7. Apendix
7.1 List of abbreviations
3’SS 3‘ splice site 5’SS 5‘ splice site
°C degree celsius
A adenosine
ADP adenosine-5‘-diphosphate
AMP-PCP 5-adenylyl methylenediphosphonate APS ammonium peroxy sulfate
ATP adenosine-5‘-triphosphate
bp basepair
BPS branch point sequence
C cytosine
CC Commitment complex
Ci Curie
CV column volumes
Da Dalton
dcFCCS dual-color Fluorescence cross correlation spectroscopy DNA deoxyribonucleic acid
dNTPs deoxynucleotide-5‘-triphosphates DTT 1,4- dithiothreitol
EDTA ethylendiamine-N, N, N‘, N‘-tetraacetic acid
EM Electron microscopy
fmol femtomole
G guanosine
G-75/150 gradient buffer containing 75 mM or 150 mM KCl GDP guanosine-5’-diphosphate
GTP gunosine-5’-triphosphate
h hour(s)
kDa kilo-Dalton
l liter
142
PAGE poly-acrylamide gel electrophoresis PCI phenol-chloroform-isoamylalcohol
S. cerevisiae Saccharomyces cerevisiae SDS sodium dodecylsulfate
Sm “Smith”, patient in which Sm proteins were first discovered
143 snRNA small nuclear ribonucleic acid
snRNP small nuclear ribonucleoprotein
T thymidine
TBE tris-borate-EDTA buffer
TE Tris-EDTA buffer
TEMED N, N, N’, N’-tetramethylethylendiamine
Ts temperature-sensitive
U uridine
U snRNA uridine rich small nuclear ribonucleic acid U snRNP uridine rich small nuclear ribonucleoprotein
UV ultraviolet
YPD yeast extract, peptone
144 7.1 Curriculum vitae
Julia Dannenberg
Geburtsdatum: 27. August 1982 Geburtsort: Braunschweig Staatsangehörigkeit: deutsch
Schulbildung
1989 bis 1995 Grundschule, Hermannshagen (Hann.Münden) 1995 bis 2002 Grotefend-Gymnasium Hann.Münden
Abitur Juni 2002
Studium
10/2002 bis 03/2008 Studium an der Georg-August-Universität Göttingen im Diplomstudiengang Biologie
Hauptfach: Botanik
1. Nebenfach: Immunologie 2. Nebenfach: Physik
Mündliche Prüfungen im Mai 2007
Diplomarbeit März 2007 bis Februar 2008
Titel der Arbeit : „ Isolierung und Charakterisierung der Proteinzusammensetzung von Spleißosomen aus der Hefe S.cerevisiae“
angefertigt am MaxPlanck-Institut für biophsykalische Chemie Göttingen, in der Abteilung für Zelluläre Biochemie
Betreuer: Prof. Reinhard Lührmann Korreferent: Prof. Ralf Ficner
Promotion
09/2008 bis 03/2013 Promotion bei Prof. Dr. Reinhard Lührmann, Abteilung
Zelluläre Biochemie, Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Göttingen
145 Titel der Arbeit: “Biochemical and structural characterization of spliceosomes purified at defined stages of assembly from the yeast S. cerevisiae”
7.2 List of publications
Fabrizio P, Dannenberg J, Dube P, Kastner B, Stark H, Urlaub H, Lührmann R. „The evolutionarily conserved core design of the catalytic activation step of the yeast spliceosome.“ (Mol Cell. 2009 Nov 25)
Ohrt T, Prior M, Dannenberg J, Odenwalder P, Dybkov O, Rasche N, Schmitzova J, Gregor I, Fabrizio P, Enderlein J, Luhrmann R. “Prp2-mediated protein rearrangements at the catalytic core of the spliceosome as revealed by dcFCCS”.
(RNA 2012)
Dannenberg, J., Fabrizio, P., Will, C., & Lührmann, R. (2012). „Affinity purification of spliceosomal and small nuclear ribonucleoprotein complexes”. In R.K. Hartmann, A.Bindereif, & A. Schön (Eds.), Handbook of RNA biochemistry (2.ed.(in press).
Weinheim: Wiley-VCH.
Ohrt, T., Odenwälder, P., Dannenberg, J., Prior, M., Warkocki, Z., Schmitzová, J., Karaduman, R., Gregor, I., Enderlein, J., Fabrizio, P. and Lührmann, R. “Molecular dissection of step 2 catalysis of yeast pre-mRNA splicing investigated in a purified system” (in press (2013)).
7.3 Conferences
“Meeting of the European Associated Laboratory (LEA) on pre-mRNA splicing”, 2009, Göttingen
Präsentation eines Posters mit dem Titel: “Isolation and characterization of early spliceosomal complexes and mRNP from the yeast S.cerevisiae”.
