• Keine Ergebnisse gefunden

Aguilera, M., M. Oliveros, M. Martinez‐Padron, J. A. Barbas and A. Ferrus (2000). "Ariadne‐1: a vital Drosophila  gene is required in development and defines a new conserved family of ring‐finger proteins." Genetics 155(3): 

1231‐1244. 

Aichem, A., N. Catone and M. Groettrup (2014). "Investigations into the auto‐FAT10ylation of the bispecific E2  conjugating enzyme UBA6‐specific E2 enzyme 1." FEBS J 281(7): 1848‐1859. 

Aichem, A., B. Kalveram, V. Spinnenhirn, K. Kluge, N. Catone, T. Johansen and M. Groettrup (2012). "The  proteomic analysis of endogenous FAT10 substrates identifies p62/SQSTM1 as a substrate of FAT10ylation."  Cell Sci 125(Pt 19): 4576‐4585. 

Araki, K. and K. Nagata (2011). "Protein folding and quality control in the ER." Cold Spring Harb Perspect Biol  3(11): a007526. 

Baek, G. H., I. Kim and H. Rao (2011). "The Cdc48 ATPase modulates the interaction between two proteolytic  factors Ufd2 and Rad23." Proc Natl Acad Sci U S A 108(33): 13558‐13563. 

Bandau, S., A. Knebel, Z. O. Gage, N. T. Wood and G. Alexandru (2012). "UBXN7 docks on neddylated cullin  complexes using its UIM motif and causes HIF1alpha accumulation." BMC Biol 10: 36. 

Barthelme, D., J. Z. Chen, J. Grabenstatter, T. A. Baker and R. T. Sauer (2014). "Architecture and assembly of the  archaeal Cdc48*20S proteasome." Proc Natl Acad Sci U S A 111(17): E1687‐1694. 

Barthelme, D. and R. T. Sauer (2013). "Bipartite determinants mediate an evolutionarily conserved interaction  between Cdc48 and the 20S peptidase." Proc Natl Acad Sci U S A 110(9): 3327‐3332. 

Basler, M., M. Dajee, C. Moll, M. Groettrup and C. J. Kirk (2010). "Prevention of experimental colitis by a selective  inhibitor of the immunoproteasome." J Immunol 185(1): 634‐641. 

Basler, M., C. Lauer, J. Moebius, R. Weber, M. Przybylski, A. F. Kisselev, C. Tsu and M. Groettrup (2012). "Why the  structure but not the activity of the immunoproteasome subunit low molecular mass polypeptide rescues  antigen presentation." J Immunol 189(4): 1868‐1877. 

Basler, M., S. Mundt, T. Muchamuel, C. Moll, J. Jiang, M. Groettrup and C. J. Kirk (2014). "Inhibition of the  immunoproteasome ameliorates experimental autoimmune encephalomyelitis." EMBO Mol Med 6(2): 226‐238. 

Basler, M., N. Youhnovski, M. Van Den Broek, M. Przybylski and M. Groettrup (2004). "Immunoproteasomes  down‐regulate presentation of subdominant cell epitope from lymphocytic choriomeningitis virus."  Immunol 173(6): 3925‐3934. 

Bett, J. S., N. Kanuga, E. Richet, G. Schmidtke, M. Groettrup, M. E. Cheetham and J. van der Spuy (2012). "The  inherited blindness protein AIPL1 regulates the ubiquitin‐like FAT10 pathway." PLoS One 7(2): e30866. 

Bialas, J., M. Groettrup and A. Aichem (2015). "Conjugation of the ubiquitin activating enzyme UBE1 with the  ubiquitin‐like modifier FAT10 targets it for proteasomal degradation." PLoS One 10(3): e0120329. 

Boes, B., H. Hengel, T. Ruppert, G. Multhaup, U. H. Koszinowski and P. M. Kloetzel (1994). "Interferon gamma  stimulation modulates the proteolytic activity and cleavage site preference of 20S mouse proteasomes." J Exp  Med 179(3): 901‐909. 

Bogan, J. S., B. R. Rubin, C. Yu, M. G. Loffler, C. M. Orme, J. P. Belman, L. J. McNally, M. Hao and J. A. Cresswell  (2012). "Endoproteolytic cleavage of TUG protein regulates GLUT4 glucose transporter translocation." Biol  Chem 287(28): 23932‐23947. 

Bohm, S., G. Lamberti, V. Fernandez‐Saiz, C. Stapf and A. Buchberger (2011). "Cellular functions of Ufd2 and Ufd3  in proteasomal protein degradation depend on Cdc48 binding." Mol Cell Biol 31(7): 1528‐1539. 

Boyault, C., B. Gilquin, Y. Zhang, V. Rybin, E. Garman, W. Meyer‐Klaucke, P. Matthias, C. W. Muller and S. 

Khochbin (2006). "HDAC6‐p97/VCP controlled polyubiquitin chain turnover." EMBO J 25(14): 3357‐3366. 

Brem, G. J., I. Mylonas and A. Bruning (2013). "Eeyarestatin causes cervical cancer cell sensitization to bortezomib  treatment by augmenting ER stress and CHOP expression." Gynecol Oncol 128(2): 383‐390. 

