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Die im Rahmen dieser Arbeit gewonnenen Daten belegen, dass SurR die Transkription von pdo hemmt. Dieses Gen kodiert für die Protein-Disulfid-Oxidoreduktase (PDO). PDO besitzt zwei Thioredoxin-Domänen mit zwei redoxaktiven Cystein-Resten. Das Protein kann sowohl Disulfidbrücken reduzieren, als auch Dithiole oxidieren (Pedone et al., 2004;

Ren et al., 1998). Dies lässt vermuten, dass PDO den Redoxzustand von SurR beeinflusst.

Dieser Befund zusammen mit dem Ergebnis, dass SurR die Expression von pdo reguliert, lässt vermuten, dass hier ein Rückkopplungsmechanismus zur Kontrolle von SurR vorliegt (Lipscomb, 2007). Unterstützt wird diese These durch Untersuchungen des bakteriellen

Diskussion

OxyR. Dieses reguliert das Gen für ein Glutarredoxin. Dieses kleine Redoxenzym reduziert wiederum OxyR (Zheng und Storz, 2000).

In dieser Arbeit konnte nachgewiesen werden, dass die in vitro Transkription von nsr unter der Kontrolle von SurR steht. Interessanterweise codiert dieses Gen für die NAD(P)H-Schwefelreduktase. Dieses Enzym reduziert kolloidalen Schwefel unter NAD(P)H und CoA Verbrauch zu Sulfid (Schut et al., 2007). Diese Befunde lassen auf einen Regulationsmechanismus zwischen SurR und NSR schließen. Ist kolloidaler Schwefel vorhanden, bewirkt dieser die Oxidation des CxxC-Motivs von SurR. Damit verliert SurR seine Bindeaktivität und kann nicht mehr an den Promotor des nsr-Gens binden und seine Expression hemmen. Dieses Gen wird daraufhin transkribiert, und NSR bewirkt die Reduktion des Schwefels zu H2S (Lipscomb, 2007).

Abb. 26: Regulationsmechanismus zwischen SurR und nsr

SurR reguliert die Transkription von nsr, während nsr durch die Reduktion von elementarem Schwefel die Bindeaffinität von SurR beeinflusst.

VI Zusammenfassung

Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Untersuchung und Charakterisierung zweier Transkriptionsregulatoren von Pyrococcus furiosus. Dabei handelt es sich um den Hitzeschockregulator Phr und den Regulator des Schwefelstoffwechsels SurR.

Innerhalb dieser Arbeit wurde ein ROMA (run-off transcription-microarray analysis)-System für Pyrococcus furiosus entwickelt. Mit der Kombination aus in vitro Transkription und Microarray-Analyse konnte das Regulon des Transkriptionsregulators Phr bestimmt werden. Dabei konnte Phr genauer charakterisiert und seine Rolle bei der Regulation der Hitzeschockantwort definiert werden.

Um die Regulation aller Gene im Genom zu untersuchen, wurde ein in vitro System entwickelt, mit dem es möglich war, mit SmaI gespaltene chromosomale DNA von Pyrococcus furiosus zu transkribieren. Die genomischen Transkriptionen wurden mit und ohne Phr durchgeführt. Der Vergleich einer basalen und einer regulierten Transkription erfolgte durch Microarray-Analysen, welche in Kooperation mit Dr. Gerrit Schut (University of Georgia, Athens) durchgeführt wurden. Dafür wurde die in vitro synthetisierte RNA mit Fluoreszenzfarbstoffen markiert und mit einem Microarray hybridisiert. Mit diesem ROMA-System für Pyrococcus furiosus konnten sechs neue Gene, welche zum Regulon von Phr gehören, identifiziert werden. Dabei handelt es sich um:

PF0624, PF1042, PF1291, PF1292, PF1488 und PF1616. Ihre Promotorregion wurde in standard in vitro Transkriptionen eingesetzt und so die Regulation durch Phr für jedes Gen einzeln nachgewiesen.

Des Weiteren konnte durch ein Alignment der Promotorregionen dieser Gene das Erkennungsmotiv von Phr genauer definiert werden. Dabei wurde die Sequenz

`5-TTTAnnnACnnnnnGTnAnnAAA-3` identifiziert. Diese wurde in eine in silico Genomanalyse eingesetzt, welche ergab, dass nur die von Phr regulierten Gene das Phr-Bindemotiv im Promotorbereich besitzen.

