A Probabilistic Approach to Description of Molecular Biological Processes on DNA and Their Object Oriented Simulation

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possible complete molecular reactions:

probability for collision:

possible complete molecular reactions:

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* 6 p 2

= 10

no new product

possible complete molecular reactions:

probability for collision:

* 6 p 2

= 6

modified DNA pool 9 x

5 x 1 x possible complete molecular reactions:

probability for collision:

* 10 p 2

= 10

0.15 0.23

0.39 0.23

number of DNA strands: p = 10 + 6 = 16

minimum nucleotide bonding rate for stable hybridized DNA double strands: 50%

molecular event: strand hybridization DNA pool

10 x 6 x

probability for collision:

Create list (matrix) of molecular events and their probabilities including side effects 1.

2. Select one molecular event randomly with respect to the probability distribution

3. Determine all possible reaction products from this molecular event and select one of them 4. Modify DNA pool

1.

2.

3.

4.

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