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” Algorithmen der Bioinformatik I“

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Sommersemester 2003

Dipl.-Inf. A. Thum, Dr. A. Gerisch

2. ¨ Ubung

” Algorithmen der Bioinformatik I“

Abgabe am 7. bzw. 8. Mai 2003 in der ¨Ubung

Institut f¨ur Informatik Martin-Luther-Universit¨at Halle-Wittenberg

Aufgabe 1. Beweisen Sie, dass der Fall IIa des Z-Algorithmus’ korrekt ist.

Aufgabe 2. Beweisen Sie, dass es im Fall IIb des Z-Algorithmus’ nur f¨ur n¨otig ist, die Funktionprefix()auszuf¨uhren, ansonsten kann gesetzt werden.

Aufgabe 3. Zeigen Sie, dass im Z-Algorithmus aus

folgt

"!

.

Aufgabe 4. Verbessern Sie Ihren naiven Exact-Match-Algorithmus durch Implementierung der

”bad character rule“. Testen Sie das modifizierte Verfahren und vergleichen Sie die Laufzeiten anhand der durchgef¨uhrten Operationen mit der bisherigen Implementierung.

Referenzen

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