Briggs, L. C., G. S. Baldwin, N. Miyata, H. Kondo, X. Zhang and P. S. Freemont (2008). "Analysis of nucleotide  binding to P97 reveals the properties of a tandem AAA hexameric ATPase." J Biol Chem 283(20): 13745‐13752. 

Brown, M. G., J. Driscoll and J. J. Monaco (1991). "Structural and serological similarity of MHC‐linked LMP and  proteasome (multicatalytic proteinase) complexes." Nature 353(6342): 355‐357. 

Bruderer, R. M., C. Brasseur and H. H. Meyer (2004). "The AAA ATPase p97/VCP interacts with its alternative co‐

factors, Ufd1‐Npl4 and p47, through common bipartite binding mechanism." Biol Chem 279(48): 49609‐

49616. 

Buchsbaum, S., B. Bercovich and A. Ciechanover (2012). "FAT10 is a proteasomal degradation signal that is itself  regulated by ubiquitination." Mol Biol Cell 23(1): 225‐232. 

Buchsbaum, S., B. Bercovich, T. Ziv and A. Ciechanover (2012). "Modification of the inflammatory mediator  LRRFIP2 by the ubiquitin‐like protein FAT10 inhibits its activity during cellular response to LPS." Biochem Biophys  Res Commun 428(1): 11‐16. 

Canaan, A., X. Yu, C. J. Booth, J. Lian, I. Lazar, S. L. Gamfi, K. Castille, N. Kohya, Y. Nakayama, Y. C. Liu, E. Eynon, R. 

Flavell and S. M. Weissman (2006). "FAT10/diubiquitin‐like protein‐deficient mice exhibit minimal phenotypic  differences." Mol Cell Biol 26(13): 5180‐5189. 

Carvalho, P., V. Goder and T. A. Rapoport (2006). "Distinct ubiquitin‐ligase complexes define convergent  pathways for the degradation of ER proteins." Cell 126(2): 361‐373. 

Cascio, P., M. Call, B. M. Petre, T. Walz and A. L. Goldberg (2002). "Properties of the hybrid form of the 26S  proteasome containing both 19S and PA28 complexes." EMBO J 21(11): 2636‐2645. 

Catic, A., E. Fiebiger, G. A. Korbel, D. Blom, P. J. Galardy and H. L. Ploegh (2007). "Screen for ISG15‐crossreactive  deubiquitinases." PLoS One 2(7): e679. 

Chapiro, J., S. Claverol, F. Piette, W. Ma, V. Stroobant, B. Guillaume, J. E. Gairin, S. Morel, O. Burlet‐Schiltz, B. 

Monsarrat, T. Boon and B. J. Van den Eynde (2006). "Destructive cleavage of antigenic peptides either by the  immunoproteasome or by the standard proteasome results in differential antigen presentation." Immunol  176(2): 1053‐1061. 

Chapman, E., A. N. Fry and M. Kang (2011). "The complexities of p97 function in health and disease." Mol Biosyst  7(3): 700‐710. 

Chapman, E., N. Maksim, F. de la Cruz and J. J. La Clair (2015). "Correction: Chapman, E.; et al. Inhibitors of the  AAA+ chaperone p97. Molecules 2015, 20, 3027‐3049." Molecules 20(3): 4357‐4358. 

Chau, V., J. W. Tobias, A. Bachmair, D. Marriott, D. J. Ecker, D. K. Gonda and A. Varshavsky (1989). "A  multiubiquitin chain is confined to specific lysine in targeted short‐lived protein." Science 243(4898): 1576‐

1583. 

Chen, W., C. C. Norbury, Y. Cho, J. W. Yewdell and J. R. Bennink (2001). "Immunoproteasomes shape  immunodominance hierarchies of antiviral CD8(+) T cells at the levels of cell repertoire and presentation of  viral antigens." J Exp Med 193(11): 1319‐1326. 

Chiu, Y. H., Q. Sun and Z. J. Chen (2007). "E1‐L2 activates both ubiquitin and FAT10." Mol Cell 27(6): 1014‐1023. 

Choi, Y., J. K. Kim and J. Y. Yoo (2014). "NFkappaB and STAT3 synergistically activate the expression of FAT10, a  gene counteracting the tumor suppressor p53." Mol Oncol 8(3): 642‐655. 

Choo, Y. S., G. Vogler, D. Wang, S. Kalvakuri, A. Iliuk, W. A. Tao, R. Bodmer and Z. Zhang (2012). "Regulation of  parkin and PINK1 by neddylation." Hum Mol Genet 21(11): 2514‐2523. 

Chou, T. F., S. J. Brown, D. Minond, B. E. Nordin, K. Li, A. C. Jones, P. Chase, P. R. Porubsky, B. M. Stoltz, F. J. 