146
“5th International PhD student symposium Horizons in Molecular Biology”, 2008, Göttingen Präsentation eines Posters mit dem Titel: “The evolutionarily conserved core design of the catalytic activation step of the yeast spliceosome.“
“7th International PhD student symposium Horizons in Molecular Biology”, 2010, Göttingen Präsentation eines Posters mit dem Titel: “Characterization and reconstitution of early spliceosomal complexes isolated from the yeast S. cerevisiae”
7.4 Acknowledgments
An dieser Stelle möchte ich mich von Herzen bei all denen bedanken, die mich während meiner Doktorarbeit unterstützt und motiviert haben.
Reinhard Lührmann danke ich in erster Linie für die großartige Möglichkeit der Promotion über ein tolles, spannendes Projekt in seiner Abteilung. Ein ganz besonderer Dank gilt ihm aber für seine Großzügigkeit, sein Vertrauen und seine Unterstützung, die er mir in den letzten Jahren entgegengebracht hat und die mir bei der Verwirklichung meines Traumes des Medizinstudiums sehr geholfen und es erst möglich gemacht haben. Vielen Dank dafür, Reinhard
Mein ganz besonderer und größter Dank gilt Patrizia Fabrizio „for being the ultra-best supervisor ever „ !!!! Während meiner Arbeit hatte ich die beste Betreuung, die man sich vorstellen und wünschen kann. Ich bedanke mich für die großartige Hilfe und Unterstützung, für die Antworten auf all meine Fragen, die zahlreichen Gespräche und Diskussionen, für das Miteinander-Lachen, für die guten und die schlechten Zeiten und alles was sie mir in dieser Zeit gegeben hat. Vielen Dank für die tolle Zeit, du bist großartig!
Bei Thomas Ohrt bedanke ich mich für die tolle Zusammenarbeit, für seine unbeschreibliche Hilfe und Unterstützung und dafür, dass ich so viel von ihm lernen durfte. Vielen Dank für diese tolle, unvergessliche Zeit und dafür dass du nicht nur ein super Postdoc sondern auch ein toller Freund warst bzw. bist!!
147 Ein herzliches Dankeschön geht an die weiteren Mitglieder meines Prüfungsausschusses: Prof. Ralf Ficner, Prof. Jörg Enderlein, Prof. Heike Krebber, Prof. Holger Stark, Prof. Jürgen Wienands
Ein ganz großer Dank geht natürlich an meine Kollegen und Freunde Carsten, Carli, Cornelius, Irina, Nicolas, Norbert, Olex, Peter O., Ramazan und Thomas O. (in alphabetischer Reihenfolge)!!! Ohne sie wäre die Zeit nur halb so schön gewesen.
Danke für die tolle Zeit, die zahlreichen Gespräche und Diskussionen und den riesen Spass, den wir zusammen hatten und dafür, dass ihr immer ein offenes Ohr für mich hattet.
Mira Prior danke ich für ihre ausgezeichnete Arbeit, die tolle und witzige Zeit während unserer gemeinsamen Messzeit (an dieser Stelle auch lieben Dank an Flip
) und dafür, dass sie mich in die Geheimnisse der Biophysik eingeweiht hat .
Thomas Conrad danke ich für den „just in time delivery service“ gesunder, glücklicher Hefe-Zellen in Kilogramm -Mengen und für die netten Gespräche in der Küche, wenn‘s dann doch mal wieder länger gedauert hat .
Elke Penka danke ich für die zahlreichen Klonierungen und für ihre große Hilfsbereitschaft, Wiebke Behrens für die Vorbereitung frischer, aktiver und hochmotivierter Hefe-Extrakte.
Holger Stark und seiner Abteilung sowie Berthold Kastner danke ich für die tolle Zusammenarbeit und für die Durchführung der EM-Untersuchungen
Monika Raabe, Johanna Lehne, Uwe Pleßmann danke ich für die Durchführung der MS-Analysen.
Henning Urlaub, dem Süßigkeiten-Räuber, danke ich für die zahlreichen lustigen Momente und seine Unterstützung.
148 Reinhard Rauhaut danke ich für seine großartige Hilfe in allen Lebenslagen und für die netten Gespräche
Jana Schmitzova und Vlad Pena für die Hilfe mit rekombinanten Proteinen und eine tolle Zusammenarbeit.
Gabi, Uschi, Gertrud, Claudia, Juliane, Irene, Kami und all den anderen helfenden Händen der Abteilung danke ich für ihre Unterstützung.
Danke Klaus, für die vielen interessanten und witzigen Gespräche und Diskussionen
Ein großes Dankeschön auch an all die anderen Mitglieder der Abteilung für eine tolle Atmosphäre und eine gute Zeit.
Daniel danke ich dafür, dass er immer für mich da war, auch in stressigen Zeiten, und immer ein offenes Ohr für mich hatte.
Und als letztes noch ein riesen Dankeschön an meine Mädels!
149 7.5 Erklärung
Hiermit versichere ich, dass die Dissertation mit dem Titel “Biochemical and structural characterization of spliceosomes purified at defined stages of assembly from the yeast S. cerevisiae” von mir selbstständig und ohne unerlaubte Hilfe angefertigt worden ist.
Göttingen, den 05.03.2013 Julia Dannenberg