mögliche Motive für CIS-Elemente der HvSPMS1-upstream-Region

Matrix-score ^Sequenz Funktion

5UTR Pyr-reicher

Abschnitt Lycopersicon esculentum 219 + 9 TTT CTT CTC T

CIS-Element, das für hohe Transkriptionsrate steht, ohne dass weitere CIS-Elemente bis auf eine TATA-Box benötigt werden

A-Box Petroselinum crispum

643 + 6

CCG TCC

CIS-Element, das für hohe Transkriptionsrate steht, ohne dass weitere CIS-Elemente bis auf eine TATA-Box benötigt werden

843 - 6

762 + 6

720 - 6

817 + 6

1258 + 6

2105 + 6

1704 + 6

AAGAA-Motiv Avena sativa

1651 - 9 GGT AAA GAA A

2510 + 7 _{GAA AGA A}

1717 - 7

ABRE Arabidopsis thaliana 183 + 6 ^{CAC GTG} Potentielles CIS-Elemente, das an Abscisinsäure (ABA) und der TrStr-Antwort von Cor15a beteiligt ist

988 - 6 ^{CAC GTG}

AE-Box Arabidopsis thaliana 1093 + 8 AGA AAC AA Teil eines Systems bestehend aus 3 bis 4 Gap- und 2 AE-Boxen; Lichtreaktivität vermittelnd

AT-reiche Sequenz Pisum sativum 425 - 9 TAA AAT ACT notwendig für maximale Elicitor-vermittelte Aktivierung von PsChs1 (Sequenz 2x erforderlich)

Box 1 Pisum sativum 408 - 7 ^{TTT CAA A} CIS-Element, beteiligt an Lichtempfindlichkeit

Box 4 Petroselinum crispum 1016 - 6 ^{ATT AAT} Teil des pal-konservierten DNA-Modul-Arrays (pal-CMA1), an Lichtreaktion beteiligt

BRE-Element 1592 + 7 ^{CCA CGC C}

allgemeines Kernpromotor-Element

1729 + 7 ^{GCA CGC C}

CAAT-Box Glycine max 21 + 5 ^{CAA TT} allgemeines CIS-Element in Promotor- und

Enhancer-Region

CAAT-Box Arabidopsis thaliana 703 + 5 ^{CCA AT}

Motivbezeichnung Organismus Position Strang

Matrix-score ^Sequenz Funktion

Glycine max 386 + 5 ^{CAA TT}

Brassica rapa 904 - 5 ^{CAA AT}

Hordeum vulgare 109 + 4 _{CAA T}

Hordeum vulgare 704 + 4

Brassica rapa 478 + 5 ^{CAA AT}

Hordeum vulgare 1143 - 4 ^{CAA T}

Brassica rapa 2373 - 5 _CAAAT

Brassica rapa 1969 - 5

Hordeum vulgare 2564 - 4

CAA T

Hordeum vulgare 1477 - 4

Hordeum vulgare 2531 - 4

Hordeum vulgare 2297 + 4

Brassica rapa 2454 - 5 ^{CAA AT}

Glycine max 1476 - 5 ^{CAA TT}

Hordeum vulgare 2547 - 4 ^{CAA T}

Brassica rapa 2128 - 5 ^{CAA AT}

Hordeum vulgare 1809 - 4 ^{CAA T}

Glycine max 2371 + 5 ^{CAA TT}

CAT-Box Arabidopsis thaliana 585 - 6 ^{GCC ACT} allgemeines CIS-Element in Promotor- und Enhancer-Region

CATT-Motiv

Zea mays 757 + 6

GCA TTC Teil des ppdk-konservierten DNA-Modul-Arrays (ppdk-CMA1), an Lichtreaktion beteiligt

Zea mays 983 - 6

Zea mays 1215 + 6

Zea mays 2430 - 6

CCGTCC-Box Arabidopsis thaliana

643 + 6

CCG TCC CIS-Element, mit spezifischer Meristemaktivierung assoziiert

843 - 6

762 + 6

720 - 6

817 + 6

1258 + 6

Motivbezeichnung Organismus Position Strang

Matrix-score ^Sequenz Funktion

CCGTCC-box Arabidopsis thaliana 2105 + 6 _{CCG TCC} CIS-Element, mit spezifischer Meristemaktivierung assoziiert

