Expression des Phytasegens phy K aus Klebsiella pneumoniae ASR1

2.1.2.1 Überprüfung der DNA-Sequenz von phyK bezüglich der Codon-Präferenz von Nicotiana tabacum L. und Hordeum vulgare L.

Auch für phyK wurde die DNA-Sequenz bezüglich der Codonpräferenz der Wirtsorganis-men Nicotiana tabacum und Hordeum vulgare analog überprüft. Dazu wurde aus der

„Codon Usage Database“ für Klebsiella pneumoniae ASR1 der Datensatz von Klebsiella pneumoniae verwendet, da diese am engsten mit ASR1 verwandt ist. Aus den Referenzta-bellen wurden für jedes einzelne Codon die prozentualen wij-Werte errechnet. Diese sind in Tabelle 3 vergleichend dargestellt. Aus ihr geht hervor, dass selten von Klebsiella pneumoniae genutzte Codons UUA (27 %), UUG (27 %), CUC (27 %), CUA (13 %) das Stopcodon UAG (27 %), CGA (26 %), AGA (21 %) und AGG (16 %) sind. Damit unter-scheidet sie sich von Nicotiana tabacum, der die Codons UCG (27 %), CCG (25 %), ACG (23 %), GCG (19 %), CGC (24 %) und CGG (24 %) seltener nutzt. Hordeum vulgare hat mit Klebsiella pneumoniae gemeinsam, dass sie kaum die Tripletts UUA (12 %), CUA (26 %), CGA (24 %) und das Stopcodon UAG (23 %) verwendet.

Tabelle 3: Codonnutzungsfrequenz aus der „Codon Usage Database“ und prozentuale relative Anpassungs-fähigkeit wij für die Nutzung synonymer Codons von Klebsiella pneumoniae (K.P.) Nicotiana tabacum (N.T.) und Hordeum vulgare (H.V.). Die selten genutzten Codons sind für den jeweiligen Organismus grau markiert.

AS CODON FRAKTION

AS CODON FRAKTION

Des Weiteren wurden die durchschnittlichen GC-Gehalte der drei Organismen miteinander verglichen. Sie betragen laut der „Codon Usage Database“ für Klebsiella pneumoniae 52,73 %, für Nicotiana tabacum ca. 43 % und für Hordeum vulgare 56,92 %. Bei der Ge-genüberstellung der GC-Gehalte von phyK, Klebsiella pneumoniae, Nicotiana tabacum und Hordeum vulgare zeigt sich, dass diese besonders in der dritten Position voneinander abweichen (Abbildung 15). Die eudikotyle Pflanze Nicotiana tabacum hat mit 38,23 % den

pneumoniae und Hordeum vulgare unterscheiden sich in den Positionen 1 und 2 kaum. Nur an der Position 3 ist der GC-Gehalt von Hordeum vulgare um 14 % höher. Das Phytasegen phyK hat mit 65,7 % einen sehr hohen durchschnittlichen GC-Gehalt. Besonders die erste Position mit 67,85 % und die dritte Position mit 80,51 % sind sehr reich. Die GC-Werte des phyK Gens entsprechen in der Tendenz eher denen von Hordeum vulgare Genen mit hohem Transkriptionslevel mit 60,10 % an Position 1, 42,85 % an Position 2 und 72,01 % an der dritten Position (Wang and Roossinck 2006).

Abbildung 15: Vergleich des durchschnittlichen GC-Gehalts der Positionen 1, 2 und 3 (GC1, GC2, GC3) im Triplett bei phyK aus Klebsiella pneumonieae ASR1 (phyK, grau), Klebsiella pneumoniae (Kp, blau), Nico-tiana tabacum (Nt, braun) und Hordeum vulgare (Hv, grün).

Auch für phyK ohne Signalsequenz wurde die relative Anpassungsfähigkeit der Tripletts mit dem Programm GCUA Version 2.0 (Fuhrmann, Hausherr et al. 2004) gegen den jewei-ligen Wirtsorganismus abgeglichen (Abbildung 16Abbildung 16). Die Codon-Präferenz von phyK unterscheidet sich von der der beiden Wirtsorganismen unterschiedlich stark.