Fünf der neuen von Phr regulierten Gene sind als hypothetische Proteine annotiert.

Aufgrund von Sequenzanalysen konnte über ihre genaue Funktion nur spekuliert werden.

Die vorliegende Arbeit hat jedoch gezeigt, dass sie eine Rolle bei der Hitzeschockantwort spielen. Das sechste Gen codiert für die myo-Inositol-1-phosphat-Synthase. In der Promotorregion des Gens konnten zwei Bindestellen von Phr durch EMSA-Experimente nachgewiesen werden.

Mit dem in dieser Arbeit etablierten ROMA-System ist eine Methode etabliert worden, mit der es möglich ist, die Regulons weiterer Transkriptionsfaktoren von Pyrococcus furiosus zu definieren.

Der Transkriptionsregulator SurR wurde in Kooperation mit Dr. Gina Lipscomb (University of Georgia, Athens) charakterisiert. Dabei wurde das Protein durch in vitro Transkriptionen und Primer Extension-Experimente untersucht. Es konnte seine Funktion als Transkriptionsregulator und seine Rolle bei der Regulation der Expression von am Schwefelstoffwechsel beteiligten Genen nachgewiesen werden. Außerdem wurde festgestellt, dass es sowohl als Aktivator wie auch als Repressor wirkt. In in vitro Experimenten aktivierte SurR die Transkription der Gene der membrangebundenen Hydrogenase I und der beta-Untereinheit der Hydrogenase I und hemmte die Transkription der Gene der Proteindisulfid-Oxidoreduktase und der NAD(P)H abhängigen

Zusammenfassung

Schwefelreduktase. Außerdem aktivierte SurR die Transkription seines eigenen Gens in vitro.

Es konnte in dieser Arbeit die Evidenz dafür erbracht werden, dass die Bindeaffinität von SurR durch einen Redoxschalter beeinflusst wird. Dabei handelt es sich um zwei Cysteine im N-terminalen wHTH-Motiv von SurR, deren SH-Gruppen eine Disulfidbindung ausbilden. Der Redoxzustand dieses CxxC-Motivs beeinflusst die Konformation der DNA-Bindedomäne. Dies bestätigten Untersuchungen der Kristallstruktur von SurR und einer SurR-Mutante, die von Dr. Gina Lipscomb durchgeführt wurden. Bei der Mutante wurden die Cysteine des CxxC-Motivs durch Alanine ausgetauscht. Somit konnte sie ihre Konformation nicht mehr ändern, sondern lag immer im „reduzierten“ Zustand vor. Durch Untersuchungen im zellfreien System konnte in dieser Arbeit bestätigt werden, dass nur reduziertes SurR die Transkription beeinflusst. Dabei wurde kolloidaler Schwefel in Form von Polysulfidlösung als Oxidationsmittel in die in vitro Transkriptionen eingesetzt.

Dadurch wurde SurR in die oxidierte Form überführt, und wie erwartet konnte oxidiertes SurR die Transkription nicht mehr regulieren.

VII Summary

The present work describes the characterisation of two transcription regulators of Pyrococcus furiosus. These are the heat shock regulator Phr and a regulator of the sulfur metabolism SurR.

A ROMA (run–off transcription–microarray analysis)-system was established for Pyrococcus furiosus. The combination of whole genome in vitro transcription and microarray-analysis provides the possibility to identify the regulons of different transcription regulators. For this project Phr was chosen as a model protein. The regulator was further characterised to determine its role in the heat shock response.

To examine all genes simultaneously an in vitro transcription system was established using chromosomal DNA from Pyrococcus furiosus as template. The whole genome transcription was carried out in the presence and absence of Phr. For the identification of target genes the two types of in vitro RNA-pools had to be analysed. Using microarrays the basal and regulated transcription were compared. This was done in cooperation with Dr.

Gerrit Schut (University of Georgia, Athens). For the microarray-analysis the in vitro transcribed RNA was labelled with fluorescent dyes and hybridized with a microarray.