Schoenen, M. P. Patricelli, P. Hodder, H. Rosen and R. J. Deshaies (2011). "Reversible inhibitor of p97, DBeQ,  impairs both ubiquitin‐dependent and autophagic protein clearance pathways." Proc Natl Acad Sci U S A 108(12): 

Ciechanover, A., S. Elias, H. Heller, S. Ferber and A. Hershko (1980). "Characterization of the heat‐stable  polypeptide of the ATP‐dependent proteolytic system from reticulocytes." J Biol Chem 255(16): 7525‐7528. 

den Besten, W., R. Verma, G. Kleiger, R. S. Oania and R. J. Deshaies (2012). "NEDD8 links cullin‐RING ubiquitin  ligase function to the p97 pathway." Nat Struct Mol Biol 19(5): 511‐516, S511. 

Deng, L., C. Wang, E. Spencer, L. Yang, A. Braun, J. You, C. Slaughter, C. Pickart and Z. J. Chen (2000). "Activation  of the IkappaB kinase complex by TRAF6 requires a dimeric ubiquitin‐conjugating enzyme complex and a unique  polyubiquitin chain." Cell 103(2): 351‐361. 

Deshaies, R. J., S. L. Sanders, D. A. Feldheim and R. Schekman (1991). "Assembly of yeast Sec proteins involved  in translocation into the endoplasmic reticulum into membrane‐bound multisubunit complex." Nature  349(6312): 806‐808. 

Dieckhoff, P., M. Bolte, Y. Sancak, G. H. Braus and S. Irniger (2004). "Smt3/SUMO and Ubc9 are required for  efficient APC/C‐mediated proteolysis in budding yeast." Mol Microbiol 51(5): 1375‐1387. 

Dobrynin, G., O. Popp, T. Romer, S. Bremer, M. H. Schmitz, D. W. Gerlich and H. Meyer (2011). "Cdc48/p97‐Ufd1‐

Npl4 antagonizes Aurora B during chromosome segregation in HeLa cells." J Cell Sci 124(Pt 9): 1571‐1580. 

Dou, Q. P. and J. A. Zonder (2014). "Overview of proteasome inhibitor‐based anti‐cancer therapies: perspective  on bortezomib and second generation proteasome inhibitors versus future generation inhibitors of ubiquitin‐

proteasome system." Curr Cancer Drug Targets 14(6): 517‐536. 

Duncan, L. M., S. Piper, R. B. Dodd, M. K. Saville, C. M. Sanderson, J. P. Luzio and P. J. Lehner (2006). "Lysine‐63‐

linked ubiquitination is required for endolysosomal degradation of class I molecules." EMBO J 25(8): 1635‐1645. 

Edelmann, M. J., A. Iphofer, M. Akutsu, M. Altun, K. di Gleria, H. B. Kramer, E. Fiebiger, S. Dhe‐Paganon and B. M. 

Kessler (2009). "Structural basis and specificity of human otubain 1‐mediated deubiquitination." Biochem  418(2): 379‐390. 

Egerton, M., O. R. Ashe, D. Chen, B. J. Druker, W. H. Burgess and L. E. Samelson (1992). "VCP, the mammalian  homolog of cdc48, is tyrosine phosphorylated in response to T cell antigen receptor activation." EMBO J 11(10): 

3533‐3540. 

Ewens, C. A., P. Kloppsteck, A. Forster, X. Zhang and P. S. Freemont (2010). "Structural and functional implications  of phosphorylation and acetylation in the regulation of the AAA+ protein p97." Biochem Cell Biol 88(1): 41‐48. 

Fan, W., W. Cai, S. Parimoo, D. C. Schwarz, G. G. Lennon and S. M. Weissman (1996). "Identification of seven new 

Farrell, P. J., R. J. Broeze and P. Lengyel (1979). "Accumulation of an mRNA and protein in interferon‐treated  Ehrlich ascites tumour cells." Nature 279(5713): 523‐525. 

Fehling, H. J., W. Swat, C. Laplace, R. Kuhn, K. Rajewsky, U. Muller and H. von Boehmer (1994). "MHC class  expression in mice lacking the proteasome subunit LMP‐7." Science 265(5176): 1234‐1237. 

Feldman, R. M., C. C. Correll, K. B. Kaplan and R. J. Deshaies (1997). "A complex of Cdc4p, Skp1p, and  Cdc53p/cullin catalyzes ubiquitination of the phosphorylated CDK inhibitor Sic1p." Cell 91(2): 221‐230. 

Feng, Q., D. Sekula, Y. Guo, X. Liu, C. C. Black, F. Galimberti, S. J. Shah, L. F. Sempere, V. Memoli, J. B. Andersen,  B. A. Hassel, K. Dragnev and E. Dmitrovsky (2008). "UBE1L causes lung cancer growth suppression by targeting  cyclin D1." Mol Cancer Ther 7(12): 3780‐3788. 

Forster, F., P. Unverdorben, P. Sledz and W. Baumeister (2013). "Unveiling the long‐held secrets of the 26S  proteasome." Structure 21(9): 1551‐1562. 

Fujita, N., T. Itoh, H. Omori, M. Fukuda, T. Noda and T. Yoshimori (2008). "The Atg16L complex specifies the site  of LC3 lipidation for membrane biogenesis in autophagy." Mol Biol Cell 19(5): 2092‐2100. 

