4 Material
4.10 Oligonukleotide
Plasmid Genotyp Referenz pRS304 TRP1-basierter integrativer Vektor, AmpR Sikorski & Hieter,
1989
pUC118 pUC-verwandter Klonierungsvektor, AmpR Yanisch-Perron et al., 1985
pYGEX-2T GAL1(P)-GST, URA3-basierter 2µm -Vektor, AmpR Schlenstedt et al., 1995
pYM20 Plasmid für die Herstellung von C-terminalen Myc9
-Kassetten, hphNT1, AmpR Janke et al., 2004 pYM4 Plasmid für die Herstellung von C-terminalen Myc3
-Kassetten, kanMX6, AmpR Knop et al., 1999 pYM7 Plasmid für die Herstellung von C-terminalen
ProA-Kassetten, kanMX6, AmpR Knop et al., 1999 YCplac111 LEU2-basierter CEN-Vektor, AmpR Gietz & Sugino,
1988
YCplac33 URA3-basierter CEN-Vektor, AmpR Gietz & Sugino, 1988
YEp355 URA3-basierter 2µm-Vektor, AmpR Myers et al., 1986 YEplac181 LEU2-basierter 2µm-Vektor, AmpR Gietz & Sugino,
1988
YEplac195 URA3-basierter 2µm-Vektor, AmpR Gietz & Sugino, 1988
YIplac128 LEU2-basierter integrativer Vektor, AmpR Gietz & Sugino, 1988
YIplac211 URA3-basierter integrativer Vektor, AmpR Gietz & Sugino, 1988
Name Sequenz 5´- 3´ Verwendung CYC1-Acc65I-fw GCGGCGGGTACCACATGGTCTACCTT
TGATGAC Amplifizierung des
CYC1(P)-Fragments aus CYC1-lacZ-Konstrukten, generieren 3´-Acc65I- und 5´-NotI-Stellen
CYC1-NotI-rev GGGCCCGCGGCCGCATCCGGTCATT ATTAATTTAGTG
CYC1-SEQ1-fw-76 ATACATTAGGACCTTTGCAGC
Sequenzierung von CYC1(P)
CYC1-SEQ2-fw-311 CAAGGTAAGGGAACTAAAGTGTA
DDR48-RT-fw-1128-1148 CAACAATGACTCTTACGGTTC
Quantitative Realtime-PCR Produktgröße: 119 bp
DDR48-RT-rev-1247-1224 TGAACCATAAGAGTCATCATTG
DIG1-S2 GAGTGTATGCGAGTGTATGTAAGTTT
ATAAGTGCCTGTGTGGCTACTAATCG
ATGAATTCGAGCTCG endogene C-terminale Markierung
DIG1-S3 AAGGAGCTGACAAAAAAATCATCAT
CACATCACAGAACCGGAAAACGTAC GCTGCAGGTCGAC
DIG1-Tag GGCATGAGGCAGAACCCAA Überprüfung C-terminaler Markierung
DIG2-S2 GAGTTTTAGGTGCATTCTATAGCGTG
AAGAAGTGAAATCTCGTCAATCGAT
GAATTCGAGCTCG endogene C-terminale Markierung
DIG2-S3
AAAGCATGTGAAACAATCTGGACTG AATGGCATAACTTGAAGAAACGTAC GCTGCAGGTCGACCGCTGCAGGTCG AC
DIG2-Tag CCACACTTGGAAGATTTGACAT Überprüfung C-terminaler Markierung
dk-BcuI-fw CACCCTGGCgcccaatacgACTAGTAAAG
GAGAAGAAC Sequenzspezifische Mutagenese, generieren durch Einsetzen von ACT eine BcuI-Schnittstelle vor dem CFP-ORF
dk-BcuI-rev GAAAAGTTCTTCTCCTTTACTAGTcgta ttgggcGCCAGG
FLO11-Acc65I-fw GCGGCGGGTACCTCTCTTCTCCACATACCAATCAC Amplifizierung von FLO11(P) (2980 bp) aus BHUM170, generieren 3´-Acc65I- und 5´-NotI-Stellen
FLO11-NotI-rev GGGCCCGCGGCCGCTAGAGGGTCTT TGCATAGTGTG
FLO11-ChIP-fw GACCGCTGAGCAATTTAAAGC ChIP
Produktgröße: 268 bp
FLO11-ChIP-rev GAGCGCAGTAACGTAAATGC
FLO11-RT-fw-3939-3958 CGTTGTCACATCTCCATCTC Quantitative Realtime-PCR Produktgröße: 118 bp
FLO11-RT-rev-4057-4037 GAACCTTGATATTAGCAGCAC
FUS1-Acc65I GCGGCGGGTACCCCCCTCGAGTG Amplifizierung von FUS1(UAS), generiert 3´-Acc65I-Stelle
FUS1-ChIP-fw GTTGTCAGTGATGCCTCAATC ChIP