Die Sequenz von phyK enthält 68 für Nicotiana tabacum seltene Codons. Darunter befin-det sich 20mal das Codon GCG, welches mit 19 % den für Nicotiana tabacum niedrigsten wij-Wert besitzt. Es tritt ab der Position 72 auf und ist über den gesamten Rest der Sequenz mit gelegentlichen Dopplungen verteilt. Für Hordeum vulgare befinden sich in der Gense-quenz von phyK nur 12 seltene Tripletts. Darunter 7mal das für die Aminosäure Lysin ko-dierende Triplett AAA, 1mal UUA, 1mal CUA und 2mal das für Valin koko-dierende Triplett

GUA. Das Codon UUA ist das mit dem für Hordeum vulgare niedrigsten wij-Wert von 12 %. Es ist an der Position 234 zu finden.

Abbildung 16: Mit dem Programm GCUA Version 2.0 berechnete relative Anpassungsfähigkeit von Nico-tiana tabacum (Nt) und Hordeum vulgare (Hv) bei der Expression von phyK aus Klebsiella pneumoniae ASR1. Die y-Achse zeigt die relative Anpassungsfähigkeit in [%]. Hierbei ist für jede Aminosäure das Trip-lett mit der größten Nutzungshäufigkeit 100 % gesetzt worden, die weiteren synonymen TripTrip-letts sind in ihrer Häufigkeit prozentual dazu dargestellt. Die x-Achse zeigt die DNA-Sequenz in Tripletts und die jeweilige Aminosäure im 1 Buchstabenkode. Alle Codons deren relative Anpassungshäufigkeit 20 % unterschreitet sind grau und unter 15 % rot dargestellt.

Teilt man die Tripletts entsprechend der Codon-Präferenz von Nicotiana tabacum bzw.

Hordeum vulgare in Gruppen ein zeigt sich, dass der Anteil der wenig verwendeten Codons für phyK in Nicotiana tabacum 17,3 % und für Hordeum vulgare nur 3,1 % beträgt

(Abbildung 17). Die Menge an für Nicotiana tabacum optimalen Codons ist mit 21,0 % eher gering. Das Phytasegen phyK ist mit 60,3 % an optimalen Codons besser an die Codon-Präferenz von Hordeum vulgare angepasst als an Nicotiana tabacum.

Abbildung 17: Prozentuale Verteilung der Tripletts von phyK in Abhängigkeit von der Codon-Präferenz von Nicotiana tabacum (braun) bzw. Hordeum vulgare (grün).

Berechnet man den CAI für phyK in Klebsiella pneumoniae ergibt sich ein Wert von 0,82.

Für phyK in Nicotiana tabacum beträgt der CAI 0,58 und für Hordeum vulgare 0,83. Es wurde daher auf eine Codonoptimierung im Rahmen einer Genneusynthese verzichtet.

2.1.2.2 Expression des Phytasegens phyK in Nicotiana tabacum L. cv. Samsun 2.1.2.2.1 Klonierungsstrategie für die Expression von phyK in Nicotiana tabacum L. cv.

Samsun

Das Phytasegen phyK wurde aus chromosomaler DNA des Stammes Klebsiella pneumoniae ASR1 mit den Primern RS1 und RS2 amplifiziert. Das Fragment wurde mit BamHI verdaut und über den BamHII-Schnittort in den binären Vektor pMA hinter den CaMV35S-Promotor und die Signalsequenz des Proteinaseinhibitors II aus Solanum tuberosum ligiert. Das Konstrukt wurde mit dem Namen pMA-R1 bezeichnet (Abbildung 18). Es wurde sequenziert und in den nicht tumorinduzierenden Agrobacterium tumefaciens Stamm pGV2260 transformiert. Der daraus resultierende Stamm erhielt die

Abbildung 18: Konstrukt pMA-R1 zur Transformation in Nicotiana tabacum mit Hilfe von Agrobacterium tumefaciens EHA105. Das Phytasegen phyK befindet sich unter der Kontrolle des CaMV35S –Promotors, ist mit dem Signalpeptid des Proteinaseinhibitors II (PSP) aus Solanum tuberosum fusioniert und wird durch den ocs-Terminator terminiert.

