Organismen, Plasmide, Cosmide - Material und Methoden

2 Material und Methoden

2.2. Organismen, Plasmide, Cosmide

Alle in der vorliegenden Dissertation verwendeten sowie neu konstruierten Bakterienstämme, Plasmide und Cosmide sind in der nachfolgenden Übersicht tabellarisch nach Genotyp und Herkunft gelistet.

Tabelle 2.1.: Übersicht der verwendeten Plasmide und Cosmide

Plasmid/Cosmid Vektor Genotyp Referenz

pET-30a(+) pET30a(+) Expressionsvektor Novagen, USA

pET-30a/narG1 pET30a(+) pET30a(+) mit SCO6535, Kan^R diese Arbeit pET-30a/narG2 pET30a(+) pET30a(+) mit SCO0216, Kan^R diese Arbeit pET-30a/narG2 pET30a(+) pET30a(+) mit SCO4947, Kan^R diese Arbeit pMS82 pMS82 φBT1-Derivat, integriert in SCO4848,

Hyg^R

Gregory et al., 2003

pMS82/SCO2152 pMS82 pMS82 mit SCO2152, Hyg^R diese Arbeit

pMS82/SCO2148-50 pMS82 pMS82 mit SCO2148-50, Hyg^R diese Arbeit pMS82/SCO2148-51 pMS82 pMS82 mit SCO2148-51, Hyg^R diese Arbeit pMS82/SCO2153-56 pMS82 pMS82 mit SCO2153-56, Hyg^R diese Arbeit pMS82/SCO3945-46 pMS82 pMS82 mit SCO3945-46, Hyg^R diese Arbeit 1C07.2.e05.EZR1.seq Supercos1 SCO7235::Tn5062, Carb^R, Apra^R diese Arbeit 1C07.2.h09.EZR1.seq Supercos1 SCO7236::Tn5062, Carb^R, Apra^R diese Arbeit 6G10A.1.F03 Supercos1 SCO2152::Tn5062, Carb^R, Apra^R diese Arbeit 6G10A.2.G04 Supercos1 SCO2153::Tn5062, Carb^R, Apra^R diese Arbeit 6G10A.1.F02 Supercos1 SCO2150::Tn5062, Carb^R, Apra^R diese Arbeit pASK-IBA3(+) pASK-IBA3(+) Expressionsvektor, fl-IG, bla, ori, tIpp,

tet-Repressor,

tetA-Promotor/Operator, Strep-Tag II C-terminal

IBA Technologies, Göttingen

pASK-IBA5(+) pASK-IBA5(+) Expressionsvektor, fl-IG, bla, ori, tIpp, tet-Repressor,

tetA-Promotor/Operator, Strep-Tag II N-terminal

IBA Technologies, Göttingen

pASK-IBA30212 pASK-IBA3(+) pASK-IBA3(+) mit SCO0212 diese Arbeit pASK-IBA50212 pASK-IBA5(+) pASK-IBA5(+) mit SCO0212 diese Arbeit

Tabelle 2.2.: Übersicht der verwendeten und neu konstruierten E. coli-Stämme

Escherichia coli-Stamm Genotyp Referenz

MC4100 F^- araD 139 ∆ (argF-lac) U 169 ptsF25 deoC1 relA1 flbB530 rpsL 150 λ^-

Casadaban und Cohen, 1979 XL1-Blue hsdR17 endA1 supE44, thi-1, recA1, gyrA96,

relA1, lac

[F`proAB, lacI^qZ∆M15, Tn10], Tet^R

Stratagene, Amsterdam, NL

DH5α F- ϕ80lacZ∆M15 ∆(lacZYA-argF)U169 recA1

endA1 hsdR17(rk-,mk-) phoA supE44 thi-1 gyrA96 relA1λ-

Bethesda Research Laboratories

JM109 F traD36 proAB lacI^Q ∆(lacZ)M15/∆(lac-proAB) glnV44 e14- gyrA96 recA1 relA1 endA1 thi hsdR17