Gaczynska, M., K. L. Rock, T. Spies and A. L. Goldberg (1994). "Peptidase activities of proteasomes are  differentially regulated by the major histocompatibility complex‐encoded genes for LMP2 and LMP7." Proc Natl  Acad Sci U S A 91(20): 9213‐9217. 

Gan‐Erdene, T., K. Nagamalleswari, L. Yin, K. Wu, Z. Q. Pan and K. D. Wilkinson (2003). "Identification and  characterization of DEN1, a deneddylase of the ULP family." J Biol Chem 278(31): 28892‐28900. 

Giannakopoulos, N. V., J. K. Luo, V. Papov, W. Zou, D. J. Lenschow, B. S. Jacobs, E. C. Borden, J. Li, H. W. Virgin  and D. E. Zhang (2005). "Proteomic identification of proteins conjugated to ISG15 in mouse and human cells." 

Biochem Biophys Res Commun 336(2): 496‐506. 

Grabbe, C. and I. Dikic (2009). "Functional roles of ubiquitin‐like domain (ULD) and ubiquitin‐binding domain  (UBD) containing proteins." Chem Rev 109(4): 1481‐1494. 

Griffin,  T.  A.,  D.  Nandi,  M.  Cruz,  H.  J.  Fehling,  L.  V.  Kaer,  J.  J.  Monaco  and  R.  A.  Colbert  (1998). 

"Immunoproteasome  assembly:  cooperative  incorporation  of  interferon  gamma  (IFN‐gamma)‐inducible  subunits." J Exp Med 187(1): 97‐104. 

Groettrup, M., R. Kraft, S. Kostka, S. Standera, R. Stohwasser and P. M. Kloetzel (1996). "A third interferon‐

gamma‐induced subunit exchange in the 20S proteasome." Eur J Immunol 26(4): 863‐869. 

Groettrup, M., C. Pelzer, G. Schmidtke and K. Hofmann (2008). "Activating the ubiquitin family: UBA6 challenges  the field." Trends Biochem Sci 33(5): 230‐237. 

Groettrup, M., T. Ruppert, L. Kuehn, M. Seeger, S. Standera, U. Koszinowski and P. M. Kloetzel (1995). "The  interferon‐gamma‐inducible 11 S regulator (PA28) and the LMP2/LMP7 subunits govern the peptide production  by the 20 S proteasome in vitro." J Biol Chem 270(40): 23808‐23815. 

Groettrup, M., S. Standera, R. Stohwasser and P. M. Kloetzel (1997). "The subunits MECL‐1 and LMP2 are  mutually required for incorporation into the 20S proteasome." Proc Natl Acad Sci U S A 94(17): 8970‐8975. 

Groll, M., L. Ditzel, J. Lowe, D. Stock, M. Bochtler, H. D. Bartunik and R. Huber (1997). "Structure of 20S  proteasome from yeast at 2.4 A resolution." Nature 386(6624): 463‐471. 

Guillaume, B., J. Chapiro, V. Stroobant, D. Colau, B. Van Holle, G. Parvizi, M. P. Bousquet‐Dubouch, I. Theate, N. 

Parmentier and B. J. Van den Eynde (2010). "Two abundant proteasome subtypes that uniquely process some  antigens presented by HLA class I molecules." Proc Natl Acad Sci U S A 107(43): 18599‐18604. 

Haglund, K., S. Sigismund, S. Polo, I. Szymkiewicz, P. P. Di Fiore and I. Dikic (2003). "Multiple monoubiquitination  of RTKs is sufficient for their endocytosis and degradation." Nat Cell Biol 5(5): 461‐466. 

Hamerman, J. A., F. Hayashi, L. A. Schroeder, S. P. Gygi, A. L. Haas, L. Hampson, P. Coughlin, R. Aebersold and A. 

Aderem (2002). "Serpin 2a is induced in activated macrophages and conjugates to ubiquitin homolog."  Immunol 168(5): 2415‐2423. 

Handley, P. M., M. Mueckler, N. R. Siegel, A. Ciechanover and A. L. Schwartz (1991). "Molecular cloning,  sequence, and tissue distribution of the human ubiquitin‐activating enzyme E1." Proc Natl Acad Sci U S A 88(1): 

Heink, S., D. Ludwig, P. M. Kloetzel and E. Kruger (2005). "IFN‐gamma‐induced immune adaptation of the  proteasome system is an accelerated and transient response." Proc Natl Acad Sci U S A 102(26): 9241‐9246. 

Hendil, K. B., S. Khan and K. Tanaka (1998). "Simultaneous binding of PA28 and PA700 activators to 20  proteasomes." Biochem J 332 ( Pt 3): 749‐754. 

Hershko, A., H. Heller, S. Elias and A. Ciechanover (1983). "Components of ubiquitin‐protein ligase system. 

Resolution, affinity purification, and role in protein breakdown." J Biol Chem 258(13): 8206‐8214. 

Hipp, M. S., B. Kalveram, S. Raasi, M. Groettrup and G. Schmidtke (2005). "FAT10, a ubiquitin‐independent signal  for proteasomal degradation." Mol Cell Biol 25(9): 3483‐3491. 

