Table 34: First 120 domains of different up-regulated transcripts Part 1 domains of different up-regulated transcripts
No PFAM xylem-sap SXM difference
1 Zn_clus Zinc finger domain 46 16 30
2 Fungal_trans Fungal specific transcription factor 39 9 30
3 Pkinase Protein kinase 20 4 16
4 Ank Ankyrin repeat 15 2 13
5 RRM_1 RNA recignition motiv 13 1 12
6 p450 Cytochrome P450 21 10 11
7 Glyco_hydro_3 Glycosyl hydrolase family 3 11 0 11
8 Helicase_C Helicase conserved C-terminal domain 10 0 10
9 Beta-lactamase Beta-lactamase 9 0 9
10 PP-binding Phosphopantetheine attachment site 9 0 9 11 Response_reg Response regulator reciever domain 9 0 9
12 AMP-binding AMP-binding enzyme 12 4 8
13 HET Heterokaryon incompatibility protein 11 3 8
14 Amino_oxidase Flavin containing amine oxidoreductase 10 2 8 15 Glyco_hydro_3_C Glycoside hydrolase family 3 10 2 8
16 NACHT NACHT domain 9 1 8
22 ketoacyl-synt Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain 7 0 7 23 Ketoacyl-synt_C Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain 7 0 7 24 HATPase_c Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and
HSP90-like ATPase
Part 2 domains of different up-regulated transcripts
No PFAM xylem-sap SXM difference
31 Glyco_hydro_15 Glycoside hydrolase family 15 5 0 5
32 KR KR domain 5 0 5
38 7tm_2 Secretin receptor family of 7 transmembrane receptors
46 FAD_binding_7 FAD binding domain of DNA photolyase 4 0 4 47 Glyco_transf_34 galactosyl transferase GMA12/MNN10
family
4 0 4
48 Na_Ca_ex Sodium/calcium exchanger protein 4 0 4
49 NB-ARC NB-ARC domain 4 0 4
50 Peptidase_M20 Peptidase family M20/M25/M40 4 0 4
51 Phospholip_A2_3 Prokaryotic phospholipase A2 4 0 4
52 ADH_zinc_N Zinc-binding dehydrogenase 16 13 3
53 DAO FAD dependent oxidoreductase 6 3 3
54 Chitin_bind_3 carbohydrate-binding module 4 1 3
55 DUF3425
Part 3 domains of different up-regulated transcripts
No PFAM xylem-sap SXM difference
61 Fmp27 Mitochondrial protein from FMP27 3 0 3
62 GCV_T_C Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain
3 0 3
63 Git3
G protein-coupled glucose receptor
regulating Gpa2 3 0 3
64 Glu_synthase Conserved region in glutamate synthase 3 0 3
65 Glyco_hydro_71 Glycoside hydrolase family 71 3 0 3
66 HA2 Helicase associated domain 3 0 3
67 IMPDH IMP dehydrogenase / GMP reductase domain
3 0 3
68 Ldh_2 Malate/L-lactate dehydrogenase 3 0 3
69 LRR_1 Leucine Rich Repeat 3 0 3
70 PalH PalH/RIM21 3 0 3
71 Pex24p Integral peroxisomal membrane peroxin 3 0 3
72 Pirin Pirin 3 0 3
73 S1 3 0 3
74 Sec7 Sec7 domain 3 0 3
75 TrkH Cation transport protein 3 0 3
76 Acetyltransf_1 Acetyltransferase (GNAT) family 7 5 2 77 GMC_oxred_C
Glucose-methanol-choline
oxidoreductase family 7 5 2
78 NAD_binding_1 Oxidoreductase NAD-binding domain 4 2 2
79 SH3_1 SH3 domain 4 2 2
84 ABC_membrane_2 ABC transporter transmembrane region 2 2 0 2 85 Ad_cyc_g-alpha Adenylate cyclase G-alpha binding
domain
2 0 2
86 Adaptin_N Adaptin N terminal region 2 0 2
87 Ammonium_transp Ammonium transporter 2 0 2
88 Apt1 Golgi-body localisation protein domain 2 0 2
89 Asparaginase Asparaginase 2 0 2
90 BTB BTB/POZ domain 2 0 2
Part 4 domains of different up-regulated transcripts
No PFAM xylem-sap SXM difference
91 Cation_efflux Cation efflux family 2 0 2
92 CGI-121 Kinase binding protein CGI-121 2 0 2
93 Chitin_bind_1 Chitin recognition protein 2 0 2
94 Choline_sulf_C Choline sulfatase enzyme C terminal 2 0 2
95 Cpn60_TCP1 TCP-1/cpn60 chaperonin family 2 0 2
96 Cyt-b5 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
2 0 2
97 DHC_N1 Dynein heavy chain, N-terminal region 1 2 0 2 98 Dioxygenase_N Catechol dioxygenase N terminus 2 0 2 99 DUF1162 Protein of unknown function (DUF1162) 2 0 2 103 DUF3517 Domain of unknown function
(DUF3517)
109 Fmp27_SW RNA pol II promoter Fmp27 protein domain
2 0 2
110 Fmp27_WPPW RNA pol II promoter Fmp27 protein domain
2 0 2
111 GATase_2 Glutamine amidotransferases class-II 2 0 2 112 GCV_T Aminomethyltransferase folate-binding
domain
2 0 2
113 Glu_syn_central Glutamate synthase central domain 2 0 2 114 Glyco_hydro_45 Glycoside hydrolase family 45 2 0 2 115 Glyco_transf_54 N-Acetylglucosaminyltransferase-IV
119 HSF_DNA-bind Heast Shock Factor-type DNA-binding 2 0 2
120 Hydrolase_4 Putative lysophospholipase 2 0 2
Erklärung
Hiermit erkläre ich an Eides Statt, dass die Dissertation mit dem Titel „Characterization of the pathogenicity relevant genes THI4 and PA14_2 in Verticillium dahliae” selbständig und ohne unerlaubte Hilfe angefertigt wurde.
