Oligonukleotide

In der Tabelle 7 werden alle in dieser Arbeit zum Einsatz gekommenen Oligonukleotide aufgeführt.

Tabelle 7: In dieser Arbeit verwendete Oligonukleotide. Die Sequenzen sind in 5„ zu 3„

Richtung angegeben und die Restriktionsschnittstellen sind unterstrichen. Jedes Oligonukleotid hybridisiert entweder mit dem sense-Strang [RV] oder mit dem komplementären Strang [FW] des jeweiligen Gens.

Bezeichnung Sequenz (5’ - 3’) Verwendung

CH01 CATGCCATGGATGCCTCTGGCC

AGCACGTTT

Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1∆N^AS1-41/C^AS141-178 kodiert; für die Integration in den Vektor pTXB3; führt eine NcoI-Schnittstelle ein, [FW]

CH02 CGGAATTCCTTGGCTTGAACCG

CATC

Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1∆N^AS1-41/C^AS141-178 kodiert; für die Integration in den Vektor pTXB3; führt eine EcoRI-Schnittstelle ein, [RV]

CH03 TTGGATCCCCTCTGGCCAGCAC

GTTT

Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1∆N^AS1-41/C^AS141-178 kodiert; für die Integration in den Vektor pTXB3; führt eine BamHI-Schnittstelle ein, [FW]

CH04 CATGCCATGGTTACTTGGCTTG AACCGCATC

Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1∆N^AS1-41/C^AS141-178 kodiert; für die Integration in den Vektor pTXB3; führt eine NcoI-Schnittstelle ein, [RV]

CH05 GAGCGGATAACAATTCCC Primer für die Sequenzierung von Genen, die standardmässig in den pTXB3-Vektor inseriert wurden, [FW]

CH09 CCGCTCGAGCCTCTGGCCAGC

ACGTTT

Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1∆N^AS1-41/C^AS141-178 kodiert; für die Integration in den Vektor pTXB3; führt eine XhoI-Schnittstelle ein, [FW]

CH10 CATGGGATCCTTACTTGGCTTG

AACCGCATC

Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1∆N^AS1-41/C^AS141-178 kodiert; für die Integration in den Vektor pTXB3; führt eine BamHI-Schnittstelle ein, [RV]

CH11 CCTCTGGCCAGCACGTTTTAC Primer für inverse PCR zur Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1^∆AS27-41 kodiert;

Matrize p123-Pwt-pep1^∆141-178, für blunt end-Ligation, [FW]

CH12 GGCATGGACGGGAACGGT Primer für inverse PCR zur Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1^∆AS27-41 kodiert;

Matrize p123-Pwt-pep1^∆141-178, für blunt end-Ligation, [RV]

CH14 TGGTTCTCCTCGGCCGAAGTCG

GCGTTTGCTAC

Mutagenese von um01987 zur Substitution des Valinrestes V54 in einen Alaninrest, [FW]

CH15 TCTCCTCGGTCGAAGCCGGCGT

TTGCTACAACC

Mutagenese von um01987 zur Substitution des Valinrestes V56 in einen Alaninrest, [FW]

CH16 TCGAAGTCGGCGCTTGCTACAA

CCCGCAAGCTC

Mutagenese von um01987 zur Substitution des Valinrestes V58 in einen Alaninrest, [FW]

CH17 CGTTTGCTACAACGCGCAAGCT

CGCGTTGGCAGCATC

Mutagenese von um01987 zur Substitution des Prolinrestes P62 in einen Alaninrest, [FW]

CH20 GAAGTCGGCGTTTCCTACAACC

CGCAAGCTCG

Mutagenese von um01987 zur Substitution des Cysteinrestes C59 in einen Serinrest, [FW]

CH22 CACTGCCGCAAACGTCCGTGG

CGCTCAAGCCGCT

Mutagenese von um01987 zur Substitution des Cysteinrestes C94 in einen Serinrest, [FW]

CH38 TACACACTGGCGCAAACGTGCG

TGG

Mutagenese von um01987 zur Substitution des Prolinrestes P91 in einen Alaninrest, [FW]

CH39 CAAACGTGCGCGGCGCTCAAG Mutagenese von um01987 zur Substitution des Valinrestes V95 in einen Alaninrest, [FW]

CH40 TACACACTGGCGCAAACGTGCG

CGGCGCTCAAG

Mutagenese von um01987 zur Substitution des Prolinrestes P91 sowie des Valinrestes V95 in einen Alaninrest, [FW]

CH41 ACTATGCGGCATCAGAGCAGAT TG

Primer für die Sequenzierung von Genen, die standardmässig in den p123-Vektor inseriert wurden, [FW]

CH43 TTGGATCCTTACATGCCAAACAT

GCTACCGATTCC

Amplifizierung von um01987; für die Integration in den Vektor pET15b, führt eine BamHI-Schnittstelle ein, [RV]

CH46 CGCGGATCCTTACTTGTACAGC

TCGTC

Amplifizierung von gfp; für die Integration in den Vektor pET15b, führt eine BamHI-Schnittstelle ein, [RV]