Hipp, M. S., S. Raasi, M. Groettrup and G. Schmidtke (2004). "NEDD8 ultimate buster‐1L interacts with the  ubiquitin‐like protein FAT10 and accelerates its degradation." J Biol Chem 279(16): 16503‐16510. 

Hisamatsu, H., N. Shimbara, Y. Saito, P. Kristensen, K. B. Hendil, T. Fujiwara, E. Takahashi, N. Tanahashi, T. Tamura,  A. Ichihara and K. Tanaka (1996). "Newly identified pair of proteasomal subunits regulated reciprocally by  interferon gamma." J Exp Med 183(4): 1807‐1816. 

Hofmann, R. M. and C. M. Pickart (1999). "Noncanonical MMS2‐encoded ubiquitin‐conjugating enzyme functions  in assembly of novel polyubiquitin chains for DNA repair." Cell 96(5): 645‐653. 

Hori, T., F. Osaka, T. Chiba, C. Miyamoto, K. Okabayashi, N. Shimbara, S. Kato and K. Tanaka (1999). "Covalent  modification of all members of human cullin family proteins by NEDD8." Oncogene 18(48): 6829‐6834. 

Hu, M., P. Li, M. Li, W. Li, T. Yao, J. W. Wu, W. Gu, R. E. Cohen and Y. Shi (2002). "Crystal structure of a UBP‐family  deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde." Cell 111(7): 1041‐1054. 

Huibregtse, J. M., M. Scheffner, S. Beaudenon and P. M. Howley (1995). "A family of proteins structurally and  functionally related to the E6‐AP ubiquitin‐protein ligase." Proc Natl Acad Sci U S A 92(11): 5249. 

C. Schymick, J. Rothstein, F. Landi, Y. D. Wang, A. Calvo, G. Mora, M. Sabatelli, M. R. Monsurro, S. Battistini, F. 

Salvi, R. Spataro, P. Sola, G. Borghero, I. Consortium, G. Galassi, S. W. Scholz, J. P. Taylor, G. Restagno, A. Chio  and B. J. Traynor (2010). "Exome sequencing reveals VCP mutations as a cause of familial ALS." Neuron 68(5): 

Jonnalagadda, S., T. R. Butt, B. P. Monia, C. K. Mirabelli, L. Gotlib, D. J. Ecker and S. T. Crooke (1989). "Multiple  (alpha‐NH‐ubiquitin)protein endoproteases in cells." J Biol Chem 264(18): 10637‐10642. 

Kahyo, T., T. Nishida and H. Yasuda (2001). "Involvement of PIAS1 in the sumoylation of tumor suppressor p53." 

Mol Cell 8(3): 713‐718. 

Kalveram, B., G. Schmidtke and M. Groettrup (2008). "The ubiquitin‐like modifier FAT10 interacts with HDAC6  and localizes to aggresomes under proteasome inhibition." J Cell Sci 121(Pt 24): 4079‐4088. 

Kamitani, T., K. Kito, H. P. Nguyen and E. T. Yeh (1997). "Characterization of NEDD8, a developmentally down‐

regulated ubiquitin‐like protein." J Biol Chem 272(45): 28557‐28562. 

Kane, L. A., M. Lazarou, A. I. Fogel, Y. Li, K. Yamano, S. A. Sarraf, S. Banerjee and R. J. Youle (2014). "PINK1  phosphorylates ubiquitin to activate Parkin E3 ubiquitin ligase activity." J Cell Biol 205(2): 143‐153. 

Kernstock, S., E. Davydova, M. Jakobsson, A. Moen, S. Pettersen, G. M. Maelandsmo, W. Egge‐Jacobsen and P. 

O. Falnes (2012). "Lysine methylation of VCP by a member of a novel human protein methyltransferase family." 

Nat Commun 3: 1038. 

Keusekotten, K., P. R. Elliott, L. Glockner, B. K. Fiil, R. B. Damgaard, Y. Kulathu, T. Wauer, M. K. Hospenthal, M. 

Gyrd‐Hansen, D. Krappmann, K. Hofmann and D. Komander (2013). "OTULIN antagonizes LUBAC signaling by  specifically hydrolyzing Met1‐linked polyubiquitin." Cell 153(6): 1312‐1326. 

Kim, H. T. and A. L. Goldberg (2012). "Formation of nondegradable forked ubiquitin conjugates by ring‐finger  ligases and its prevention by S5a." Methods Mol Biol 832: 639‐652. 

Kim, K. I., M. Yan, O. Malakhova, J. K. Luo, M. F. Shen, W. Zou, J. C. de la Torre and D. E. Zhang (2006). "Ube1L  and protein ISGylation are not essential for alpha/beta interferon signaling." Mol Cell Biol 26(2): 472‐479. 

Kirisako, T., Y. Ichimura, H. Okada, Y. Kabeya, N. Mizushima, T. Yoshimori, M. Ohsumi, T. Takao, T. Noda and Y. 