2.1.2.2.2 Transformation und Expressionskontrolle von phyK 2.1.2.2.2.1 Expressionskontrolle durch transiente Expression von phyK

Aufgrund des hohen GC-Gehaltes des Phytasegens, wurde die Exprimierbarkeit der im Vektor pMA-R1 befindlichen Kassette mit Hilfe der Methode der transienten Expression von intakten Nicotiana tabacum Blättern mit dem Stamm pV2260-pMA-R1 überprüft. Da-raufhin wurden die Phytaseaktivitäten in den mit Agrobacterium tumefaciens pGV2260 infiltrierten Blättern 24 h, 42 h, 72 h und 120 h nach der Infiltration gemessen. Als Kon-trolle wurden Nicotiana tabacum Blätter mit Infiltrationspuffer versetzt. Die Phytaseaktivi-täten mit dem Standardaktivitätstest bei pH 5 bestimmt, stiegen im Verlauf der Expressi-onsdauer erst schnell an und fielen schließlich langsam wieder ab (Abbildung 19). Die Phytaseaktivität erreichte 24 h nach der Transformation 126 mU/ mg und nach 42 h ihren Höhepunkt mit 173 mU/ mg. Sie sank nach 72 h auf 146 mU/ mg und betrug nach 120 h noch 104 mU/ mg. Die Kontrolle zeigte eine leichte Hintergrundaktivität um ca. 24 mU/

mg.

Abbildung 19: Agrobacterium-vermittelte transiente Expression der Expressionskassette von pMA-R1 in Nicotiana tabacum Blättern. Es sind die Phytaseaktivitäten des expremierten phyK-Gens (pMA-R1, blau) und als Kontrolle mit dem Puffer infiltrierte Nicotiana tabacum Blätter (Nt, braun) dargestellt.

Die für den Phytaseaktivitätstest verwendeten Proben der transienten Expression wurden mittels der Westernblot-Technik auf das Vorhandensein der PhyK analysiert. Das Phytaseprotein war in den Proben schon nach 24 h nachweisbar (Abbildung 20). Nach 42 h zeigte die Proteinbande die größte Intensität und damit die höchste Proteinmenge an PhyK.

Nach 72 h und 120 h schwächte sich die obere Proteinbande ab, die untere Bande blieb in ihrer Intensität annähernd konstant. Bei den übrigen Banden könnte es sich um Abbaupro-dukte des Phytaseproteins handeln. Die Kontrollproben des Wildtyps zeigten nur eine Kreuzreaktion mit dem Rubisco-Komplex, der ein Molekulargewicht von ca. 53 kDa im Westernblot aufweist, jedoch keine Phytasebanden.

Abbildung 20: Westernblot-Analyse der transienten Expression des Konstruktes pMA-R1 in Nicotiana taba-cum. Nach der Infiltration von Blättern mit Agrobacterium tumefaciens pGV2260-pMA-R1 sind zu verschie-denen Zeitpunkten Proben entnommen und untersucht worden. Die obere Phytasebande ist mit einem blauen Pfeil und die untere mit einem roten Pfeil markiert. Als Kontrolle sind mit Puffer infiltrierte Blätter des Wild-typs (Nt) verwendet worden.

2.1.2.2.2.2 Stabile Integration von phyK in das Genom von Nicotiana tabacum L. cv Samsun Die Expressionskassette pMA-R1 wurde mit Hilfe von pV2260-pMA-R1 stabil in die chromosomale DNA von Nicotiana tabacum integriert. Aus dem transformierten Blattma-terial wurden ca. 80 Pflanzen regeneriert und mit einer P³²-markierten Sonde mit Hilfe der Southernblot-Technik gescreent. In der Erkennungssequenz für die Phytasesonde liegt ein HpaI-Schnittort, weshalb pro Integrationsort zwei Fragmente entstanden. Das eine Frag-ment hatte eine Größe von 1385 bp, die Größe des anderen FragFrag-ments schwankte je nach Integrationsort. Aus dem Beispiel in Abbildung 21 ist erkennbar, dass alle im Blot gezeig-ten Linien das Fragment von 1385 b aufwiesen. Damit trugen alle diese Linien phyK in mindestens einfacher Kopie in ihrem Genom.

