Tabelle 9: Report mit Bewertung der gefundenen Peaks
Der Report zeigt sehr schön, dass das untersuchte Fragment die Acetylierung am N-Terminalen Ende trägt. So sind außer dem sehr schwer zu messenden acetylierten b-10-Ion und dem nicht entstehenden b-7-Ion alle acetylierten a- oder b-Ionen der Sequenz enthalten. Gleichzeitig sind fast keine acetylierten y-Ionen zu sehen. Mit dieser Methode konnten nacheinander 153 von Prof. Lehmann zur Verfügung gestellten MS/MS-Spektren analysiert werden. Es wurden dabei keine weiteren Modifikationen gefundenen. Für die komplette Analyse wurden weniger als zwei Stunden benötigt.
4.10 Entwicklung von Hilfswerkzeugen
Bei der Entwicklung des Programms FINDYSERIES wurde sehr schnell klar, dass es dringend nötig war, weitere einfache Hilfsklassen zu entwickeln, die den Benutzern auch in anderen Programmen zur Verfügung stehen können. Bei der Fehlersuche und dem Austesten der Programme mussten immer wieder dieselben Berechnungen für einzelne Peaks oder eine Substanz gemacht werden, um zu Überprüfen, ob ein Peak richtig zugeordnet ist oder nicht. Dieses legt die Vermutung nahe, dass auch bei der direkten Auswertung von Massenspektren diese Berechnungen schnell und einfach vorgenommen werden müssen. Außerdem war es nötig, die in der Arbeit geforderte webbasierte Bereitstellung von Daten auch für dieses Projekt zu
untersuchen. So sollte beispielhaft untersucht werden, inwieweit es möglich ist, eine Online-Hilfe für das Programm FINDYSERIES zur Verfügung zu stellen, die
tagesaktuell ist, aber nicht von einer Anbindung an das Internet abhängig sein soll.
4.10.1 Konvertierung von Massenwerten in Ionen
In einem Massenspektrum werden immer Intensitäten gegen m/z (Masse/Ladung) aufgetragen. Dies führt dazu, dass doppelt geladene Ionen auch nur bei der halben Masse im Spektrum gemessen werden. Es war daher häufig notwendig zu
überprüfen, ob ein Fragment mit unterschiedlichen Ladungen in den Spektren vorkommt. Dieses machte es nötig, zwei weitere Klassen zu entwickeln, die diese
Aufgabe schnell und einfach lösen können. Zum einen ist es die Klasse zum Berechnen der Masse des Ions:
Abbildung 33: Berechnung des Ions aus einer Masse
Zum anderen die Klasse zum Berechnen des Massenwerts aus dem Ion.
Abbildung 34: Berechnung der Masse aus einem Ion
4.10.2 Quervernetzung der Applikation mit der SWISSPROT-Datenbank
Ein sehr wichtiger Aspekt für die weitere Entwicklung von Anwendungen im Bereich der Glykobiologie besteht in der Quervernetzung von Datenbanken und den
einzelnen Applikationen. So soll gewährleistet sein, dass Daten aus verschiedenen Quellen einfach vom Anwendungsprogramm genutzt werden können. Dies soll hier anhand der Verknüpfung mit der SWISSPROT-Datenbank gezeigt werden. Da es sich um eine Datenbank handelt, die allgemein im Internet verfügbar ist und zentral gepflegt wird, konnte hier nicht auf die Technik eines XML-Containers zurückge-griffen werden, der die Daten von der Datenbank an die lokalen Anwendungen
übermittelt. Stattdessen wurde hier der Umweg über den Webserver gewählt. Es wird also einfach die HTML-Antwort auf eine Anfrage an den Webserver ausgewertet.
Dieses geschieht wie folgt: Man gibt in den oberen Teil des Fensters entweder den Entryname eines in der SWISSPROT enthaltenen Proteins, die Cross-Reference Bezeichnung oder die Primary Accession Number ein und klickt auf den Button
<Query Swissprot>. Das Programm setzt daraufhin die URL der Anfrage zusammen und übermittelt sie an den SWISSPROT-Webserver. Die zurückgeschickte HTML-Datei wird lokal ausgewertet und die Ergebnisse werden in die entsprechenden Felder der lokalen Anwendung eingetragen.
Abbildung 35: Ergebnis einer Anfrage an die SWISSPROT
Es ist so ohne größeren Aufwand möglich, die Sequenz des interessierenden
Proteins zu erhalten, und sie steht nun für weitere Berechnungen oder Auswertungen zur Verfügung.
4.10.3 Darstellung einer webbasierten Hilfe
Ein großes Problem bei der Erstellung von Applikationen, die nicht webbasiert sind, ist es, die einzelnen Komponenten und Daten immer auf einem aktuellen Stand zu halten. Dieses soll hier exemplarisch an der Anwendung MAINHELP gezeigt werden.
Bevor eine Hilfeseite der lokalen Anwendung angezeigt wird, wird eine Web-Anfrage gestartet, die überprüft, ob eine aktuellere Version der Hilfen auf dem Webserver bereitgestellt wird. Ist dem so, so wird die aktuellere Hilfeseite geladen und ersetzt die gespeicherten Daten. Dazu wird eine Anfrage in der folgenden Form an den Webserver gestellt:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<!DOCTYPE mainHelpQuery (View Source for full doctype...)>
<mainHelpQuery>
<query>
<helptopic>Selecting Masstype</helptopic>
</query>
</mainHelpQuery>
Listing 2: XML-Container der Anfrage
Der Webserver liefert daraufhin einen XML-Container mit der korrespondierenden Hilfeseite zurück, in dem der Dateiname und das Datum der letzten Änderung codiert sind.
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<!DOCTYPE mainHelpAnswer (View Source for full doctype...)>
<mainHelpAnswer>
<answer>
<helptext>
<file>http://www.dkfz.de/spec/findYSeries/helpfiles/selected_masstype_page_1.rtfd</
file>
<last_change>
<day>13</day><month>09</month><year>2003</year>
</last_change>
</helptext>
</answer>
</mainHelpAnswer>
Listing 3: XML-Container der Hilfeseite
Dieser XML-Container wird nun ausgewertet und falls die Seite aktueller ist, erfolgt das Herunterladen der Hilfeseite und ersetzt fortan die alte Hilfeseite. Auf diese Art und Weise ist auch die Aktualität gewährleistet, wenn momentan keine Anbindung an das Internet besteht. Außerdem wird so auch die Belastung des Internets so gering wie möglich gehalten. Da die Hilfeseiten im Allgemeinen nur eine geringe Dateigröße besitzen, bemerkt der Benutzer von diesem Vorgang nichts. Die Darstellung der Hilfeseite erfolgt wieder mit der eigenen Applikation. Dieses erfolgt in der Form eines Hilfecenters, wie es für heutige Programme Standard ist. So kann der Benutzer im oberen Teil des Centers nach dem passenden Begriff suchen. Nach Auswahl des Begriffes erhält er die entsprechenden Informationen angezeigt.
Abbildung 36: Darstellung des HelpCenters
Man hat so die Möglichkeit die Vorteile einer lokal ausgeführten Applikation, wie Geschwindigkeit und gute und schnelle Interaktion mit den Vorteilen einer
webbasierten Anwendung, wie gute Aktualität und zentrale Beseitigung eventueller Fehler, miteinander zu verbinden.