Ohsumi (2000). "The reversible modification regulates the membrane‐binding state of Apg8/Aut7 essential for  autophagy and the cytoplasm to vacuole targeting pathway." J Cell Biol 151(2): 263‐276. 

Kirisako, T., K. Kamei, S. Murata, M. Kato, H. Fukumoto, M. Kanie, S. Sano, F. Tokunaga, K. Tanaka and K. Iwai  (2006). "A ubiquitin ligase complex assembles linear polyubiquitin chains." EMBO J 25(20): 4877‐4887. 

Knight, E., Jr. and B. Cordova (1991). "IFN‐induced 15‐kDa protein is released from human lymphocytes and  monocytes." J Immunol 146(7): 2280‐2284. 

Lenschow, D. J., C. Lai, N. Frias‐Staheli, N. V. Giannakopoulos, A. Lutz, T. Wolff, A. Osiak, B. Levine, R. E. Schmidt,  A. Garcia‐Sastre, D. A. Leib, A. Pekosz, K. P. Knobeloch, I. Horak and H. W. t. Virgin (2007). "IFN‐stimulated gene  15 functions as a critical antiviral molecule against influenza, herpes, and Sindbis viruses." Proc Natl Acad Sci U S  A 104(4): 1371‐1376. 

Li, G., G. Zhao, H. Schindelin and W. J. Lennarz (2008). "Tyrosine phosphorylation of ATPase p97 regulates its  activity during ERAD." Biochem Biophys Res Commun 375(2): 247‐251. 

Li, T., R. Santockyte, S. Yu, R. F. Shen, E. Tekle, C. G. Lee, D. C. Yang and P. B. Chock (2011). "FAT10 modifies p53  and upregulates its transcriptional activity." Arch Biochem Biophys 509(2): 164‐169. 

Liakopoulos, D., G. Doenges, K. Matuschewski and S. Jentsch (1998). "A novel protein modification pathway  related to the ubiquitin system." EMBO J 17(8): 2208‐2214. 

Liu, S., Q. S. Fu, J. Zhao and H. Y. Hu (2013). "Structural and mechanistic insights into the arginine/lysine‐rich  peptide motifs that interact with P97/VCP." Biochim Biophys Acta 1834(12): 2672‐2678. 

Liu, S., H. Yang, J. Zhao, Y. H. Zhang, A. X. Song and H. Y. Hu (2013). "NEDD8 ultimate buster‐1 long (NUB1L)  protein promotes transfer of NEDD8 to proteasome for degradation through the P97UFD1/NPL4 complex." J Biol  Chem 288(43): 31339‐31349. 

Liu, Y. C., J. Pan, C. Zhang, W. Fan, M. Collinge, J. R. Bender and S. M. Weissman (1999). "A MHC‐encoded  ubiquitin‐like protein (FAT10) binds noncovalently to the spindle assembly checkpoint protein MAD2." Proc Natl  Acad Sci U S A 96(8): 4313‐4318. 

Lomas, D. A., D. L. Evans, J. T. Finch and R. W. Carrell (1992). "The mechanism of alpha 1‐antitrypsin  accumulation in the liver." Nature 357(6379): 605‐607. 

"Nucleotide sequence analysis of cDNA encoding human ubiquitin reveals that ubiquitin is synthesized as a  precursor." J Biol Chem 260(12): 7609‐7613. 

Lyapina, S., G. Cope, A. Shevchenko, G. Serino, T. Tsuge, C. Zhou, D. A. Wolf, N. Wei, A. Shevchenko and R. J. 

Deshaies (2001). "Promotion of NEDD‐CUL1 conjugate cleavage by COP9 signalosome." Science 292(5520): 1382‐ immunoblotting. Ubiquitiin‐like protein ISG15 modifies key regulators of signal transduction." Biol Chem  278(19): 16608‐16613. 

Malakhov, M. P., O. A. Malakhova, K. I. Kim, K. J. Ritchie and D. E. Zhang (2002). "UBP43 (USP18) specifically  removes ISG15 from conjugated proteins." J Biol Chem 277(12): 9976‐9981. 

Mevissen, T. E., M. K. Hospenthal, P. P. Geurink, P. R. Elliott, M. Akutsu, N. Arnaudo, R. Ekkebus, Y. Kulathu, T. 

Wauer, F. El Oualid, S. M. Freund, H. Ovaa and D. Komander (2013). "OTU deubiquitinases reveal mechanisms of 

Meyer, H., M. Bug and S. Bremer (2012). "Emerging functions of the VCP/p97 AAA‐ATPase in the ubiquitin  system." Nat Cell Biol 14(2): 117‐123. 

Meyer, H. and C. C. Weihl (2014). "The VCP/p97 system at glance: connecting cellular function to disease  pathogenesis." J Cell Sci 127(Pt 18): 3877‐3883. 

Mosbech, A., I. Gibbs‐Seymour, K. Kagias, T. Thorslund, P. Beli, L. Povlsen, S. V. Nielsen, S. Smedegaard, G. 

Sedgwick, C. Lukas, R. Hartmann‐Petersen, J. Lukas, C. Choudhary, R. Pocock, S. Bekker‐Jensen and N. Mailand  (2012). "DVC1 (C1orf124) is a DNA damage‐targeting p97 adaptor that promotes ubiquitin‐dependent responses  to replication blocks." Nat Struct Mol Biol 19(11): 1084‐1092. 