Abbildung 21: Nachweis der Insertion des Phytasegens phyK in das Genom von Nicotiana tabacum mit Hilfe der Southernblotanalyse. Der rote Pfeil kennzeichnet die von der Sonde nachgewiesenen Fragmente.

Als Kontrolle ist mit EcoRI verdaute genomische DNA des Wildtyps (Nt) mitgeführt worden.

Die Linien wurden zusätzlich mit Hilfe der Westernblot-Technik mit einem für PhyK spe-zifischen polyklonalen Antikörper analysiert. Ein Screeningbeispiel wurde in Abbildung 22 dargestellt. Die Phytasebande läuft auf Höhe der 40 kDa-Marke. Außer dem Wildtyp zei-gen alle Linien eine Expression. Die Expressionsstärke zwischen den einzelnen Linien schwankt.

Abbildung 22: Westernblot-Analyse von Blättern der mit pGV2260-pMA-R1 transformierten Nicotiana tabacum Linien. Die roten Pfeile markieren die Phytasebanden. Als Kontrolle ist Gesamtprotein aus dem Blatt von Nicotiana tabacum (Nt) aufgetragen worden.

2.1.2.3 Expression von phyK in Hordeum vulgare L. Golden Promise. cv

2.1.2.3.1 Klonierungsstrategie für die Expression von phyK in Hordeum vulgare L. cv.

Golden Promise

Das Phytasegen phyK mit dem Signalpeptid des Proteinaseinhibitors II aus Solanum tuberosum wurde aus dem Konstrukt pMA-R1 mit den Primern 5´PSP45copBglII und 3´R1SalI amplifiziert. Das PCR-Produkt wurde mit den Restriktionsendonukleasen BglII und SalI verdaut und über die Schnittorte BamHI und SalI in das Plasmid UBIp-ABM hin-ter den Ubiquitinpromotor und vor den nos-Terminator ligiert. Das Konstrukt wurde mit dem Namen UBIp-ABM-R1 bezeichnet. Aus dem Plasmid UBIp-ABM-R1 wurde mit Hil-fe der Restriktionsendonuklease SfiI die gesamte Kassette mit Ubiquitinpromotor, Signal-peptid, phyK und nos-Terminator ausgeschnitten und über den SfiI-Schnittort in den Vektor p6D35S eingefügt. Das Konstrukt wurde mit dem Namen p6D35S-R1 bezeichnet (Abbildung 23). Das Konstrukt wurde sequenziert und in den nicht Tumor-induzierenden Agrobacterium tumefaciens Stamm AGL1 transformiert. Der daraus resultierende Stamm wurde als AGL1-R1 bezeichnet.

Abbildung 23 : Das Konstrukt p6D35S-R1 zur Transformation von Hordeum vulgare mit Hilfe von Agrobacterium tumefaciens AGL1. Das Gen phyK aus Klebsiella pneumoniae ASR1 befindet sich zwischen dem Signalpeptid des Proteinaseinhibitors II (PSP) aus Solanum tuberosum und dem nos-Terminator (NOS-T) unter der Kontrolle des Ubiquitinpromotors (Ubi-int).

2.1.2.3.2 Transformation von p6D35S-R1 und Selektion der transgenen Hordeum vulgare Pflanzen

Die Expressionskassette aus p6D35S-R1 wurde durch Agrobacterium tumefaciens AGL1 auf unreife Embryos von Hordeum vulgare übertragen. Für das Konstrukt mit phyK wur-den ca. 100 vollständige Pflanzen regeneriert. Der Nachweis der Integration der Expressi-onskassette wurde mittels PCR erbracht. Die PCR-positiven Pflanzen wurden durch eine Westernblot-Analyse mit für die Phytase spezifischen Antikörpern getestet. Die Pflanzen, die eine Expression von phyK zeigten, wurden weiter untersucht.