Yanisch-Perron et al., 1985

Rosetta (DE3)/pLysS F^- ompT hsdSB(RB-mB-) gal dcm λ(DE3[lacI lavUV5-T7 gene 1 ind1

sam7nin5])pLysSRARE (Cam^R)Cm^R

Novagen

XL1-pET30a-narG1 XL1-Blue mit pET30a-narG1, Tet^R, Kan^R diese Arbeit XL1-pET30a-narG2 XL1-Blue mit pET30a-narG2, Tet^R, Kan^R diese Arbeit XL1-pET30a-narG3 XL1-Blue mit pET30a-narG3, Tet^R, Kan^R diese Arbeit XL1-IBA3/0212 XL1-Blue mit pASK-IBA3SCO0212, Tet^R,

Amp^R

diese Arbeit XL1-IBA5/0212 XL1-Blue mit pASK-IBA5SCO0212 Tet^R, Amp^R diese Arbeit Rosetta-pET30a/narG1 Rosetta mit pET30a-narG1, Cm^R, Kan^R diese Arbeit Rosetta-pET30a/narG2 Rosetta mit pET30a-narG2, Cm^R, Kan^R diese Arbeit Rosetta-pET30a/narG3 Rosetta mit pET30a-narG3, Cm^R, Kan^R diese Arbeit Rosetta-IBA3/0212 Rosetta mit pASK-IBA3SCO0212, Cm^R, Amp^R diese Arbeit Rosetta-IBA5/0212 Rosetta mit pASK-IBA5SCO0212 Cm^R, Amp^R diese Arbeit

JM109-E05 Cosmid 1C07.2.e05.EZR1.seq, Carb^R, Apra^R Fernández-Martínez et al., 2010 JM109-H09 Cosmid 1C07.2.h09.EZR1.seq, Carb^R, Apra^R Fernández-Martínez et al., 2010 JM109-F03 Cosmid 6G10A.1.F03, Carb^R, Apra^R Fernández-Martínez et al., 2010 JM109-G04 Cosmid 6G10A.2.G04, Carb^R, Apra^R Fernández-Martínez et al., 2010 JM109-F02 Cosmid 6G10A.1.F02, CarbR, ApraR Fernández-Martínez et al., 2010

JM109/pMS82 JM109 mit pMS82, Hyg^R diese Arbeit

DH5α/pMS82-3945-46 DH5α mit pMS82/SCO3945-46, Hyg^R diese Arbeit DH5α/pMS82-2148-50 DH5α mit pMS82/SCO2148-50, Hyg^R diese Arbeit DH5α/pMS82-2148-51 DH5α mit pMS82/SCO2148-51, Hyg^R diese Arbeit DH5α/pMS82-2153-56 DH5α mit pMS82/SCO2153-56, Hyg^R diese Arbeit DH5α/pMS82-2152 DH5α mit pMS82/SCO2152, Hyg^R diese Arbeit ET12567/pUZ8002 ∆dam, ∆dcm, ∆hsdS; tra auf pUZ8002, Cm^R,

