SCL14 Inhibitor
8.1 Vektorkarten der im Rahmen dieser Arbeit erstellten Plasmide
8.2.2 Aminosäure-Alignment von TGA2, TGA5 und TGA6
TGA2 (1) MADTSPRTDVSTDDDTDHPDLGSEGALVNTAASDSSDRSKGKMDQKTLRR TGA6 (1) ---MQSDRGHMHAAASDSSDRSKDKLDQKTLRR TGA5 (1) MGDTSPRTSVSTDGDTDHNNLMFDEGHLGIGASDSSDRSKSKMDQKTLRR TGA2 (51) LAQNREAARKSRLRKKAYVQQLENSRLKLTQLEQELQRARQQGVFISGTG TGA6 (31) LAQNREAARKSRLRKKAYVQQLEDSRLKLTQVEQELQRARQQGVFISSSG TGA5 (51) LAQNREAARKSRLRKKAYVQQLENSRLKLTQLEQELQRARQQGVFISSSG TGA2 (101) DQAHSTGGNG-ALAFDAEHSRWLEEKNKQMNELRSALNAHAGDSELRIIV TGA6 (81) DQAHSTGGNGGALAFDAEHSRWLEEKNRQMNELRSALNAHAGDTELRIIV TGA5 (101) DQAHSTAGDG-AMAFDVEYRRWQEDKNRQMKELSSAIDSHATDSELRIIV TGA2 (150) DGVMAHYEELFRIKSNAAKNDVFHLLSGMWKTPAERCFLWLGGFRSSELL TGA6 (131) DGVMAHYEELFRIKSNASKNDVFHLLSGMWKTPAERCFLWLGGFPSSELL TGA5 (150) DGVIAHYEELYRIKGNAAKSDVFHLLSGMWKTPAERCFLWLGGFRSSELL TGA2 (200) KLLANQLEPMTERQLMGINNLQQTSQQAEDALSQGMESLQQSLADTLSSG TGA6 (181) KLLANQLEPMTERQVMGINSLQQTSQQAEDALSQGMESLQQSLADTLSSG TGA5 (200) KLIASQLEPLTEQQSLDINNLQQSSQQAEDALSQGMDNLQQSLADTLSSG TGA2 (250) TLGSSSSGNVASYMGQMAMAMGKLGTLEGFIRQADNLRLQTLQQMIRVLT TGA6 (231) TLGSSSSDNVASYMGQMAMAMGKLGTLEGFIRQADNLRLQTLQQMLRVLT TGA5 (250) TLGSSSSGNVASYMGQMAMAMGKLGTLEGFIRQADNLRLQTYQQMVRLLT TGA2 (300) TRQSARALLAIHDYFSRLRALSSLWLARPREWIL
TGA6 (281) TRQSARALLAIHDYSSRLRALSSLWLARPRE-GS TGA5 (300) TRQSARALLAVHNYTLRLRALSSLWLARPRE---
Abbildung 8.3: Aminosäure-Alignment von TGA2, TGA5 und TGA6. Blaue Buchstaben kennzeichnen eine Aminosäuresequenzübereinstimmung zwischen zwei Proteinen.
Übereinstimmungen zwischen allen drei Proteinen sind mit roten Buchstaben dargestellt. Ähnliche Aminosäuren sind durch schwarze Buchstaben gekennzeichnet, die mit grauer Farbe unterlegt sind. Schwach-ähnliche Aminosäuren sind mit grünen Buchstaben dargestellt.
8.3 Glossar
A Adenin
AD Aktivierungsdomäne ADH1 Alkoholdehydrogenase 1 aus S cerevisiae amp Ampicillin
APS Ammoniumpersulfat as-1 activating sequence-1
ASF-1 activating sequence factor-1 bidest. bidestilliert
BIS N, N`-Methylenbisacrylamid
bp Basenpaare
BSA Rinderserumalbumin
BY-2 Bright Yellow-2 Nicotiana tabacum Suspensionskultur
bZIP basischer Leucin-Zipper
bzw. beziehungsweise C Formelzeichen für Kapazität
C Cytosin ca. circa
CaMV Blumenkohlmosaikvirus „Cauliflower Mosaic Virus“
cDNA komplementäre DNA
cfu kolonienbildende Einheit
ChIP Chromatin-Immunopräzipitation CIAP Calf Intestine Alcaline Phosphatase
2,4-D 2,4-Dichlorphenoxyessigsäure Da Dalton
ddNTPs Didesoxyribonukleotide DEPC Diethylpyrocarbonat DMSO Dimethylsulfoxid
DNA Desoxyribonukleinsäure
DNase Desoxyribonuklease
dNTP Desoxynukleotidtriphosphat DTT Dithiothreitol
ECL Enhanced Chemiluminescence EDTA Ethylendiamintetraessigsäure
GFP green fluorescent protein (= Grün-fluoreszierendes Protein) GUS β-Glucuronidase
h Stunde(n) H Histidin
HBT hybrid booster of transcription, Hybrid-Promotor zur Verstärkung der Transkription
HEC Hydroxyethyl-Cellulose
HEPES N-[2-Hydroxyethyl]-piperazin-N´-[2-Ethansulfonsäure]
HR hypersensitive response (= hypersensitive Reaktion) HSP Heringssperma-DNA
IPTG Isopropyl-ß-D-thiogalactopyranosid JA Jasmonsäure
kb kiloBasen
Kit Produkt mit allen Komponenten, die man für einen Versuch braucht.