Produktgröße: 251 bp
FUS1-ChIP-rev CATACCTTACAAAGCCACTC
hiskantag2 GCTGCGCACGTCAAGACTG Überprüfung von endogenen Markierungen und Deletionen
HXK1-RT-fw-1291-1309 GCCGCTAAGGGTTTGAGAG
Quantitative Realtime-PCR Produktgröße: 118 bp
HXK1-RT-rev-1409-1389 GACAATGCAGCAATAACAGCA
Name Sequenz 5´- 3´ Verwendung
MBP1-S2 TTTCAGTATATGGATACATGTAAAGT
TCCTCTATTTATGTATATTTTAATCG
ATGAATTCGAGCTCG endogene C-terminale Markierung
MBP1-S3 GGCGCAGAACAGATCATCACAATCT
CAAACGCGAATAGTCATGCACGTAC GCTGCAGGTCGAC
MBP1-Tag CTACCACCAATAACACAGTTG Überprüfung C-terminaler Markierung
MSA1-fw-4-BamHI GCGGCGGGATCCGATAAAAGCATGA
TCAAAAAAAG Zur Amplifizierung von MSA1, generiert BamHI-Stelle direkt nach dem Startcodon und XhoI-Stelle direkt vor dem Stopcodon
MSA1-rev-1887-XhoI GCGGCGCTCGAGCTGATCATCGATT
AATCTTTTC
MSA1-rec1 GAATTCGATATCAAGCTTATCGATAC CGTCGACAATGGATAAAAGCATGAT
CAAA in-vivo-Ligation in pGREG546
MSA1-rec2 GCGTGACATAACTAATTACATGACTC GAGGTCGACTCACTGATCATCGATTA ATCT
MSA1-S1 GAATAAAAATATCTCAAGAATACTT
CGTGAAAAATATTCACTATGCGTAC
GCTGCAGGTCGAC Deletion
MSA1-S2 GTCCTTTTGGCTCATATCGTTTTCAT
GAATCTATGACTATTTTCAATCGATG AATTCGAGCTCG
endogene C-terminale Markierung und Deletion
MSA1-S3 CAGGATGATGCTAGAACTGCCTTGA
AAAGATTAATCGATGATCAGCGTAC GCTGCAGGTCGAC
endogene C-terminale Markierung
MSA1-KO ACACAATCGTTGAGGATGCG Überprüfung Deletion
MSA1-Tag CACAACAGGGGTAGCAAATAT Überprüfung C-terminaler Markierung
MSA1-SEQ-842 CAAAGAGTTCTCTACAATTCAG Zur Sequenzierung von MSA1 (Σ1278b) in Richtung Stopcodon
MSA1-SEQ-fw-605 GAAGAGACGTATTCTTTCTCTC
MSA2-fw-4-BamHI GCGGCGGGATCCGTATACACAACAC
CGCAACAAC Zur Amplifizierung von MSA1,
generiert BamHI-Stelle direkt nach dem Startcodon und XhoI-Stelle direkt vor dem Stopcodon
MSA2-rev-1089-XhoI GCGGCGCTCGAGCTCTCTGGAGACA
AGTTTTCG
MSA2-rec1 GAATTCGATATCAAGCTTATCGATAC CGTCGACAATGGTATACACAACACC
GCAA In-vivo-Ligation in pGREG546
MSA2-rec1 GAATTCGATATCAAGCTTATCGATAC CGTCGACAATGGTATACACAACACC GCAA
MSA2-S1 TTACAAAAGATTTTAGCAAGGAAGC
AGTTTTTAAACCAATCAATGCGTACG
CTGCAGGTCGAC Deletion
MSA2-S2 AATGAAATCTTACGTAGTGTATTTTA
CGAAAACCAAATGGACCTAATCGAT GAATTCGAGCTCG
endogene C-terminale Markierung und Deletion
MSA2-S3 AAAGATGATGCCACAATGGCACTAC
GAAAACTTGTCTCCAGAGAGCGTAC GCTGCAGGTCGAC
endogene C-terminale Markierung
MSA2-KO TACCGTCATAAGATTCGATCC Überprüfung Deletion
Name Sequenz 5´- 3´ Verwendung MSA2-Tag GATTAATAGATCCCCTTCCCA Überprüfung C-terminaler
Markierung
MSB2-ChIP-rev ACGTGTCTAGCCACTTGCTG ChIP
Produktgröße: 282 bp
MSB2-ChIP-rev ACGTGTCTAGCCACTTGCTG
PGU1-RT-fw-924-944 AGTAATGAAGGATATCACCGG
Quantitative Realtime-PCR Produktgröße: 104 bp
PGU1-RT-rev-1028-1010 CCGGTAATTGACACCCCAG
pNC955-2308-EcoRI GGGCCCGAATTCGGTGTGGTCAATA
AGAGCGAC ADH1(T)-spezifischer
Rückwärts-Primer
pNC955-NotI-fw AACTAATAGATTATGGCGGCCGCCC
AGATTTTCGTCAAG Sequenzspezifische Mutagenese, generieren NotI-Schnittstelle + C vor CFP