Using this ROMA-System for Pyrococcus furiosus six novel genes regulated by Phr were identified. These were: PF0624, PF1042, PF1291, PF1292, PF1488 and PF1616. Their promoter region was analysed in standard in vitro transcription experiments and the regulatory effect of Phr was proven for each gene in an independent assay.

The alignment of the novel genes defined a new Phr-binding site:

`5-TTTAnnnACnnnnnGTnAnnAAA-3`. This binding site was used in an in silco genome analysis. This experiment showed that only the identified genes have a Phr-binding site downstream of the TATA-box overlapping the transcription start-site.

Five of the novel genes regulated by Phr are annotated as hypothetical proteins. This work showed that they are part of the heatshock response. The sixth gene encodes for the myo-inosithol-phosphat-synthase (MIPS). EMSA-experiments detected two binding sites of Phr in the promoter region of the mips gene.

The ROMA-System provides the possibility for the identification of the regulons of further transcription regulators of Pyrococcus furiosus.

SurR was examined by in vitro transcription and primer extension-analysis. This work provides evidence that this protein is a transcription regulator and is involved in the regulation of genes of the sulfur metabolism. SurR regulates the transcription as an activator and as a repressor. In vitro experiments showed that the protein activates the transcription of the genes encoding the membrane-bound hydrogenase and the sulfhydrogenase beta subunit and represses the transcription of the genes encoding the protein disulfide oxidoreductase and the NAD(P)H-dependant sulfur reductase. SurR also activated the transcription of its own gene in vitro.

Furthermore this work substantiated that the binding activity of SurR is affected by a redoxswitch. This involves two cysteines of the N-terminal wHTH-Motiv of SurR, which SH-groups form a disulfidbond. The redox-potential of this CxxC-motif affects the conformation of the DNA-binding site. SurR and a SurR-Mutant were analysed by in vitro transcription assays. In the SurR-mutant the cysteines of the CxxC-Motiv were exchanged by alanines, so that this protein was fixed in the “redox conformation”. In vitro transcription experiments showed that only reduced SurR acts as regulator. Therefore

Summary

reaction. The transcription regulator SurR was characterized in cooperation with Dr. Gina Lipscomb (University of Georgia, Athens).

VIII Literaturverzeichnis

Abella, M., Rodriguez, S., Paytubi, S., Campoy, S., White, M. F., and Barbe, J. (2007).

The Sulfolobus solfataricus radA paralogue sso0777 is DNA damage inducible and positively regulated by the Sta1 protein. Nucleic Acids Res 35, 6788-97.

Adams, M. W., Holden, J. F., Menon, A. L., Schut, G. J., Grunden, A. M., Hou, C., Hutchins, A. M., Jenney, F. E., Jr., Kim, C., Ma, K., Pan, G., Roy, R., Sapra, R., Story, S. V., and Verhagen, M. F. (2001). Key role for sulfur in peptide metabolism and in regulation of three hydrogenases in the hyperthermophilic archaeon

Pyrococcus furiosus. J Bacteriol 183, 716-24.

Altschul, S. F., Madden, T. L., Schaffer, A. A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W., and Lipman, D. J. (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25, 3389-402.

Bailey, T. L., and Elkan, C. (1994). Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol 2, 28-36.

Baliga, N. S., and DasSarma, S. (1999). Saturation mutagenesis of the TATA box and upstream activator sequence in the haloarchaeal bop gene promoter. J Bacteriol 181, 2513-8.

Baliga, N. S., Kennedy, S. P., Ng, W. V., Hood, L., and DasSarma, S. (2001). Genomic and genetic dissection of an archaeal regulon. Proc Natl Acad Sci U S A 98, 2521-5.

Bartlett, M. S. (2005). Determinants of transcription initiation by archaeal RNA polymerase. Curr Opin Microbiol 8, 677-84.

Bauer, M., Marschaus, L., Reuff, M., Besche, V., Sartorius-Neef, S., and Pfeifer, F. (2008).

Overlapping activator sequences determined for two oppositely oriented promoters in halophilic Archaea. Nucleic Acids Res 36, 598-606.

Belkin, S., Wirsen, C. O., and Jannasch, H. W. (1985). Biological and Abiological Sulfur Reduction at High Temperatures. Appl Environ Microbiol 49, 1057-1061.

