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Estimation génomique de la valeur d’élevage

L’estimation génomique de la valeur d’élevage (EGVE) utilise, en plus des 54’000 positions sur l’ADN des chevaux mentionnées dans la première partie de cet article, la valeur d’éle- vage conventionnelle dans laquelle toutes les informations disponibles sont résumées (valeur d’élevage basée sur l’ascendance, valeur d’éle- vage basé sur les performances propres, sur les performances des collatéraux et des descendants).

Pour l’estimation génomique de la valeur d’élevage, on répartit les animaux génotypisés en deux groupes : un groupe d’essai ou d’entraînement et un groupe de validation. L’EGVE est ensuite effectuée en deux étapes.

Lors de la première, l’influence des variantes génétiques (effets des SNP) sur les caractères analysés au moyen des chevaux du premier groupe est évaluée par des méthodes statis- tiques complexes. Résultat : on peut

voir quelles positions sur l’ADN (quelles SNP) et quelles variantes de SNP ont une influence – et de quel type – sur les caractères pris en compte. Dans la deuxième étape, on évalue les valeurs d’élevage géno- miques pour les chevaux du deuxième groupe. Celle-ci correspond pour un caractère du programme d’élevage à la somme des effets de ses variantes de gènes (somme des effets SNP).

Application de l’estimation génomique de la valeur d’élevage chez le franches-montagnes Dans l’élevage bovin, on utilise déjà la valeur d’élevage et la sélection génomique. Un projet est en cours à la Haute école suisse d’agronomie (HESA) de Zollikofen afin d’éva- luer les possibilités d’utiliser cette méthode dans la population restreinte et fermée du franches-montagnes. Au total, ce sont 1100 chevaux représentatifs de la race des franches-montagnes qui ont été génotypisés avec la puce ADN

pour chevaux (échantillons récoltés en 2009/2010 par la doctorante méd. vét. Fanny Berruex du Haras national suisse, et de la clinique équine de la Faculté Vetsuisse de l’Université de Berne, dans le cadre du projet de recherche « prévalence des maladies génétiques chez les chevaux de la race des Franches- Montagnes). Les premiers résultats sont encourageants. L’estimation génomique de la valeur d’élevage semble fondamentalement possible. Ainsi, l’exactitude (coefficient de détermination) des valeurs d’élevage génomiques relatives aux caractères déjà analysés, telle la toise, l’extérieur type et les marques blanches de la tête est, avec respectivement 45%, 47% et 88%, supérieure à l’exactitude moyenne d’une valeur d’élevage basée seul sur l’ascendance (20- 35%). De cette façon, on peut éva- luer, à la naissance déjà, les prédispositions d’un cheval plus exactement que cela n’est possible

avec la méthode conventionnelle.

Autrement dit, on pourrait sélec- tionner et élever des candidats éta- lons par exemple beaucoup plus tôt et avec des résultats beaucoup plus sûrs qu’auparavant. En outre, avec les valeurs d’élevage génomiques, on peut mettre en évidence, dès la naissance, les différences géné- tiques entre frères et sœurs et pas seulement au moment de l’évalua- tion des performances propres ou de celles des descendants. En d’autres termes, cette méthode est in- téressante non seulement pour une sélection plus ciblée, mais aussi parce que les coûts d’élevage peu- vent être fortement réduits. En général, les valeurs d’élevage gé- nomiques permettent un progrès zootechnique plus élevé grâce à la réduction de l’intervalle entre géné- ration et à la sélection plus rigou- reuse.

Le progrès zootechnique a cependant son prix

Si l’on emploie des instruments de sé- lection plus sévères, comme c’est le cas avec l’EGVE et la sélection qui en découle, il faut accorder une attention particulière au développement de la consanguinité, d’autant plus dans le cas d’une population aussi restreinte

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Depuis 2006, les valeurs d’élevage sont calculées dans la race des Franches-Montagnes pour 43 caractères, sur la base du modèle animal BLUP. L’avenir appartient-il aux valeurs d’élevage génomiques, comme c’est déjà le cas pour les bovins ? Un projet de doctorat est en cours à la Haute école suisse d’agronomie (HESA) de Zollikofen, afin d’évaluer les possibilités d’utilisation de la valeur d’élevage génomique pour le cheval franches-montagnes. Dans le Magazine FM 115 de juillet 2011 ce thème a déjà été abordé. Dans cette deuxième partie, les auteurs présentent la suite et la conclusion des travaux en cours.

Bureau de conseils

* Projet de doctorat portant sur la valeur d’élevage génomique et la sélection chez le cheval franches-montagnes, mené par la Haute école suisse d’agronomie de Zollikofen, en collaboration avec le Haras national suisse, l’Institut de génétique de l’Université de Berne, le département de zoo- technie et de génétique des animaux de l’Université Georg-August de Göttingen, et la Fédération suisse d’élevage du cheval de la race des Franches-Montagnes. Nos remerciements vont à la Communauté de travail des éleveurs bovins suisses et à agn Genetics GmbH, qui ont mis à disposition plusieurs applications informatiques pour l’évaluation de la valeur d’élevage génomique. Nous remercions également l’Office fédé- ral de l’agriculture et la fondation Sur-la-Croix pour le financement du projet.

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et fermée que celle du franches-montagnes. Mais le développement de la consanguinité peut être surveillé plus précisément au moyen des données SNP. Par ailleurs, des méthodes ont déjà été développées dont l’objectif

est de maximiser le progrès zootechnique tout en limitant l’augmentation de la consanguinité (cf. Magazine FM 109, janvier 2011 et Magazine FM 113, mai 2011). Ces méthodes sont aussi applicables pour les données

SNP. Les questions concernant l’application concrète et les effets sur le programme d’élevage actuel des franches-montagnes n’ont cependant pas encore été abordées. Or, appli- quer l’estimation génomique de la va-

leur d’élevage va de pair avec une utilisation accrue de technologie et de connaissances poussées des spécia- listes. Par ailleurs, il y a un lien de dé- pendance marqué avec une société américaine. Ces conditions ne sont donc certainement pas sans poser problème.

Heidi Hasler et Stefan Rieder

La valeur d’élevage génomique est représentée pour le même caractère de trois chevaux (p. ex. la toise).

Le caractère analysé est influencé par les positions sur l’ADN 3, 5, 7, 11, 16, 23, …, 54 599 et 54 601. Seules quelques positions sur les gènes parmi les quelques autres milliers sont indiquées. La valeur d’élevage génomique est calculée en tant que somme des chiffres encerclés en vert et en rouge.

Dargestellt ist der genomische Zuchtwert für dasselbe Merkmal von drei Tieren (z.B. Stockmass). Das untersuche Merkmal wird durch die Genstellen 3, 5, 7, 11, 16, 23, …, 54 599 und 54 601 beeinflusst. Es sind nur einige der vielen zehntausend Genstellen aufgezeichnet. Der genomische Zuchtwert berechnet sich als Summe der grün und rot umkreisten Zahlen.

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