pNC955-NotI-rev CTTGACGAAAATCTGGCGGCCGCCC ATAATCTATTAGTT
PRM5-RT-fw-816-836 GCTGCTTAATTCACCAGAAAG
Quantitative Realtime-PCR Produktgröße: 114 bp
PRM5-RT-rev-930-911 CATGTGCTCGAGATAAGTCG
RFP-BcuI-fw GCGGCGACTAGTTCTGAATTAATTAA
AGAAAATATGCATATG Amplifizierung von tagRFP aus pDS1, generiert 3´-BcuI-Stelle
RFP-Sonfor GAAATTATATATGGAAGGTACAG RFP-Sonde (600 bp) aus pDS1 für die Southern-Hybridisierung
RFP-Sonrev GATGGTAAATCACAATATCTAG
SRD1-RT-fw-542-560 GTGGACCCGACCAAAACAG
Quantitative Realtime-PCR Produktgröße: 102 bp
SRD1-RT-rev-644-624 CTTTTATCTGCTGCTTGCCTT
SRL3-ChIP-fw CGAGGCTCATCAACTTCAAC ChIP
Produktgröße: 327 bp
SRL3-ChIP-rev AGCCTTTAATGCACCGGTAC
STE12-S2 CATTTTTAATTCTTGTATCATAAATT CAAAAATTATATTATATCAATCGATG
AATTCGAGCTCG endogene C-terminale
Markierung
STE12-S3 GTAGATACCAATCGAAGGTCCGATA
AAAACCTTCCAGATGCAACCCGTAC GCTGCAGGTCGAC
STE12-Tag CACAAGGAAATGTTCCAACAG Überprüfung C-terminaler Markierung
STE7-S1 GATCATATCTGTTTTTGCAGCGTGGT
ATATTGGTTGTTGGTCATGCGTACGC
TGCAGGTCGAC Deletion
STE7-S2 GAAAAAAAGTGCAATATGTTCCTAA
CTAATGTTATCGCATGCATTCAATCG ATGAATTCGAGCTCG
STE7-KO AATGTACAATCAGATAATAAACAC Überprüfung Deletion
SWI4-S2 TGATAATATAGTAAAAATTATTGGTA
CATTGTGAATTAAAATTTAATCGATG
AATTCGAGCTCG endogene C-terminale
Markierung
SWI4-S3 GACTCAAAATTGGACGATATAGAAA
AGGATTTGAGGGCAAACGCACGTAC GCTGCAGGTCGAC
SWI4-Tag CAATTCCAAAGTCAACGTCG Überprüfung C-terminaler Markierung
TEC1-ChIP-fw CCATTTAGTGACACAGGTGAG ChIP
Produktgröße: 283 bp
TEC1-ChIP-rev GGATTGCTGATGGTAGCTAC
Name Sequenz 5´- 3´ Verwendung
TEC1-SEQ1 GACTGAAGGTAGAGAGTC TEC1-Sonde (630 bp) aus BHUM565 für die Southern-Hybridisierung
TEC1-NSonrev GTATTCACAGTCGGCCTTG
TEC1-S1 GAATAATCCACCTATTTCAACAATTC
TGATACCTGTTTAACCATGCGTACGC
TGCAGGTCGAC Deletion
TEC1-S2 TATGCGTATTTATGTACGAGATGTAT
GTATGTATGTAGACATTTAATCGATG AATTCGAGCTCG
endogene C-terminale Markierung und Deletion
TEC1-S3 CAAAGGAACTTTACGCCATCCAACC
AATCGCATGGGAACTTTTATCGTACG CTGCAGGTCGAC
endogene C-terminale Markierung
TEC1-KO GCTCATGCACAGTTAAAAAGC Überprüfung Deletion
TEC1-Tag AGTAATCCTGAGTTCAGTTCC Überprüfung C-terminaler Markierung
TRA1-ChIP-fw GTGATCACGTGGTCAGACAG ChIP
Produktgröße: 126 bp
TRA1-ChIP-rev CGTGTGATACCTCCGATTTTG
UbiE-fw GTGCTAAGGCTAAGAGGTGGTGAAC
ACGGATCCGGAGCT Sequenzspezifische Mutagenese, ersetzen UbiY (TAT) durch UbiE (GAA)
UbiE-rev CAGCCAAGCTCCGGATCCGTGTTCAC
CACCTCTTAGCCT
Ubi-SEQ1-fw GTAGAACGCTGTCTGATTACAAC Sequenzierung von UbiE
YFP-BcuI-fw GCGGCGACTAGTTCTAAAGGTGAAG AATTATTCACTG
Amplifizierung von Citrine (YFP) aus pCM29-1, generiert 3´-BcuI-Stelle
YFP-Sonfor GTGATGCTACTTACGGTAAATTG YFP-Sonde (600 bp) aus pCM29 für die Southern-Hybridisierung
YFP-Sonrev CATACCATGGGTAATACCAGC
YLR042C-RT-fw-306-326 CTCAAATTCTACGGTAGTCAC
Quantitative Realtime-PCR Produktgröße: 119 bp
YLR042C-RT-rev-425-407 GAACCTACACCTCCTGTGC