λ Bakteriophage Lambda
lacZ β-Galactosidase-Gen
LB Luria-Bertani Broth
Leu Leucin LiAc Lithiumacetat
MCS multiple Klonierungsstelle
Met Methionin min Minute
MOPS 3-(N-Morpholino)propansulfonsäure mRNA Boten-Ribonukleinsäure
MS Murashige und Skoog Medium
MU Methylumbelliferon MUG Methylumbelliferyl-βD-Glucuronid
NLS Kernlokalisationssignal NPR1 nonexpresser of PR genes 1
OD optische Dichte
oNPG o-Nitrophenyl-β-D-Galactopyranosid PAA Polyacrylamid
PAGE Polyacrylamidgelelektrophorese PCR Polymerasekettenreaktion PEG Polyethylenglykol
pH negativ dekadischer Logarithmus der Protonenkonzentration PMSF Phenyl-Methyl-Sulfonyl-Fluorid
Poly(A)- Polyadenyl-
PR pathogenesis-related
Primer Oligonukleotid, das als Startfragment für eine DNA-Synthese dient
PVDF Polyvinylidene Fluorid
R Formelzeichen für Widerstand
RNA Ribonukleinsäure RNase Ribonuklease
ROS reactive oxygen species (= reaktive Sauerstoffspezies) rpm Umdrehungen pro Minute (rotations per minute) RT Raumtemperatur
SA Salizylsäure
SAI salicylic acid-insensitiv (= Salicylsäure-insensitiv)
SCL14 Scarecow-like 14
SD Hefe Minimalmedium
SDS Natriumdodecylsulfat sek Sekunde(n)
ss einzelsträngig (single stranded) T Thymin
TE Tris-EDTA-Puffer TEMED N, N, N`, N`- Tetraethylendiamin
Tris Tris(hydroxymethyl)aminomethan Trp Tryptophan
U definierte Enzym-Einheit (unit)
ü.N. über Nacht
UV ultraviolettes Licht
v/v Volumenprozent (volume per volume)
w/v Gewichtsprozent (weight per volume)
X-Gal 5-Brom-4-Chlor-3-indolyl-ß-D-Galactopyranosid
Einzelbuchstabenkürzel für Aminosäuren
A Alanin G Glycin MMethionin S Serin
C Cystein H Histidin N Asparagin T Threonin D Asparaginsäure I Isoleucin P Prolin V Valin E Glutaminsäure K Lysin Q Glutamin WTryptophan F Phenylalanin L Leucin R Arginin Y Tyrosin
Danksagung
Zunächst möchte ich Frau Professorin Dr. Christiane Gatz dafür danken, dass ich dieses Thema vertiefen durfte, und dass sie mich stets unterstützt hat. Ich bin ihr besonders für die angenehme Atmosphäre während der gesamten Zeit und insbesondere während der Endphase dieser Arbeit dankbar.
Ein Dankeschön geht auch an PD Dr. Wolfgang Droege-Laser, der nicht nur das Korreferat übernommen hat, sondern mich auch stets bereitwillig mit Kaffee versorgt hat. Danke, Wolfgang !
Ein Dank geht auch an das Graduiertenkolleg 521, das diese Arbeit unterstützt hat.
Nicht vergessen möchte ich die Menschen, die das Laborleben in unserer Abteilung aufrecht erhalten. Ein großes Danke geht daher an Ronald, Annette, Larissa und Anna.
Ihr habt mir sehr geholfen.
Heike Freundt möchte dafür danken, dass sie stets da war, wenn etwaige Probleme auftauchten und immer einen Rat wusste.
Dr. Guido Kriete danke ich für die Unterstützung bei den Protoplasten-Assays und auch dafür, dass er uns alle organisatorischen Aufgaben abnimmt. Ich weiß das zu schätzen.
Ein großes Dankeschön geht an Dr. Corinna Thurow, weil sie mir viele Tipps gegeben hat und immer bereit war, über mein Thema zu diskutieren. Danke auch für das Lesen dieser Arbeit.
Meik und Hella gebührt ein sehr großer Dank dafür, dass sie diese Arbeit in kürzester Zeit korrekturgelesen haben.
Ivan, Benjamin, Marco, Katrin, Iris, Kazi und Thomas möchte ich für ihre vielfache Hilfe danken. Viel Erfolg auf dem Gebiet der SCL14-Forschung, Benjamin !
Ein dickes Dankeschön geht natürlich an meine Laborkollegen aus Raum 317 ! Danke Ralf, Matze und Katja. Miriam möchte ich ganz besonders für die Zeit danken, in der wir nebeneinander gesessen haben. Danke für die Pausen und dafür, dass Du meine Vorliebe für die „Turm-Mensa“ unterstützt hast.
Auf gar keinen Fall vergessen möchte ich die Leute „von unten“. Danke Stefan, Andrea, Tim, Thomas, Caroline, Katrin und allen „Ehemaligen“ für die Kaffeepausen und den gemeinsamen Spaß.
Ein großes Danke geht auch an Heike, Ute, Dennis, Yu und Thorsten. Danke für die paper, für alle Tipps und Eure moralische Unterstützung.
Ganz besonders herzlich möchte ich mich bei meinen Eltern bedanken, die mich während des Studiums und dieser Arbeit stets unterstützt haben. Ein Dankeschön auch an Siegfried Weltmeier für seine großzügige Unterstützung.
Und zu guter letzt ein ganz, ganz großes Dankeschön an Fridtjof. Danke für alles.
Lebenslauf