1704 + 6

CGTCA-Motiv Hordeum vulgare 529 - 5 ^{CGT CA}

Cis-Element, das an Methyljasmonat-Regelkreis beteiligt ist; assoziiert mit seiner komplementären Sequenz TGACG 15bp stromabwärts (Palindrom)

G-Box

Pisum sativum 183 + 6 _{CAC GTG}

CIS-Element, beteiligt an Lichtempfindlichkeit

988 - 6

2155 + 6 ^{CAC GTT}

Arabidopsis thaliana 183 + 6 _{CAC GTG}

988 - 6

Zea mays 1241 + 6 ^{CAC GTC}

2155 + 6 ^{CAC GTT}

GA-Motiv Helianthus annuus 1149 + 8 AAA GAT GA Teil der LRE rbcS-(I-G)-Einheit des rbcS Gens

GARE-Motiv Brassica oleracea 2535 - 7 ^{AAA CAG A}

Gibberellin-geregeltes Element

2569 + 7 ^{TCT GTT G}

GC-Motiv Zea mays 1536 + 7 ^{GCC CCG G} Enhancer-ähnliches Element, an spezifischer,

sauerstofffreier Induzierbarkeit beteiligt

1604 + 6 ^{CCC CCG}

GCN4-Motiv Oryza sativa 1751 + 7 ^{TGT GTC A}

CIS-Element, an Endospermexpression beteiligt

2424 - 7 ^{CAA GCC A}

GT1-Motiv Avena sativa 44 + 7 ^{GGT TAA T} Element, beteiligt an Lichtempfindlichkeit

I-box Triticum aestivum 2045 - 8 AGA TAA GG Teil des rbcS-konservierten DNA-Modul-Arrays (rbcS-CMA6), an Lichtreaktion beteiligt

LAMP-Element Pisum sativum 1145 - 8 CTT TAT CA Teil des Pc-konservierten DNA-Modul-Arrays (Pc-CMA1), an Lichtreaktion beteiligt

LTR Hordeum vulgare 894 - 6 ^{CCG AAA} CIS-Element, an Kälteantwort beteiligt

MBS Arabidopsis thaliana 59 + 6 ^{CAA CTG} MYB-Bindungsstelle, an TrStr-induzierbarer

Myb-Bindungsstelle des rd29B-Gens beteiligt

MBS Zea mays 2438 + 6 ^{CGG TCA}

MYB-Bindungsstelle, CIS-Element mit schwacher Homologie zur TAACTG / CAGTTA-Konsensussequenz;

verknüpft mit Bz2-Genaktivierung durch R- und C1-Faktoren

MRE Petroselinum crispum 938 - 7 ^{AAC CTAA} Bindungsstelle, an Lichtreaktion und

MYB-Motivbezeichnung Organismus Position Strang

Matrix-score ^Sequenz Funktion

MRE Petroselinum crispum 2191 + 7 ^{AAC CTA A}

Erkennungselement beteiligt, das in vitro und in vivo durch verschiedene Typen von MYB-ähnlichen Proteinen (PcMYB1 und MYB305) erkannt wird

O2-Stelle Zea mays 1981 + 9 GAT GAT AT GG CIS-Element, an Zein-Metabolismus-Regulation beteiligt

P-Box Oryza sativa 1098 - 7 ^{CCT TTT G} Gibberellin-geregeltes Element

Skn-1-Motiv Oryza sativa

147 - 5

GTC AT

CIS-Element, für hohe Endosperm-Expressionsraten erforderlich; in kooperativer Interaktion mit anderen Motiven (AACA, GCN4, ACGT)

2039 + 5

Sp1 Oryza sativa 2087 + 6 ^{GGG CGG}

CIS-Element, beteiligt an Lichtempfindlichkeit

Zea mays 597 - 5 CC(G/A)CCC

TATA-Box

Zea mays 7 - 8 TTT AAA AA

Kernpromotor-Element, ca. 30 bp vor Transkriptionsstart Lycopersicon esculentum 8 + 5 ^{TTT TA}

