Phasenbestimmung durch molekularen Ersatz und Verfeinerung der Daten

Röntgenkristallstrukturen von pflanzlichen AOC deponiert. Darunter befindet sich die Struktur von Arabidopsis thaliana AOC2 (AtAOC2) mit dem Inhibitor Vernolsäure 12,13-EOD^∆9Z im aktiven Zentrum (2DIO.pdb). Da AtAOC2 und PpAOC1 bzw., PpAOC2 eine Sequenzähnlichkeit von jeweils 41,3 % und 40,7 % haben, wurden diese Koordinaten als Suchmodell zur Bestimmung der Phaseninformation durch molekularen Ersatz (MR)

(A)

(B)

94 herangezogen. Die Phasenbestimmung zur Berechnung der Strukturfaktoren und einer ersten Elektronendichtekarte erfolgte somit über MR. Die Phasenbestimmung sowie die anschließenden Verfeinerungen der PpAOC-Strukturen wurden von Dr. Piotr Neumann durchgeführt.

Wie in Abschnitt 2.18.3.5 beschrieben, erfolgte der Modellbau mithilfe des Programmes COOT (Emsley & Cowtan, 2004). Die Strukturverfeinerung wurde mit dem CCP4-Softwarepaket sowie dem Programm PHENIX durchgeführt. Verbesserungen am Modell mit anschließender Verfeinerung wurden solange durchgeführt bis der kristallographische und der freie R-Faktor jeweils konvergierten und dabei gleichzeitig maximal um 5 % auseinander lagen. Während zu Beginn des Modellbaus gerade die Seitenketten der neu einzusetzenden Aminosäuren häufig suboptimal definiert waren, steigerte sich die Genauigkeit der Elektronendichtekarte durch die Phasenverbesserung im fortschreitenden Modellbau zunehmend.

Dies wurde durch Löschen der entsprechenden Teile und einer anschließenden Verfeinerung iterativ verifiziert. Mithilfe des Ramachandran-Diagramms (Ramachandran et al., 1963) wurde überprüft, ob die Bindungswinkel des Cα-Rückgrats (φ- und ψ-Winkel) in sterisch erlaubten Bereichen liegen. Darüber hinaus wurde die korrekte Stereochemie der Seitenketten ständig überprüft. Weiterhin wurden die B-Faktoren für die Strukturmodelle berechnet. Der B-Faktor ist ein Maß für die positionelle Auslenkung eines Atoms, das um die angegebenen Koordinaten oszilliert, und wird deshalb auch als Temperatur-Faktor bezeichnet. Je höher der B-Faktor eines Atoms ist, desto größer ist die räumliche Ausdehnung der Elektronenwolke.

Die dadurch entstehende statistische Unordnung führt zur einer unterschiedlichen Position und Orientierung der Moleküle in den Einheitszellen.

Die Tabelle 8.2 (Anhang) fasst eine Übersicht der kristallografischen R-Faktoren (Brunger, 1997) und weitere statistische Daten des Verfeinerungsprozesses für alle PpAOC-Strukturen zusammen.

3.4.4.1 Verfeinerung PpAOC1 mit gebundenem Substratanalogon 12,13-EOD^9Z15Z Der Gesamtverfeinerungsprozess wurde bis zu kristallographischen R-Faktoren von Rwork = 14,80 % und Rfree = 18,17 % und einer Auflösung von 1,33 Å durchgeführt. Nach der Verfeinerung wurden der PpAOC1-Struktur 178, bzw. 179 Aminosäuren für Monomere zugeordnet. Zusätzlich enthielt die PpAOC1-Struktur 3008 Wassermoleküle, von denen sich jeweils zwei im aktiven Zentrum befanden.