CH49 GGGAATTCCATATGGATGCTGC

GGGTGCGGTACCATTG

Amplifizierung von um01987 ohne den für das Signal-Peptid kodierenden Bereich; für die Integration in den Vektor pET15b, führt eine NdeI-Schnittstelle ein, [FW]

CH50 GCTTCGTCCAATGCTCTTGGAT

CT

Primer für inverse PCR zur Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1^∆AS27-124 kodiert;

Matrize p123-Pwt-Pep1:GFP, für blunt end-Ligation, [FW]

CH51 GGCATGGACGGGAACGGT Primer für inverse PCR zur Amplifizierung des Bereiches von um01987, welcher für die trunkierte Pep1-Variante Pep1^∆AS27-124 kodiert;

Matrize p123-Pwt-Pep1:GFP, für blunt end-Ligation, [RV]

CH61 CGATCCCGCGAAATTAATACG Primer für die Sequenzierung von Genen, die standardmässig in den pET15b-Vektor inseriert wurden, [FW]

CH68 TTCCATGGTGGATGCTGCGGGT

GCGGTACCATTG

Amplifizierung von um01987 ohne den für das Signal-Peptid kodierenden Bereich; für die Integration in den Vektor pETM-43, führt eine NcoI-Schnittstelle ein, [FW]

CH69 CCCAAGCTTCATGCCAAACATG

CTACCGATTCC

Amplifizierung von um01987; für die Integration in den Vektor pETM-43, führt eine HindIII-Schnittstelle ein, [RV]

CH83 GGAATTCCATATGCGCTCGATC

GCCACCGCCAT

Amplifizierung von gfp; für die Integration in den Vektor pET15b, als Matrize diente der Vektor p123-Pwt-Pep1:GFP; führt eine NdeI-Schnittstelle ein, [FW]

CH75 CCCAAGCTTTGCTGTCCTTCCT

GGCGA

Amplifizierung des ersten zmPOX12si-Fragments, zur die Integration in den Vektor pB3-3, als Matrize diente cDNA der Maislinie Va35, führt eine HindIII-Schnittstelle ein, [FW]

CH76 CCCAAGCTTCACGTAGTACTTG

TTGTC

Amplifizierung des ersten zmPOX12si-Fragments, zur die Integration in den Vektor pB3-3, als Matrize diente cDNA der Maislinie Va35, führt eine HindIII-Schnittstelle ein, [RV]

CH77 CCCAAGCTTACGCCCAACGCCT

TCGAC

Amplifizierung des zweiten zmPOX12si-Fragments, zur die Integration in den Vektor pB3-3, als Matrize diente cDNA der Maislinie Va35, führt eine HindIII-Schnittstelle ein, [FW]

CH78 CCCAAGCTTCCATCTTGACGTA GGAGT

Amplifizierung des zweiten zmPOX12si-Fragments, zur die Integration in den Vektor pB3-3, als Matrize diente cDNA der Maislinie Va35, führt eine HindIII-Schnittstelle ein, [FW]

CH84 CAGCCTGTGGACATATGC qRT-Primer zur Detektion von atfp4 (NP_001152411.1), [FW]

CH85 GCACATGCCCTTAACCTC qRT-Primer zur Detektion von atfp4 (NP_001152411.1), [RV]

KL81 GGAATCCACGAGACCACATA qRT-Primer zur Detektion von actin (AY594294), [FW]

KL82 CATTCTATCGGCAATACCTGG qRT-Primer zur Detektion von actin (AY594294), [RV]

OGU238 CTTCGGCATTGTTGAGGGTTTG qRT-Primer zur Detektion von gapdh (NM001111943), [FW]

OGU237 TCCTTGGCTGAGGGTCCGTC qRT-Primer zur Detektion von gapdh (NM001111943), [RV]

KL39 ATATGGGCTTCCAAGGTCTG qRT-Primer zur Detektion von RNA1 (DQ530423.1), [FW]

KL40 TCGCGGTCAAACAACATGGC qRT-Primer zur Detektion von RNA1 (DQ530423.1), [RV]

KL47 TATGGGTCCTTGACGTTCTC qRT-Primer zur Detektion von cc9 (BN000513.1), [FW]

KL48 GGATCATCCGTAGCCATCTG qRT-Primer zur Detektion von cc9 (BN000513.1), [RV]

KL125 CTGAACAAGTTCTTCGCGG qRT-Primer zur Detektion von pox12 (ACG36543), [FW]

KL126 AGGTCCACGTAGTACTTGTTG qRT-Primer zur Detektion von pox12 (ACG36543), [RV]

KL139 CCGACATCCTCTTCAACTTCTG qRT-Primer zur Detektion von bbi1 (EU955113.1), [FW]

KL140 TTCTCTGAAGCGGCACAC qRT-Primer zur Detektion von bbi1 (EU955113.1), [RV]

OGU241 ACTACGTGGACCCGCACAAC qRT-Primer zur Detektion von pr1 (ZMU82200), [FW]

OGU242 CGGAGTGGATCAGCTTGCAGTC qRT-Primer zur Detektion von pr1 (ZMU82200), [RV]

Im Dokument Funktionelle Charakterisierung von Pep1, einem sekretierten Effektorprotein von Ustilago maydis (Seite 75-79)