Zea mays 9 + 8 TTT AAA AA

Lycopersicon esculentum 11 - 5 ^{TTT TA}

Glycine max 47 + 5 ^{TAA TA}

Arabidopsis thaliana

53 + 4 _{TAT A}

70 + 4

81 - 5 ^{TAT AA}

82 + 4 _{TAT A}

94 + 4

120 + 6 ^{TAT AAA}

Lycopersicon esculentum 122 - 5 _{TTT TA}

136 + 5

Brassica napus 143 + 6 ^{ATA TAT}

Arabidopsis thaliana 144 + 4 _{TAT A}

261 + 4

Lycopersicon esculentum 277 - 5 _{TTT TA}

291 + 5

Arabidopsis thaliana 340 + 4 ^{TAT A} Lycopersicon esculentum 347 - 5 ^{TTT TA}

Motivbezeichnung Organismus Position Strang

Matrix-score ^Sequenz Funktion

TATA-Box

Arabidopsis thaliana

377 - 6 ^{TAT AAA}

Kernpromotor-Element, ca. 30 bp vor Transkriptionsstart

378 - 5 ^{TAT AA}

379 + 4 ^{TAT A}

Lycopersicon esculentum 393 - 5 ^{TTT TA} Arabidopsis thaliana 402 - 5 ^{TAT AA}

403 + 4 ^{TAT A}

Lycopersicon esculentum 429 + 5 ^{TTT TA} Arabidopsis thaliana 438 - 5 ^{TAT AA}

439 + 4 ^{TAT A}

Glycine max 460 - 5 ^{TAA TA}

Brassica napus 461 + 6 ^{ATT ATA}

Arabidopsis thaliana 462 - 5 ^{TAT AA}

463 + 4 ^{TAT A}

Lycopersicon esculentum

498 + 5

TTT TA

768 + 5

936 + 5

1001 - 5

Glycine max 1015 - 5 _{TAA TA}

1018 + 5

Brassica napus 1020 - 6 ^{ATA TAT}

Arabidopsis thaliana 1021 - 4 ^{TAT A}

Glycine max 1038 - 5 ^{TAA TA}

Lycopersicon esculentum 1057 - 5 ^{TTT TA} Arabidopsis thaliana

1086 - 9 TCT ATA TAT T

1115 - 12 TAT AAA TAT AAA

1116 - 5 ^{TAT AA}

1117 + 4 ^{TAT A}

Daucus carota 1119 - 8 TAT AAA TA

Arabidopsis thaliana

1120 - 7 ^{TAT AAA T}

1121 - 6 ^{TAT AAA}

1122 - 5 ^{TAT AA}

Motivbezeichnung Organismus Position Strang

Matrix-score ^Sequenz Funktion

TATA-Box

Arabidopsis thaliana

1123 + 4 ^{TAT A}

Kernpromotor-Element, ca. 30 bp vor Transkriptionsstart

1873 - 9 TAT ATA AAT C

1877 + 9 TAT ATA AAG G

Brassica oleracea 1878 + 6 ^{ATA TAA}

Arabidopsis thaliana 1879 + 6 ^{TAT AAA} Lycopersicon esculentum 1907 + 5 ^{TTT TA}

Glycine max 1910 - 5 ^{TAA TA}

Brassica napus 1982 + 6 ^{ATT ATA}

Arabidopsis thaliana 1983 - 5 ^{TAT AA}

1984 - 4 ^{TAT A}

Helianthus annuus 2021 - 6 ^{TAT ACA}

Arabidopsis thaliana 2023 - 4 ^{TAT A}

Helianthus annuus 2074 - 6 ^{TAT ACA}

Arabidopsis thaliana

2076 - 4 ^{TAT A}

2124 - 5 ^{TAT AA}

2125 - 4 ^{TAT A}

Lycopersicon esculentum 2159 + 5 ^{TTT TA} Arabidopsis thaliana 2165 + 8 TAT TTA AA

