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Ziel der Arbeit war die Feinkartierung des proximalen Abschnitts des Rinderchromosoms 1 (BTA1). Mit Hilfe der vergleichenden Genkartierung zwischen Rind und Mensch sollten neue Genorte in diesem Chromosomensegment durch Radiation Hybrid (RH)-Mapping und Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) kartiert werden, um Bruchpunkte der Rearrangements zwischen BTA1 und HSA21 möglichst genau einzugegrenzen. Da HSA21 und der proximale Abschnitt von BTA1 Homologien aufweisen, konnten die bereits beim Menschen physikalisch kartierten Gene zur vergleichenden Genomkartierung beim Rind eingesetzt werden. Zusätzlich sollte geklärt werden, ob das FOXL2-Gen, das bei der Ziege als Kandidatengen für die Hornlosigkeit diskutiert wird, in der Genomregion des Polled-Locus kartiert. Die verfeinerte Genkarte im proximalen Bereich von BTA1 sollte für die Anordnung des für die Hornlosigkeit beim Rind verantwortlichen Polled-Locus an einem Fleckvieh-Tiermaterial eingesetzt werden. Somit sollte die Voraussetzung geschaffen werden, um den bovinen Polled-Genort molekulargenetisch zu charakterisieren.

Für sieben ausgewählte Gene aus der in Vorstudien identifizierten homologen HSA21q22.11-q22.12 Chromosomenregion konnten nach dem Screening mit humanen cDNA Sequenzen positive bovine BAC Klone identifiziert werden. Die FISH Kartierung der bovinen BAC Klone auf Metaphasechromosomen ergab eine Lokalisation von sechs Genen (GRIK1, PRED33, SYNJ1, KCNE2, IL10RB und PRKCBP2) auf BTA1q12.1-q12.2. Mit der FISH und RH-Kartierung des Gens RUNX1 auf BTA23 konnte eine bislang unbekannte Homologiebeziehung zwischen HSA21 und BTA23 beobachtet werden. Ebenso ergab sich für das auf BTA5 kartierte Gen CTBP2 eine weitere bisher unbekannte Homologiebeziehung zwischen HSA10 und BTA5. Auf dem RH Panel wurden zusätzlich zu diesen 7 neukartierten Genen insgesamt 10 Mikrosatelliten, 2 Rinder ESTs und 5 Gene aus den publizierten Karten von BTA1 typisiert. Die aus den Typisierungsergebnissen errechnete Comprehensive-Karte für das proximale BTA1 hatte eine Gesamtlänge von 329 cR3000. Es konnte zum Teil eine dem HSA21 entsprechende Genabfolge,

102 Zusammenfassung

aber auch einige bislang unbekannte chromosomale Rearrangements beobachtet werden. So konnten Bruchpunkte zwischen SOD1 und PRED33, SYNJ1 und PRKCBP2 sowie zwischen KCNE2 und RUNX1 nachgewiesen werden. Für die Gene PRKCBP2 und GRIK1 konnten zwei neue Mikrosatelliten gefunden werden. Der Mikrosatellit PRKCBP2_MS lag in der SP6-Randsequenz von BAC34 und besteht aus 20 Wiederholungen. Der Mikrosatellit GRIK1_MS hat 15 GT-Wiederholungen, er stammt aus der T7-Randsequenz des Klones BAC61.

Die Hybridisierung der BAC Filter mit dem bovinen Mikrosatellitenamplifikat des mit dem caprinen Polled-Intersex-Syndroms (PIS) assozierten Markers CH098 ergab positive Signale. Ein BAC Klon wurde cytogenetisch auf BTA1q42-q44 kartiert.

Daher kann das bei der Ziege in der Nähe dieses Markers angenommene FOXL2 Gen als Kandidatengen für die Hornlosigkeit beim Rind wahrscheinlich ausgeschlossen werden. Bei der Kopplungsanalyse anhand von 7 Halbgeschwisterfamilien mit insgesamt 258 Deutschen Fleckviehtieren wurde die aus dem RH-Mapping resultierende Markeranordnung vorausgesetzt und der Polled-Locus dazu angeordnet. Die wahrscheinlichste Position des Polled-Polled-Locus lag zwischen BM6438 und TGLA49. Die genetische Distanz zu BM6438 betrug 1,1 cM und zu TGLA49 2,8 cM.

7 Summary

Anke Bader, geb. Stephan:

„Polledness in cattle - a molecular genetic study”

The aim of this study was the fine mapping of the proximal part of BTA1. Using comparative mapping data bovine orthologs of annotated HSA21 genes should be mapped to get information about conservation of synteny or chromosomal breakpoints between the proximal BTA1 and HSA21q. In addition the gene FOXL2, representing a candidate gene for the polled/intersex syndrome XX sex-reversal goat (PIS), should be tested wether it might be also a candidate gene for polledness in cattle. Finally, the Polled-Locus should be located by linkage analysis of 122 offspring from heterozygous polled Simmental sires.

To map bovine orthologs of annotated HSA21q22.11-q22.12 genes, seven large insert clones were obtained by screening a bovine BAC library with gene-specific human cDNA clones. The cytogenetic location of six genes (GRIK1, PRED33, SYNJ1, KCNE2, IL10RB and PRKCBP2) was BTA1q12.1-q12.2, which was established by FISH on GTG banded metaphase chromosomes. In contrast we located RUNX1 on BTA23q21 by FISH. Two novel microsatellites associated with the genes PRKCBP2 and GRIK1 were found. In addition to these 7 novel genes, 10 microsatellites, 2 bovine ESTs and 5 genes that had previously been published, were typed on the Roslin/Cambridge radiation hybrid panel. This resulted in a total comprehensive map length of 329 cR3000. In general, conservation of synteny was observed for proximal BTA1 and HSA21q. However, multiple disruptions in gene order have occurred within this region. The observed gene order in cattle displayed three breakpoints in contrast to the human gene order, i.e. between SOD1 and PRED33, SYNJ1 and PRKCBP2, KCNE2 and RUNX1 thus refining the comparative map. The location of RUNX1 on BTA23 indicates a previously unknown homology between HSA21 and BTA23. Similarly the location of CTBP2 on BTA5 indicates a previously unknown homology between HSA10 and BTA5.

104 Summary

Hybridization of the BAC filters with the bovine amplificated microsatellite of the PIS associated marker CH098 resulted in positive signals. The identified BAC clone was cytogenetically mapped on BTA1q42-q44. Therefore, the FOXL2 gene which is expected to be tightly linked to this marker can probably excluded as a candidate gene for polledness in cattle.

For the linkage analysis we used the marker order derived from the RH mapping.

The most probable location of the polled locus is between BM6438 and TGLA49, with a distance of 1,1 cM to BM6438 and a distance of 2,8 cM to TGLA49.

In following studies the putative region harbouring the polled gene should be refined by using the syntenic information of HSA21q between SYNJ1 and SOD1. The ordered BAC clones of this study might be used as a starting point for the assembly of a nascent BAC contig.

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