Bell, S. D. (2005). Archaeal transcriptional regulation--variation on a bacterial theme?

Trends Microbiol 13, 262-5.

Bell, S. D., Cairns, S. S., Robson, R. L., and Jackson, S. P. (1999). Transcriptional regulation of an archaeal operon in vivo and in vitro. Mol Cell 4, 971-82.

Bell, S. D., and Jackson, S. P. (1998). Transcription in Archaea. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 63, 41-51.

Bell, S. D., and Jackson, S. P. (2000a). Mechanism of autoregulation by an archaeal transcriptional repressor. J Biol Chem 275, 31624-9.

Literaturverzeichnis

Bell, S. D., and Jackson, S. P. (2000b). The role of transcription factor B in transcription initiation and promoter clearance in the archaeon Sulfolobus acidocaldarius. J Biol Chem 275, 12934-40.

Bell, S. D., and Jackson, S. P. (2001). Mechanism and regulation of transcription in archaea. Curr Opin Microbiol 4, 208-13.

Bell, S. D., Magill, C. P., and Jackson, S. P. (2001). Basal and regulated transcription in Archaea. Biochem Soc Trans 29, 392-5.

Bikandi, J., San Millan, R., Rementeria, A., and Garaizar, J. (2004). In silico analysis of complete bacterial genomes: PCR, AFLP-PCR and endonuclease restriction.

Bioinformatics 20, 798-9.

Borges, N., Goncalves, L. G., Rodrigues, M. V., Siopa, F., Ventura, R., Maycock, C., Lamosa, P., and Santos, H. (2006). Biosynthetic pathways of inositol and glycerol phosphodiesters used by the hyperthermophile Archaeoglobus fulgidus in stress adaptation. J Bacteriol 188, 8128-35.

Bradford, M. M. (1976). A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal Biochem 72, 248-54.

Brinkman, A. B., Bell, S. D., Lebbink, R. J., de Vos, W. M., and van der Oost, J. (2002).

The Sulfolobus solfataricus Lrp-like protein LysM regulates lysine biosynthesis in response to lysine availability. J Biol Chem 277, 29537-49.

Brinkman, A. B., Dahlke, I., Tuininga, J. E., Lammers, T., Dumay, V., de Heus, E., Lebbink, J. H., Thomm, M., de Vos, W. M., and van Der Oost, J. (2000). An Lrp-like transcriptional regulator from the archaeon Pyrococcus furiosus is negatively autoregulated. J Biol Chem 275, 38160-9.

Campbell, E. A., Westblade, L. F., and Darst, S. A. (2008). Regulation of bacterial RNA polymerase sigma factor activity: a structural perspective. Curr Opin Microbiol 11, 121-7.

Cao, M., and Helmann, J. D. (2004). The Bacillus subtilis extracytoplasmic-function sigmaX factor regulates modification of the cell envelope and resistance to cationic antimicrobial peptides. J Bacteriol 186, 1136-46.

Cao, M., Kobel, P. A., Morshedi, M. M., Wu, M. F., Paddon, C., and Helmann, J. D.

(2002). Defining the Bacillus subtilis sigma(W) regulon: a comparative analysis of promoter consensus search, run-off transcription/macroarray analysis (ROMA), and transcriptional profiling approaches. J Mol Biol 316, 443-57.

Cao, M., Salzberg, L., Tsai, C. S., Mascher, T., Bonilla, C., Wang, T., Ye, R. W., Marquez-Magana, L., and Helmann, J. D. (2003). Regulation of the Bacillus subtilis extracytoplasmic function protein sigma(Y) and its target promoters. J Bacteriol 185, 4883-90.

Dahlke, I., and Thomm, M. (2002). A Pyrococcus homolog of the leucine-responsive regulatory protein, LrpA, inhibits transcription by abrogating RNA polymerase recruitment. Nucleic Acids Res 30, 701-10.

Enoru-Eta, J., Gigot, D., Glansdorff, N., and Charlier, D. (2002). High resolution contact probing of the Lrp-like DNA-binding protein Ss-Lrp from the

hyperthermoacidophilic crenarchaeote Sulfolobus solfataricus P2. Mol Microbiol 45, 1541-55.

