Oligonukleotide - Material und Methoden

2. Material und Methoden

2.1 Material

2.1.8 Oligonukleotide

Die in dieser Arbeit verwendeten sequenzspezifischen Primer wurden mit Hilfe der Programme "Oligo", Molecular Biology Insight (Cascade, USA) und dem

Lasergene-programm "Primer Select 5.05" von DNAStar (Madison, USA) abgeleitet. Alle verwendeten Primer wurden von der Firma Metabion (Planegg-Martinsried) bezogen.

Tab. 2.1: Spezifische Daten der verwendeten Primer

Bezeichnung Sequenz [5' > 3'] Tm [°C]

cdc5 ORF Primer

myb-386 GGG AGG AGT ATG GAA GAA CA 57,3

myb-519 GTG GGC TCG TAT TTC TTC TTT A 56,5

myb-R557 GTT TTT CAT CCT CCT CTC TA 53,2

myb-R845 CCT TCT TGC CTC TTG TGT TG 57,3

myb-851 AAG AGG CAA GAA GGC TAA AAG 55,9

myb-1226 AGA AGC AGT GAG GAA GAG GT 57,3

myb-R1892 TCT CCC TGG CAA TCC TAT CA 57,3

myb-1930 AGC GAC AAG CAT TAC TCC 53,7

myb-36 ACT TGT GTC CTT GCC TAG AAC 57,9

myb-R207 TCC CAT TGC CAC ACG AAG AA 57,3

myb-2273/207 CTT TCT TCG TGT GGC AAT GG 57,3

myb-R302 GAG AGA CCA TAA GCA TTT CG 55,3

myb-R2858 TCT GCC ATT TCT GCC TTC 53,7

myb-2858 GAA GGC AGA AAT GGC AGA 53,7

myb-R1170 CTG TGT TAC TCT CTT CTC CTG 57,9

myb-R3365 TCTCGGTAG AAC CTT ACA TG 55,3

cdc5 5' UTR Primer

myb-909 ATC TGC CTA CCC TCT TAC AAT 55,9

myb-421 CCT GTC TTC TTC TGC TTG TGA 57,9

myb-194 CTC CGT TAT TCA TTT GTA T 48,0

myb-463 TCA TCG CAT CTT ATT ACA G 50,2

myb-R572 GGT TTT TCC AGC CTA TTT A 50,2

myb-3411 CAG AGA TAC CAT AGA CAT AGG 55,9

myb-R1188 CGC CGC CCT CCC ATC TAA CTC 65,7

myb-3672 AGC CCA GCC CAC CAC CCT AAA 63,7

myb-3702 CCC AAA TTC CAA AAC AAG T 50,2

myb-3720 TCG AAT TTG GAG AAC TCA T 50,2

myb-3740 GAA AGG TTA CAC TAA TGG A 50,2

myb-3776 GCT AAA AAC CGA TTC CGA 51,4

myb-3803 TCG TCG GAG CGG AAA AAC 56,0

myb-3830 GCC TGA ATC TAC TCT ACC 53,7

cdc5 3' UTR Primer

myb-3231 CAA AAC CCA GGA GAA GAG AGT AAC AC 63,2 myb-3283 CAG TAG CAG CAG GTG ACG TGG ATG TT 66,4 myb-R3550 AAA CAT AGA AGT AAG TAG CCA CAG AA 58,5

Primer für Primer-Extensions-Experimente

myb-R4002Dig Dig-AAT CTC ATC CTC CGT GTT CTT 55,9 myb-R3044Dig Dig-GCT GTC AAA ATA GGT TAG TCC 55,9 myb-R3425Dig Dig-TAA CTC GCC ACT CTC CTA TGT 57,9

Tri-Hybrid-System Primer

3H-2858NcoI ATG CCA TGG AGA AGG CAG AAA TGG CAG AA 66,7 3H-1226NcoI ATG CCA TGG AGG AAG CAG TGA GGA AGA GGT 69,5 3H-1930NcoI ATG CCA TGG AGA AGC GAC AAG CAT TAC TC 66,7 3H-851NcoI ATG CCA TGG AGA GAG GCA AGA AGG CTA AAA G 68,2 3H-3365NcoI ATG CCA TGG TCT CGG TAG AAC CTT ACA TG 66,7 H-3830NcoI ATG CCA TGG AGC CTG AAT CTA CTC TAC CG 68,1 3H-ATGNcoI ATG CCA TGG AGA TGA GGA TTA TGA TAA AGG GA 65,6 3H-T3NotI AAA GCG GCC GCA TTA ACC CTC ACT AAA GGG A 69,5 3H-T7NotI AAA GCG GCC GCT AAT ACG ACT CAC TAT AGG G 69,5