Muchamuel, T., M. Basler, M. A. Aujay, E. Suzuki, K. W. Kalim, C. Lauer, C. Sylvain, E. R. Ring, J. Shields, J. Jiang, P. 

Shwonek, F. Parlati, S. D. Demo, M. K. Bennett, C. J. Kirk and M. Groettrup (2009). "A selective inhibitor of the  immunoproteasome subunit LMP7 blocks cytokine production and attenuates progression of experimental  arthritis." Nat Med 15(7): 781‐787.  protein (SUMO) and ubiquitin in SUMO‐targeted ubiquitin ligase‐mediated genome stability functions." Biol  Chem 287(35): 29610‐29619.  '20S' proteasome  (multicatalytic proteinase) encoded  by  the major histocompatibility  complex." Nature  353(6345): 662‐664. 

Osaka, F., H. Kawasaki, N. Aida, M. Saeki, T. Chiba, S. Kawashima, K. Tanaka and S. Kato (1998). "A new NEDD8‐

ligating system for cullin‐4A." Genes Dev 12(15): 2263‐2268. 

Osiak, A., O. Utermohlen, S. Niendorf, I. Horak and K. P. Knobeloch (2005). "ISG15, an interferon‐stimulated  ubiquitin‐like protein, is not essential for STAT1 signaling and responses against vesicular stomatitis and  lymphocytic choriomeningitis virus." Mol Cell Biol 25(15): 6338‐6345. 

Ozkaynak, E., D. Finley and A. Varshavsky (1984). "The yeast ubiquitin gene: head‐to‐tail repeats encoding  polyubiquitin precursor protein." Nature 312(5995): 663‐666. 

Pelzer, C., I. Kassner, K. Matentzoglu, R. K. Singh, H. P. Wollscheid, M. Scheffner, G. Schmidtke and M. Groettrup  (2007). "UBE1L2, a novel E1 enzyme specific for ubiquitin." J Biol Chem 282(32): 23010‐23014. 

Puumalainen, M. R., D. Lessel, P. Ruthemann, N. Kaczmarek, K. Bachmann, K. Ramadan and H. Naegeli (2014). 

"Chromatin retention of DNA damage sensors DDB2 and XPC through loss of p97 segregase causes genotoxicity." 

Nat Commun 5: 3695. 

Pye, V. E., I. Dreveny, L. C. Briggs, C. Sands, F. Beuron, X. Zhang and P. S. Freemont (2006). "Going through the  motions: the ATPase cycle of p97." J Struct Biol 156(1): 12‐28. 

Raasi, S., G. Schmidtke, R. de Giuli and M. Groettrup (1999). "A ubiquitin‐like protein which is synergistically  inducible by interferon‐gamma and tumor necrosis factor‐alpha." Eur J Immunol 29(12): 4030‐4036. 

Raasi, S., G. Schmidtke and M. Groettrup (2001). "The ubiquitin‐like protein FAT10 forms covalent conjugates  and induces apoptosis." J Biol Chem 276(38): 35334‐35343. 

Rahighi, S., F. Ikeda, M. Kawasaki, M. Akutsu, N. Suzuki, R. Kato, T. Kensche, T. Uejima, S. Bloor, D. Komander, F. 

Rani, N., A. Aichem, G. Schmidtke, S. G. Kreft and M. Groettrup (2012). "FAT10 and NUB1L bind to the VWA  domain of Rpn10 and Rpn1 to enable proteasome‐mediated proteolysis." Nat Commun 3: 749. 

Rape, M., T. Hoppe, I. Gorr, M. Kalocay, H. Richly and S. Jentsch (2001). "Mobilization of processed, membrane‐

tethered SPT23 transcription factor by CDC48(UFD1/NPL4), a ubiquitin‐selective chaperone." Cell 107(5): 667‐

677. 

Ren, J., A. Kan, S. H. Leong, L. L. Ooi, K. T. Jeang, S. S. Chong, O. L. Kon and C. G. Lee (2006). "FAT10 plays a role  in the regulation of chromosomal stability." J Biol Chem 281(16): 11413‐11421. 

Ren, J., Y. Wang, Y. Gao, S. B. Mehta and C. G. Lee (2011). "FAT10 mediates the effect of TNF‐alpha in inducing  chromosomal instability." J Cell Sci 124(Pt 21): 3665‐3675. 

Ritz, D., M. Vuk, P. Kirchner, M. Bug, S. Schutz, A. Hayer, S. Bremer, C. Lusk, R. H. Baloh, H. Lee, T. Glatter, M. 

Gstaiger, R. Aebersold, C. C. Weihl and H. Meyer (2011). "Endolysosomal sorting of ubiquitylated caveolin‐1 is  regulated by VCP and UBXD1 and impaired by VCP disease mutations." Nat Cell Biol 13(9): 1116‐1123. 

Ross, M. J., M. S. Wosnitzer, M. D. Ross, B. Granelli, G. L. Gusella, M. Husain, L. Kaufman, M. Vasievich, V. D. 