Fiala, G. and Stetter, K.O. (1986). Pyrococcus furiosus sp. nov represents a novel genus of marine heterotrophic archaebacteria growing optimally at 100°C. Arch. Microbiol.

145, 56-61

Geiduschek, E. P., and Ouhammouch, M. (2005). Archaeal transcription and its regulators.

Mol Microbiol 56, 1397-407.

Goncalves, L. G., Lamosa, P., Huber, R., and Santos, H. (2008). Di-myo-inositol phosphate and novel UDP-sugars accumulate in the extreme hyperthermophile Pyrolobus fumarii. Extremophiles 12, 383-9.

Hausner, W., and Thomm, M. (2001). Events during initiation of archaeal transcription:

open complex formation and DNA-protein interactions. J Bacteriol 183, 3025-31.

Hethke, C., Geerling, A. C., Hausner, W., de Vos, W. M., and Thomm, M. (1996). A cell-free transcription system for the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus.

Nucleic Acids Res 24, 2369-76.

Hofacker, A., Schmitz, K. M., Cichonczyk, A., Sartorius-Neef, S., and Pfeifer, F. (2004).

GvpE- and GvpD-mediated transcription regulation of the p-gvp genes encoding gas vesicles in Halobacterium salinarum. Microbiology 150, 1829-38.

Kamyshny, A., Jr., Gun, J., Rizkov, D., Voitsekovski, T., and Lev, O. (2007). Equilibrium distribution of polysulfide ions in aqueous solutions at different temperatures by rapid single phase derivatization. Environ Sci Technol 41, 2395-400.

Kanai, T., Akerboom, J., Takedomi, S., van de Werken, H. J., Blombach, F., van der Oost, J., Murakami, T., Atomi, H., and Imanaka, T. (2007). A global transcriptional regulator in Thermococcus kodakaraensis controls the expression levels of both glycolytic and gluconeogenic enzyme-encoding genes. J Biol Chem 282, 33659-70.

Kessler, A., Sezonov, G., Guijarro, J. I., Desnoues, N., Rose, T., Delepierre, M., Bell, S.

D., and Prangishvili, D. (2006). A novel archaeal regulatory protein, Sta1, activates transcription from viral promoters. Nucleic Acids Res 34, 4837-45.

Kleinjan, W. E., de Keizer, A., and Janssen, A. J. (2005). Kinetics of the chemical oxidation of polysulfide anions in aqueous solution. Water Res 39, 4093-100.

Kruger, K., Hermann, T., Armbruster, V., and Pfeifer, F. (1998). The transcriptional activator GvpE for the halobacterial gas vesicle genes resembles a basic region leucine-zipper regulatory protein. J Mol Biol 279, 761-71.

Literaturverzeichnis

Laksanalamai, P., and Robb, F. T. (2004). Small heat shock proteins from extremophiles: a review. Extremophiles 8, 1-11.

Laksanalamai, P., Whitehead, T. A., and Robb, F. T. (2004). Minimal protein-folding systems in hyperthermophilic archaea. Nat Rev Microbiol 2, 315-24.

Lee, S. J., Moulakakis, C., Koning, S. M., Hausner, W., Thomm, M., and Boos, W. (2005).

TrmB, a sugar sensing regulator of ABC transporter genes in Pyrococcus furiosus exhibits dual promoter specificity and is controlled by different inducers. Mol Microbiol 57, 1797-807.

Lee, S. J., Surma, M., Hausner, W., Thomm, M., and Boos, W. (2008). The role of TrmB and TrmB-like transcriptional regulators for sugar transport and metabolism in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus. Arch Microbiol 190, 247-56.

Lee, S. J., Surma, M., Seitz, S., Hausner, W., Thomm, M., and Boos, W. (2007a).

Characterization of the TrmB-like protein, PF0124, a TGM-recognizing global transcriptional regulator of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus.

Mol Microbiol 65, 305-18.

Lee, S. J., Surma, M., Seitz, S., Hausner, W., Thomm, M., and Boos, W. (2007b).

Differential signal transduction via TrmB, a sugar sensing transcriptional repressor of Pyrococcus furiosus. Mol Microbiol 64, 1499-505.