In den Ketten A, B, D – G, I - K war für die ersten neun Aminosäurereste keine eindeutige Elektronendichte in der Struktur definiert. In den übrigen Ketten (C, H und L) war für die

95 ersten 10 Aminosäurereste keine Elektronendichte definiert. Diese Reste wurden auch nach mehreren Verfeinerungszyklen nicht in die Struktur eingebaut. Die jeweiligen Ketten beginnen somit N-terminal mit dem Aminosäurerest Histidin 10, bzw. Valin 11. Die Proteinschleife von Aminosäurerest 32 - 45 war allgemein ungünstig in der Struktur definiert, was auch durch die kalkulierten B-Faktoren (3.4.4) erkennbar ist. In Abbildung 3.23 ist eine Übersicht über die kalkulierten B-Faktoren für die PpAOC1-Struktur gezeigt. Dabei sind die Bereiche mit niedrigen B-Faktoren blau dargestellt, die Bereiche mit mittleren B-Faktoren sind grün und gelbe bis rote Bereiche besitzen einen hohen B-Faktor.

Abbildung 3.23: Die asymmetrische Einheit des PpAOC1-Kristalls mit den B-Faktoren der Cα-Atome.

Niedrige B-Faktoren (blau); Mittlere B-Faktoren (grün); hohe B-Faktoren (gelb und rot).

Über die Strukturverfeinerungen wurde in diesen ungünstig definierten Bereichen wenig Verbesserung erreicht. Das weist darauf hin, dass die PpAOC1-Proteine im Kristall in dieser Region flexibel sind. Darüber hinaus sind die Aminosäurereste 32 - 45 in ihrer Anordnung im Molekül flexibel, was bei grafischer Überlagerung der einzelnen Monomere deutlich wurde (Abbildung 3.24).

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Abbildung 3.24: Graphische Überlagerung der 12 PpAOC1-Monomere einer asymmetrischen Einheit. Die einzelnen Monomeren sind in unterschiedlichen Farben dargestellt. Die flexible Proteinschleife der Aminosäurereste 32 – 45 ist schwarz gerahmt.

Insgesamt zeigte sich jedoch eine sehr gute Übereinstimmung des Cα-Rückgrates der einzelnen Monomere. Die mittlere Standardabweichung (Root Mean Square Deviation;

RMSD) bei Überlagerung von Cα-Atomen der vier Trimere in der asymmetrischen Einheit von PpAOC1 beträgt 0.2 Å - 0.35 Å. Aufgrund der flexiblen Bereiche in der PpAOC1-Struktur (Abbildung 3.23 und Abbildung 3.24) wurden bei Berechnung der RMSD Atome, die eine Abweichung von 3,5 Å aufwiesen herausgelassen.

In Abbildung 3.25 ist das Ramachandran-Diagramm für endgültige Struktur von PpAOC1 in Komplex mit 12,13-EOD^∆9Z∆15Z gezeigt.

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Abbildung 3.25: Ramachandran-Diagramm für die PpAOC1-Struktur mit gebundenem Ligand 12,13-EOD^∆9Z∆15Z (erstellt mit PHENIX). Gegeneinander aufgetragen sind die Rotationswinkel psi und phi (φ- und ψ-Winkel). Weiße Kreise kennzeichnen Aminosäurereste in bevorzugten (rot), erlaubten (gelb-grün) und bedingt erlaubten (blau) Regionen.

Das Ramachandran-Diagramm zeigte, dass die Geometrie von 98,8 % aller Aminosäuren der PpAOC1-Struktur innerhalb erlaubter Bereiche des Ramachandran-Diagramms liegt. Nur ein kleiner Teil von 0,1 % der Aminosäuren, liegt in bedingt erlaubten Bereichen.

3.4.4.2 Verfeinerung von PpAOC2 (Apo) und von PpAOC2 mit 12,13-EOD^∆9Z∆15Z im aktiven Zentrum

Zum derzeitigen Stand der Arbeit war nur ein PpAOC2-Datensatz endgültig verfeinert. Dabei handelt es sich um einen Datensatz von PpAOC2 mit Ligand 12,13-EOD^∆9Z∆15Z mit der höchsten Auflösung von 1.85 Å (AOC2-12,13-EOD-I). Ein ligandenfreier Datensatz mit einer Auflösung von 1,95 Å (AOC2-APO) wurde bis zu kristallografischen R-Faktoren von R_work = 20,24 % und R_free = 23,75 % sowie einer Auflösung von 1,95 Å verfeinert und mit in die Diskussion einbezogen. Die restlichen Datensätze werden in die Beschreibung derPpAOC2-Struktur in der vorliegenden Arbeit nicht einbezogen.