Kan^R

MacNeil et al., 1992 ET12567/pMS82-3945-46 Wie ET12567/pUZ8002 mit

pMS82/SCO3945-46, Hyg^R, Kan^R

diese Arbeit ET12567/pMS82-2148-50 Wie ET12567/pUZ8002 mit

pMS82/SCO2148-50, Hyg^R, Kan^R

diese Arbeit ET12567/pMS82-2148-51 Wie ET12567/pUZ8002 mit

pMS82/SCO2148-51, Hyg^R, Kan^R

diese Arbeit

ET12567/pMS82-2153-56 Wie ET12567/pUZ8002 mit pMS82/SCO2153-56, Hyg^R, Kan^R

diese Arbeit ET12567/pMS82-2152 Wie ET12567/pUZ8002 mit

pMS82/SCO2152, Hyg^R, Kan^R

diese Arbeit

ET12567-E05 Wie ET12567/pUZ8002 mit

1C07.2.e05.EZR1.seq, Kan^R, Carb^R, Apra^R

diese Arbeit

ET12567-H09 Wie ET12567/pUZ8002 mit

1C07.2.h09.EZR1.seq, Kan^R, Carb^R, Apra^R

diese Arbeit ET12567-F03 Wie ET12567/pUZ8002 mit 6G10A.1.F03,

Kan^R, Carb^R, Apra^R

diese Arbeit ET12567-G04 Wie ET12567/pUZ8002 mit 6G10A.2.G04,

Kan^R, Carb^R, Apra^R

diese Arbeit ET12567-F02 Wie ET12567/pUZ8002 mit 6G10A.1.F02,

Kan^R, Carb^R, Apra^R

diese Arbeit

Tabelle 2.3.: Übersicht der verwendeten und neu konstruierten S. coelicolor-Stämme

S. coelicolor A3(2) Stamm Genotyp Referenz

M145 (Wildtyp) SCP1^-, SCP2^- Kieser et al., (2000)

Untersuchung der Nar-Enzyme

NM92 ΔnarGHJI; ΔnarG2H2JI2; ΔnarG3H3J3I3 Fischer et al., 2010

NM1821 M145 ΔSCO1821::aac(3)IV Fischer et al., 2010

NM29 ΔnarGHJI; ΔnarG2H2JI2 Fischer, Falke et al., 2013

NM59 ΔnarGHJI, ΔnarG3H3J3I3 Fischer, Falke et al., 2013

NM68 ΔnarG2H2JI2; ΔnarG3H3J3I3 Fischer, Falke et al., 2013

NM24 ΔnarGHJI Fischer, Falke et al., 2013

NM3 ΔnarG2H2JI2 Fischer, Falke et al., 2013

NM27 ΔnarG3H3J3I3 Fischer, Falke et al., 2013

M559 ΔredA Janet White, JIC Norwich,

Stamm ist Bestandteil der Laborsammlung

COE285 M145 SCO0213::Tn5062 Fischer et al., 2014

COE404 M145 SCO0213::Tn5062 + pMS82narK2 Fischer et al., 2014

COE301 M145 SCO2959::Tn5062 Fischer et al., 2014

COE403 M145 SCO2959::Tn5062 + pMS82narK1 Fischer et al., 2014

COE382 M145 SCO0203::Tn5062 P. Haase, MLU Halle

COE432 M145 SCO0203::Tn5062 + pMS82-SCO0203 T. Pawlik, MLU Halle Untersuchung der Cytochrom-Oxidasen

COE190 ΔSCO3945-46 Jesse Alderson, JIC

Norwich

COE192 ΔSCO2148-56 Jesse Alderson, JIC

Norwich

COE193 wie COE192, ΔSCO2148-56 Jesse Alderson, JIC

Norwich

COE437 COE190 pMS82/SCO3945-46 diese Arbeit

COE441 COE192 pMS82/SCO2152 diese Arbeit

COE450 COE192 pMS82/SCO2148-50 diese Arbeit

COE452 COE192 pMS82/SCO2148-51 diese Arbeit

COE454 COE192 pMS82/SCO2153-56 diese Arbeit

COE460 M145 SCO7236::Tn5062 diese Arbeit

COE462 M145 SCO7234::Tn5062 diese Arbeit

COE464 COE192 SCO7234::Tn5062 diese Arbeit

COE466 COE192 SCO7236::Tn5062 diese Arbeit

COE468 COE190 SCO7236::Tn5062 diese Arbeit

COE470 COE190 SCO7234::Tn5062 diese Arbeit

COE472 M145 SCO2152::Tn5062 diese Arbeit

COE474 M145 SCO2153::Tn5062 diese Arbeit

COE502 M145 SCO2150::Tn5062 diese Arbeit

COE520 COE502 pMS82/SCO2148-50 diese Arbeit

COE522 COE502 pMS82/SCO2148-51 diese Arbeit

Im Dokument Charakterisierung des aeroben und anaeroben Respirationssystems von Streptomyces coelicolor A3(2) (Seite 30-33)