Göttingen, Oktober 2013
Clara Elisabeth Hoppenau
Danksagung
An erster Stelle möchte ich Herrn Prof. Gerhard Braus für die Möglichkeit danken, an diesem spannenden Thema in seiner Arbeitsgruppe zu arbeiten und dort meine Doktorarbeit anzufertigen. Ich danke ihm und Frau Prof. Ursula Kües für die gute Betreuung während dieser Zeit.
Frau Dr. Susanna Braus-Stromeyer, die mich während meiner Promotion umfassend betreute, danke ich für die anregenden Diskussionen und Gespräche. Des Weiteren gilt mein Dank Dr. Harald Kusch und Dr. Van Tran Tuan für ihre allzeitige Unterstützung.
Meinen Kollegen Christian Timpner, Anika Kühn, Christiane Oberthür und Kai Nesemann möchte ich auf diesem Wege für die sehr gute Zusammenarbeit während unserer gemeinsamen Experimente in Labor und Gewächshaus danken. Auf diesem Wege bedanke ich mich auch bei den Kolleginnen Dr. Mareike Possienke, Dr. Kirstin Feussner und Dr. Stefanie König (Abteilung Prof. Dr. Feussner) für die erfolgreiche, gemeinsame Arbeit an den großen Infektionsexperimenten. Ich möchte Alexander Kaever, Dr. Tonatiuh Pena Centeno und den anderen Bioinformatikern von BioFung, insbesondere Kathrin Aßhauer und Manuel Landesfeind, danken, für ihre Hilfe bei der Transkriptomdaten-Berechnung. Ich danke Dr. Blagovesta Popova, Kerstin Schmitt, Verena Hofer-Preez und Dr. Oliver Valerius, die mich bei meinen Hefeexperimenten unterstützten. Besonderer Dank gilt Maria Meyer und Heidi Northemann, für die sehr angenehme Atmosphäre in unserem Labor sowie für die guten und aufmunternden Gespräche. Auf diesem Wege möchte ich ebenfalls Nicole Scheiter für die fantastische Unterstützung im logistischen Bereich danken. Vielen Dank auch an alle Mitarbeiter der AG Braus für die schöne und angenehme Zeit.
Mein besonderer Dank gilt Dr. Mareike Possienke, Dr. Jennifer Gerke, Rebekka Harting, Dr. Anne Dettmann, Dr. Christoph Sasse, Dr. Anna Sasse und Dipl-Jur. Cornelia Gorholt, die sich die Zeit nahmen diese Arbeit gegen zu lesen.
Zum Schluss möchte ich mich ganz herzlich bei meinen Eltern bedanken ohne deren Unterstützung diese Arbeit nicht möglich gewesen wäre.
Diese Arbeit wurde finanziell unterstützt vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF).
Curriculum Vitae
Clara Elisabeth Hoppenau
Born on December the 15th, 1982 in Cologne, Germany
Education:
1988-1992 Primary Education in Hamburg 1992-2003 Secondary Education in Hamburg
Scientific background:
2004-2007 Basic studies at the University of Hamburg
2007-2009 Advanced studies at the Philipps-University of Marburg
Graduation in biology with the diploma thesis “Reparatur von Thymindimeren in duplex DNA durch Arabidopsis Cryptochrom 3 mittels Elektronentransfer entlang des DNA Stranges”, in the Institut für Pflanzenphysiologie und Photobiologie, Abteilung für Molekulare Pflanzenphysiologie und Photobiologie of Prof. Dr. A. Batschauer.
2009-2013 Scientific assistent at the Georg-August Universität Göttingen (Germany), in the Institut für Mikrobiologie und Genetik, Abteilung für Molekulare Mikrobiologie und Genetik of Prof. Dr. G.H. Braus.