Sommersemester 2004 Abgabe am 14.4.2004 Prof. Dr. Stefan Posch, Dipl.-Inf. B. M¨oller, Dr. J. Wensch
1. ¨ Ubung
” Algorithmen der Bioinformatik I“
Ziel dieses ¨Ubungsblattes ist, das Sie eine funktionst¨uchtige Programmierumgebung zur Verf¨ugung haben.
Insbesondere sollen grundlegende Ein- und Ausgabeoperationen in der Programmiersprache Ihrer Wahl (Java oder C++) realisiert werden sowie ein String-Objekt zur Verf¨ugung stehen.
Senden Sie Ihre Programme an wensch@informatik.uni-halle.de bzw. an moeller@informatik.uni-halle.de mit dem Betreff adb:serie1. Die Abgabe der schriftlichen Aufgaben erfolgt jeweils zur Vorlesung am Mitt- woch.
1. Auf der Internetseite zur ¨Ubung findet sich die Datei orchid.dna. Erstellen Sie ein Programm, daß diese Datei ¨offnet und den darin befindlichen Text (DNA-Sequenz) in einen String einliest. Entfernen Sie die Zeilenumbruchzeichen.
2. Schreiben Sie eine Prozedur, die einen String nach den Transkriptionsregeln DNA→RNA umwan- delt. Wenden Sie Ihre Prozedur auf den eingelesenen String an.
3. Schreiben Sie das Resultat der Umwandlung in eine Datei mit Namen orchid.rna.
4. Geben Sie das Resultat der Umwandlung auf der Kommandozeile/Standardausgabe/Konsole aus.