RevRXSeq TTG GTT TTG GGA GAG TAG C 54,5

pRev7464 CTG TGG AAA GAT ACC TAA A 50,2

pRev7986 GAG AAA GCA ACC TGA CCT A 54,5

pRev7380 ATT TGC TGA GGG CTA TTG 51,4

Matchmaker5AD CTA TTC GAT GAT GAA GAT ACC CCA CCA AAC C 66,9 Matchmaker3AD GTG AAC TTG CGG GGT TTT TCA GTA TCT ACG A 66,9

Gal4ADRp TGG GGT ATC TTC ATC AT 48,0

Gal4ADFp TAA CAA CTC AAA CAA AT 40,7

Primer für Funktionsanalysen des Promotors

pmonFp TTC CCA GTC ACG ACG TTG TAA AA 58,9

pmonRp GGC ATC ACC TTC ACC CTC TCC 63,7

myb-2557Hind TTT TAA GCT TTT TTT CCG TTC ATT TTT CTA A 57,6 myb-2725/1Hind TTT TAA GCT TAT ATA AGA TCA AGA AAG GGA GAA 60,8

myb-2725Hind TGC AAG CTT ATA TAA GAT CAA GAA AGG GAG AAA 63,3 myb-3056Hind TGC AAG CTT TCG CCA TGG ACT AAC CTA TT 65,3 myb-3634Hind TGC AAG CTT ATC CCA TGC AAA CAA TCC 63,4 myb-3716Bam TGG ATC CGT TTT GGA ATT TGG GTT TGG ATA G 65,5 myb-3896Bam TGG ATC CGC CTG TAA ATG AGC TGA AAT CTA T 65,5

5' und 3' "RACE" Primer

O-ANK GAC CAC GCG TAT CGA TGT CGA C(T)16V - Wobbles

SMART AAG CAG TGG TAA CAA CGC AGA GTA CGC GGG (O-methyl Ribose)

HC GTA ATA CGA CTC ACT ATA GGG CAA GCA GTG GTA TCA ACG CAG AGT

HS GTA ATA CGA CTC ACT ATA GGG C

"GenomeWalk" Primer

AP1 GTA ATA CGA CTC ACT ATA GGG C 59,0

AP2 ACT ATA GGG CAC GCG TGG T 71,0

myb-R440-5' TAC GAG CCC ACT GAT TCT TCC CAT AC 64,8 myb-R393-5' ATC TCA TCC TCC GTG TTC TTC CAT AC 63,2 myb-3231-3' CAA AAC CCA GGA GAA GAG AGT AAC AC 63,2 myb-3283-3' CAG TAG CAG CAG GTG ACG TGG ATG TT 66,4

vektorspezifische Primer

T3 ATT AAC CCT CAC TAA AGG GA 53,2

T7 TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG 53,2

T7-Terminator GCT AGT TAT TGC TCA GCG G 56,7

Sp6 ATT TAG GTG ACA CTA TAG AA 49,1

M13-Forward GTA AAA CGA CGG CCA G 50,0

M13-Reverse CAG GAA ACA GCT ATG AC 50,0

zusätzliche Primer

OligodT TTT TTT TTT TTT TTT TV - Wobbles 34,0 myb-519Linker TAA AGA AGA AAT ACG AGC CAC C 56,5 myb-Linker-dT GGTGGC TCG TAT TTC TTC TTT A(T)17V - Wobbles 63,0

R302 R207 R1892 R845

R557

36 1930 1226

851 519 386

R2858 R1170

R3365 2858

2273/207 3283

3231

R3550

909 421 194 463

R573 R1188

R3004-Dig R3425-Dig R4002-Dig 36723702

37203740 3776 3803 3830

3411