Lie, T. J., and Leigh, J. A. (2003). A novel repressor of nif and glnA expression in the methanogenic archaeon Methanococcus maripaludis. Mol Microbiol 47, 235-46.

Lie, T. J., Wood, G. E., and Leigh, J. A. (2005). Regulation of nif expression in Methanococcus maripaludis: roles of the euryarchaeal repressor NrpR, 2-oxoglutarate, and two operators. J Biol Chem 280, 5236-41.

Lipscomb, G. L. (2007). A novel redox-sensitive transcriptional regulator involved in Pyrococcus furiosus sulfur response, Dissertation, University of Georgia

Lipscomb, G. L., Keese, A. M., Cowart, D. M., Schut, G. J., Thomm, M., Adams, M. W., and Scott, R. A. (2009). SurR: a transcriptional activator and repressor controlling hydrogen and elemental sulphur metabolism in Pyrococcus furiosus. Mol Microbiol 71, 332-49.

Liu, W., Vierke, G., Wenke, A. K., Thomm, M., and Ladenstein, R. (2007). Crystal structure of the archaeal heat shock regulator from Pyrococcus furiosus: a molecular chimera representing eukaryal and bacterial features. J Mol Biol 369, 474-88.

Lopez-Garcia, P., Knapp, S., Ladenstein, R., and Forterre, P. (1998). In vitro DNA binding of the archaeal protein Sso7d induces negative supercoiling at temperatures typical for thermophilic growth. Nucleic Acids Res 26, 2322-8.

Maclellan, S. R., Eiamphungporn, W., and Helmann, J. D. (2009). ROMA: an in vitro approach to defining target genes for transcription regulators. Methods 47, 73-7.

Martins, L. O., Huber, R., Huber, H., Stetter, K. O., Da Costa, M. S., and Santos, H.

(1997). Organic Solutes in Hyperthermophilic Archaea. Appl Environ Microbiol 63, 896-902.

Martins, L. O., and Santos, H. (1995). Accumulation of Mannosylglycerate and Di-myo-Inositol-Phosphate by Pyrococcus furiosus in Response to Salinity and

Temperature. Appl Environ Microbiol 61, 3299-3303.

Napoli, A., van der Oost, J., Sensen, C. W., Charlebois, R. L., Rossi, M., and Ciaramella, M. (1999). An Lrp-like protein of the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus which binds to its own promoter. J Bacteriol 181, 1474-80.

Ouhammouch, M., Dewhurst, R. E., Hausner, W., Thomm, M., and Geiduschek, E. P.

(2003). Activation of archaeal transcription by recruitment of the TATA-binding protein. Proc Natl Acad Sci U S A 100, 5097-102.

Ouhammouch, M., Langham, G. E., Hausner, W., Simpson, A. J., El-Sayed, N. M., and Geiduschek, E. P. (2005). Promoter architecture and response to a positive regulator of archaeal transcription. Mol Microbiol 56, 625-37.

Pedone, E., Ren, B., Ladenstein, R., Rossi, M., and Bartolucci, S. (2004). Functional properties of the protein disulfide oxidoreductase from the archaeon Pyrococcus furiosus: a member of a novel protein family related to protein disulfide-isomerase.

Eur J Biochem 271, 3437-48.

Peeters, E., Thia-Toong, T. L., Gigot, D., Maes, D., and Charlier, D. (2004). Ss-LrpB, a novel Lrp-like regulator of Sulfolobus solfataricus P2, binds cooperatively to three conserved targets in its own control region. Mol Microbiol 54, 321-36.

Poole, F. L., 2nd, Gerwe, B. A., Hopkins, R. C., Schut, G. J., Weinberg, M. V., Jenney, F.

E., Jr., and Adams, M. W. (2005). Defining genes in the genome of the

hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus: implications for all microbial genomes. J Bacteriol 187, 7325-32.

Reeve, J. N., Bailey, K. A., Li, W. T., Marc, F., Sandman, K., and Soares, D. J. (2004).

Archaeal histones: structures, stability and DNA binding. Biochem Soc Trans 32, 227-30.

Ren, B., Tibbelin, G., de Pascale, D., Rossi, M., Bartolucci, S., and Ladenstein, R. (1998).

