B ein erh¨ohtes Aspektverh¨altnis aufweist. Das rechte Bild zeigt eine unterbroche-ne Kette. Der verbindende Kettenteil ist vermutlich durch die Waschprozedur verloren gegangen. Der linke Kettenabschnitt ist ca. 185 nm lang.

lichen die Verh¨altnisse, wie sie auch - unter optimalen Bedingungen - auf ei-ner Mikrohall-Sensorstruktur w¨unschenswert w¨aren. Leider sind aus diversen Gr¨unden, die Reinheitsgrade nach den verschiedenen Reinigungsprozessen bei Mikrohall-Proben nicht immer in dieser Qualit¨at zu erreichen. Auf den Abbil-dungen sind eine Vielzahl an Details ersichtlich. In Abbildung 3.7 a) ist eine praktisch geradlinige Kette von 19 Magnetosomen zu sehen, die noch intakt, d.h. nicht durch den Abscheideprozess in einzelne Fragmente zerbrochen ist. In 3.7 b) und c) sind teilweise deutliche Anomalien der Kette zu erkennen. Diese k¨onnen bereits im Laufe des Wachstumsprozess entstanden, aber auch Folge des Abscheideprozesses (siehe dazu Kapitel 5 und 7) sein.

In Abbildung 3.8 sind an zwei Magnetosomen die vermuteten Kristallmorpho-logien identifiziert. In rasterelektronischen Aufnahmen sind, je nach verwende-tem Detektor und Kontrastart, die Kristallmorphologien schwerer auszumachen als bei TEM-Aufnahmen. Dennoch scheinen an den beschriebenen Stellen, die

Magnetosomen in ihrer urspr¨unglichen, in vivo Konfiguration (Magnetosomen-achse h111i entlang der Kettenachse) orientiert zu sein. In Abbildung 3.8 ist die typische Form einer abgeschiedenen Kette zu erkennen. Durch den Abschei-deprozess verliert die Kette ihre geradlinige Form. Teilweise werden einzelne Fragmente der Kette herausgebrochen und aus der Gesamtkette entfernt. Wie sich herausstellte, treten diese Anomalien auch bei den, f¨ur Mikrohallmessun-gen untersuchten Ketten auf. Meist kann also die Integrit¨at der Kette gest¨ort sein. Je nach vorhandenen organischen Resten, sind die Magnetosome dann in einer mehr oder minder festen Matrix gebunden.

Auch die zu w¨ahlenden Parameter f¨ur die REM-Aufnahmen mussten durch Ver-suchsserien ermittelt und optimiert werden. Die Kontrastarten und Mechanis-men von biologischen Proben in Rasterelektronenmikroskopen sind unterschied-licher Natur. Normalerweise liefert biologische Materie, da sie nicht leitend ist, keinen Kontrast. Die Magnetitkristalle lieferten auf Grund ihrer Dichte und ihrer elektrischen Eigenschaften dagegen einen deutlichen Kontrast. Es wur-den zwei Detektortypen des neuen Rasterelektronenmikroskops angewendet: der SE2 (Secondary electron detector) und der sogenannte Inlense Detector. Je nach verwendetem Detektor wurde entweder mit hohen (um die 20 kV) oder niedri-gen Beschleunigungsspannunniedri-gen gearbeitet. Die empirisch ermittelten Parame-ter und Einstellungen, lieferten eine konstratreiche Abbildung der Magnetoso-menketten, wobei auch organische Reste erkennbar waren. Keine Probe wurde goldbeschichtet. Deswegen ist bei der Interpretation der REM-Aufnahmen, hin-sichtlich organischer ¨Uberreste und Strukturen, eher Vorsicht angebracht. Ein grober Vergleich von licht- mit elektronenmikroskopischen Abbildungen konnte aber einen guten Eindruck des Verunreinigungsgrades der Proben geben.

Diese Aufnahmen dienten insbesondere zur morphologischen Untersuchung der Struktur, Anzahl und Form der Magnetosomen. Außerdem vermittelten sie einen Eindruck der Gr¨oßenverh¨altnisse der biogenen Magnete, um sp¨ater bei zu messenden Proben R¨uckschl¨usse ziehen zu k¨onnen.

Zusammenfassend kann bemerkt werden, daß mit Hilfe der hier beschriebenen mikrobiologischen Methoden, umfangreiche M¨oglichkeiten zur Untersuchung von Magnetosomen geschaffen wurden. Eine Kenntnis dieser Methoden erleich-terte auch den Umgang beim Zusammenwirken mit Halbleitern beim Proben-pr¨aparationsprozess auf mikrostrukturierten Hallbars. Mit Hilfe der Rasterelek-tronenmikroskopie waren die Magnetosomen in Form und Morphologie vorab untersuchbar. Damit konnten auch die Mikro-Hallmessungen besser verstanden und interpretiert werden.

Angewachsene Verdünnung vonStammkultur

Mikroskopie

Überimpfenauf frischesMedium Aufbewahrungbeica.4°C

Stammkulturvon (DSMZDarmstadt)

Magnetospirillum magnetotacticumInkubieren bei30°C Aufbewahrungbeica.4°C

Probennahme fürAbscheidenaufHL Überimpfenauf frischesMedium

Animpfen

Inkubieren bei 30°C

VerdünnenAnimpfenvon Stammkultur ÜberimpfenundStammhaltung VorbereitungMedium

EinwiegenderBestandteile Gasaustausch: 3xEvakuieren 3xStickstoffüberdruck2bar Autoklavierenbei121°C Fertigessteriles Medium

Stickstoff- überdruck ablassen

1.Verdünnung Sterilen O zugeben

2

EinstellendespHWertesmitNaOH AbfülleninRollrandgläser

Abbildung 3.10: Gesamt¨ubersicht zur Kultivierung und Stammhaltung von Magnetospirillum magnetotacticum. Weitere Erl¨auterungen im Text.