D'Agati, P. D. Wilson, M. E. Klotman and P. E. Klotman (2006). "Role of ubiquitin‐like protein FAT10 in epithelial  apoptosis in renal disease." J Am Soc Nephrol 17(4): 996‐1004. 

Rumpf, S. and S. Jentsch (2006). "Functional division of substrate processing cofactors of the ubiquitin‐selective  Cdc48 chaperone." Mol Cell 21(2): 261‐269. 

Ryu, K. Y., R. Maehr, C. A. Gilchrist, M. A. Long, D. M. Bouley, B. Mueller, H. L. Ploegh and R. R. Kopito (2007). 

"The mouse polyubiquitin gene UbC is essential for fetal liver development, cell‐cycle progression and stress  tolerance." EMBO J 26(11): 2693‐2706. 

Samara, N. L., A. B. Datta, C. E. Berndsen, X. Zhang, T. Yao, R. E. Cohen and C. Wolberger (2010). "Structural  insights into the assembly and function of the SAGA deubiquitinating module." Science 328(5981): 1025‐1029. 

Savulescu, A. F. and M. H. Glickman (2011). "Proteasome activator 200: the heat is on." Mol Cell Proteomics  10(5): R110 006890. 

Scheffner, M., U. Nuber and J. M. Huibregtse (1995). "Protein ubiquitination involving an E1‐E2‐E3 enzyme  ubiquitin thioester cascade." Nature 373(6509): 81‐83. 

Schlesinger, D. H. and G. Goldstein (1975). "Molecular conservation of 74 amino acid sequence of ubiquitin  between cattle and man." Nature 255(5507): 423‐424. 

Schlesinger, D. H., G. Goldstein and H. D. Niall (1975). "The complete amino acid sequence of ubiquitin, an  adenylate cyclase stimulating polypeptide probably universal in living cells." Biochemistry 14(10): 2214‐2218. 

Schmidtke, G., B. Kalveram and M. Groettrup (2009). "Degradation of FAT10 by the 26S proteasome is  independent of ubiquitylation but relies on NUB1L." FEBS Lett 583(3): 591‐594. 

Schmidtke, G., B. Kalveram, E. Weber, P. Bochtler, S. Lukasiak, M. S. Hipp and M. Groettrup (2006). "The UBA  domains of NUB1L are required for binding but not for accelerated degradation of the ubiquitin‐like modifier  FAT10." J Biol Chem 281(29): 20045‐20054. 

Sha, Z. and A. L. Goldberg (2014). "Proteasome‐mediated processing of Nrf1 is essential for coordinate induction  of all proteasome subunits and p97." Curr Biol 24(14): 1573‐1583. 

Singh, R. K., S. Zerath, O. Kleifeld, M. Scheffner, M. H. Glickman and D. Fushman (2012). "Recognition and  cleavage of related to ubiquitin 1 (Rub1) and Rub1‐ubiquitin chains by components of the ubiquitin‐proteasome  system." Mol Cell Proteomics 11(12): 1595‐1611. 

Skowyra, D., K. L. Craig, M. Tyers, S. J. Elledge and J. W. Harper (1997). "F‐box proteins are receptors that recruit  phosphorylated substrates to the SCF ubiquitin‐ligase complex." Cell 91(2): 209‐219. 

Snyder, A., Z. Alsauskas, P. Gong, P. E. Rosenstiel, M. E. Klotman, P. E. Klotman and M. J. Ross (2009). "FAT10: a  novel mediator of Vpr‐induced apoptosis in human immunodeficiency virus‐associated nephropathy." Virol  83(22): 11983‐11988. 

Sowa, M. E., E. J. Bennett, S. P. Gygi and J. W. Harper (2009). "Defining the human deubiquitinating enzyme  interaction landscape." Cell 138(2): 389‐403. 

Stohwasser, R., S. Standera, I. Peters, P. M. Kloetzel and M. Groettrup (1997). "Molecular cloning of the mouse  proteasome  subunits MC14  and MECL‐1: reciprocally  regulated  tissue  expression  of  interferon‐gamma‐

modulated proteasome subunits." Eur J Immunol 27(5): 1182‐1187. 

Stolz, A., W. Hilt, A. Buchberger and D. H. Wolf (2011). "Cdc48: a power machine in protein degradation." Trends  Biochem Sci 36(10): 515‐523. 

Stolz, A., R. S. Schweizer, A. Schafer and D. H. Wolf (2010). "Dfm1 forms distinct complexes with Cdc48 and the  ER ubiquitin ligases and is required for ERAD." Traffic 11(10): 1363‐1369. 

Storer, A. C. and R. Menard (1994). "Catalytic mechanism in papain family of cysteine peptidases." Methods  Enzymol 244: 486‐500. 

Tanji, K., T. Tanaka and T. Kamitani (2005). "Interaction of NUB1 with the proteasome subunit S5a." Biochem 

Tanji, K., T. Tanaka and T. Kamitani (2005). "Interaction of NUB1 with the proteasome subunit S5a." Biochem