Der Gesamtverfeinerungsprozess von PpAOC2 mit gebundenem 12,13-EOD^∆9Z∆15Z wurde bis zu kristallographischen R-Faktoren von Rwork = 20,09 % sowie Rfree = 23,71 % durchgeführt.

Nach der iterativen Verfeinerung konnten der PpAOC2-Struktur 188 Aminosäuren plus fünf Reste der Schnittstelle für das GST-Protein (GGPLG) für ein Monomer zugeordnet werden.

Zusätzlich enthielt das PpAOC2-Struktur 955 Wassermoleküle, von denen sich jeweils zwei

98 (Kette A - D, F) bzw. drei (Kette E) im aktiven Zentrum befanden. Die Proteinschleife von Aminosäurerest 32 - 45 ist, wie in der PpAOC1-Struktur mäßig definiert, was auch durch die hohen B-Faktoren in diesen Regionen deutlich wurde (3.4.4.1). In Abbildung 3.26 ist eine Übersicht über die kalkulierten B-Faktoren für die PpAOC2-Struktur gezeigt.

Abbildung 3.26: Die asymmetrische Einheit von PpAOC2 mit den B-Faktoren der Cα-Atome. Es handelt sich um den Datensatz 12-13-EOD^∆9Z∆15Z; niedrige Faktoren (blau); Mittlere Faktoren (grün); hohe B-Faktoren (gelb und rot).

Auch durch die Strukturverfeinerungen konnte in diesen ungünstig definierten Bereichen wenig Verbesserung erreicht werden, für die Ketten B (magenta) und C (grün) konnten einzelne Abschnitte der flexiblen Proteinschleife nicht in die PpAOC2-Struktur eingebaut werden. Bei graphischer Überlagerung der einzelnen Monomere waren mehrere flexible Bereiche in den Molekülen sichtbar (Abbildung 3.27).

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Abbildung 3.27: Graphische Überlagerung der sechs PpAOC2-Monomere einer asymmetrischen Einheit.

Die einzelnen Monomeren sind in unterschiedlichen Farben dargestellt. Flexible Proteinschleifen in den Regionen von Aminosäurerest 32-45 sowie 78-84 und die Unterschiede am α-helikalen N-Terminus sind schwarz gerahmt.

Die N-terminalen α-Helices sind nur für die Ketten eines Trimers genau überlagert. Damit passen die α-Helices des einen Trimers genau in die α-Helices des zweiten Trimers einer asymmetrischen Einheit (auch Abbildung 3.27 B). Insgesamt zeigte sich jedoch eine gute Übereinstimmung des Cα-Rückgrates der einzelnen Monomere von PpAOC2. Der RMSD-Wert der Überlagerung aller Cα-Atome der sechs Monomere in der asymmetrischen Einheit von PpAOC2 beträgt 0,4 Å-0,8 Å. Cα-Atome, die beim Vergleich mehr als 3,5 Å voneinander abwichen, wurden bei der Berechnung des RMSD-Wertes nicht berücksichtigt.

Die Abbildung 3.30 zeigt das Ramachandran-Diagramm für die endgültige Struktur von PpAOC2. Für die PpAOC2-Struktur zeigte das Ramachandran-Diagramm zwei Aminosäuren (Kette B Aminosäurerest 46 und Kette D Aminosäurerest 44) deren Geometrie innerhalb nichterlaubter Bereiche des Ramachandran-Diagramms lagen.

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Abbildung 3.28: Ramachandran-Diagramm für die PpAOC2-Struktur mit 12,13-EOD^∆9Z∆15Z (erstellt mit Phenix). Gegeneinander aufgetragen sind die Rotationswinkel psi und phi (φ- und ψ-Winkel). Weiße Kreise kennzeichnen Aminosäurereste in sterisch bevorzugten (rot) und erlaubten (gelb - grün) Regionen. Rote Kreise kennzeichnen Reste in nicht erlaubten (hellblau) oder nur bedingt erlaubten Regionen (blau).