2167 - 8

Brassica napus 2172 - 6 ^{ATA TAT}

Arabidopsis thaliana 2173 - 4 ^{TAT A}

Nicotiana tabacum 2179 - 9 TCT ATA AAT A Lycopersicon esculentum 2256 + 5 ^{TTT TA}

Glycine max 2403 - 5 ^{TAA TA}

Brassica napus 2404 + 6 ^{ATT ATA}

Arabidopsis thaliana 2405 - 5 ^{TAT AA}

2406 - 4 ^{TAT A}

Glycine max 2408 + 5 ^{TAA TA}

TC-reiches Motiv Nicotiana tabacum 1383 + 9 GTT TTC TTA C CIS-Element, an Stress-Antwort und -Abwehr beteiligt

1947 - 9

TCA-Element Brassica oleracea 1568 - 9 CAG AAA AGG A CIS-Element, an Salizylsäure-Antwort beteiligt

Motivbezeichnung Organismus Position Strang

Matrix-score ^Sequenz Funktion

TGA-Element Brassica oleracea 1079 + 6 ^{AAC GAC} Auxin-geregeltes Element

TGACG-Motiv Hordeum vulgare 529 + 5 ^{TGA CG}

CIS-Element, an Methyljasmonat-Regelkreis beteiligt (Bindestelle des Arabidopsis-bZIP-Proteins TGA1a); mit Komplementärsequenz verbunden

nicht benannt_1 Zea mays

629 + 5

CGT GG

840 + 5

1357 - 5

2468 + 5

1592 - 5

1471 + 5

2435 - 5

nicht benannt_2 Zea mays 1537 + 6 ^{CCC CGG}

nicht benannt_3 Zea mays

629 + 5

CGT GG

840 + 5

1357 - 5

2468 + 5

1592 - 5

1471 + 5

2435 - 5

nicht benannt_4 Petroselinum hortense

1 + 4

CTC C

654 + 4

269 + 4

747 - 4

229 + 4

674 - 4

598 - 4

961 + 4

179 - 4

657 + 4

420 - 4

814 + 4

Motivbezeichnung Organismus Position Strang

Matrix-score ^Sequenz Funktion

nicht benannt_4 Petroselinum hortense

265 + 4

CTCC

677 - 4

608 - 4

1103 - 4

1168 - 4

1821 - 4

1368 + 4

2215 - 4

1228 + 4

1890 + 4

1632 + 4

2219 - 4

1197 + 4

1838 + 4

1423 + 4

2103 + 4

1297 + 4

1637 - 4

nicht benannt_10 Zea mays 1424 + 9 TCC ACG TAG A

as-2-Box Nicotiana tabacum 1146 + 9 GAT AAT GAT G beteiligt an Schössling-spezifischer Expression und Lichtreaktion

Box S Arabidopsis thaliana 1917 - 7 ^{AGC CAC C} beteiligt an Elicitor-, Verwundungs- und Pathogenabwehr chs-CMA2b Petroselinum crispum 2146 + 11 GTA TCT ACT CAC Teil des chs-konservierten DNA-Modul-Arrays

(chs-CMA2), beteiligt an Lichtreaktion

zirkadianes Element Lycopersicon esculentum 1964 - 6 CAA NNN NAT C CIS-Element, beteiligt an circadianer mRNA-Akkumulationskontrolle

rbcS-CMA7a Lemna gibba 2045 - 9 GTC GAT AAG G Teil des konservierten DNA-Modul-Assays rbcS-CMA7, beteiligt an Lichtreaktion

Tabelle 72: mögliche Motive für CIS-Elemente der HvSPMS1-upstream-Region

PLACE- und PlantCARE-Datenbank-Recherchen; CORE-Datenbank akzeptierte maximale Basenabfolgelänge von 1'500 bp, Sequenz bei 1'500 bp geteilt, zweifach mit 20 bp Überschneidungsbereich analysiert; Bezeichnung Sequenzeinträge laut Datenbanken; Zeilen gleicher Einträge zusammengefasst

6.5.2. mögliche Motive für CIS-Elemente der HvSPMS2-upstream-Region

Im Dokument Einfluss von Trockenstress auf Polyamine und Sperminsynthasen in Gerste (Hordeum vulgare) (Seite 184-192)