A protein disulfide oxidoreductase from the archaeon Pyrococcus furiosus contains two thioredoxin fold units. Nat Struct Biol 5, 602-11.

Rodrigues, M. V., Borges, N., Henriques, M., Lamosa, P., Ventura, R., Fernandes, C., Empadinhas, N., Maycock, C., da Costa, M. S., and Santos, H. (2007). Bifunctional CTP:inositol-1-phosphate cytidylyltransferase/CDP-inositol:inositol-1-phosphate transferase, the key enzyme for di-myo-inositol-phosphate synthesis in several (hyper)thermophiles. J Bacteriol 189, 5405-12.

Rohlin, L., Trent, J. D., Salmon, K., Kim, U., Gunsalus, R. P., and Liao, J. C. (2005). Heat shock response of Archaeoglobus fulgidus. J Bacteriol 187, 6046-57.

Literaturverzeichnis

Scheuch, S., and Pfeifer, F. (2007). GvpD-induced breakdown of the transcriptional activator GvpE of halophilic archaea requires a functional p-loop and an arginine-rich region of GvpD. Microbiology 153, 947-58.

Scholz, S., Sonnenbichler, J., Schafer, W., and Hensel, R. (1992). Di-myo-inositol-1,1'-phosphate: a new inositol phosphate isolated from Pyrococcus woesei. FEBS Lett 306, 239-42.

Schut, G. J., Brehm, S. D., Datta, S., and Adams, M. W. (2003). Whole-genome DNA micoarray analysis of a hyperthermophile and an archaeon: Pyrococcus furiosus grown on carbohydrates or peptides. J Bacteriol 185, 3935-47.

Schut, G. J., Bridger, S. L., and Adams, M. W. (2007). Insights into the metabolism of elemental sulfur by the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus:

characterization of a coenzyme A- dependent NAD(P)H sulfur oxidoreductase. J Bacteriol 189, 4431-41.

Shockley, K. R., Ward, D. E., Chhabra, S. R., Conners, S. B., Montero, C. I., and Kelly, R.

M. (2003). Heat shock response by the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus. Appl Environ Microbiol 69, 2365-71.

Soding, J., Remmert, M., Biegert, A., and Lupas, A. N. (2006). HHsenser: exhaustive transitive profile search using HMM-HMM comparison. Nucleic Acids Res 34, W374-8.

Thomm, M. (1996). Archaeal transcription factors and their role in transcription initiation.

FEMS Microbiol Rev 18, 159-71.

Thomm, M., Reich, C., Grunberg, S., and Naji, S. (2009). Mutational studies of archaeal RNA polymerase and analysis of hybrid RNA polymerases. Biochem Soc Trans 37, 18-22.

Vierke, G., Engelmann, A., Hebbeln, C., and Thomm, M. (2003). A novel archaeal transcriptional regulator of heat shock response. J Biol Chem 278, 18-26.

Vierke, G. (2006). Die Hitzeschockantwort oberhalb des Siedepunktes von Wasser:

Funktion und Struktur des neuartigen Transkriptionsregulators Phr aus Pyrococcus furiosus, Doktorarbeit, Lehrstuhl für Mikrobiologie, Universität Regensburg Woese, C. R., Kandler, O., and Wheelis, M. L. (1990). Towards a natural system of

organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc Natl Acad Sci U S A 87, 4576-9.

Xie, Y., and Reeve, J. N. (2005). Regulation of tryptophan operon expression in the archaeon Methanothermobacter thermautotrophicus. J Bacteriol 187, 6419-29.

Zheng, D., Constantinidou, C., Hobman, J. L., and Minchin, S. D. (2004). Identification of the CRP regulon using in vitro and in vivo transcriptional profiling. Nucleic Acids Res 32, 5874-93.

Zheng, M., and Storz, G. (2000). Redox sensing by prokaryotic transcription factors.

Biochem Pharmacol 59, 1-6.

Zimmermann, P., and Pfeifer, F. (2003). Regulation of the expression of gas vesicle genes in Haloferax mediterranei: interaction of the two regulatory proteins GvpD and

Zimmermann, P., and Pfeifer, F. (2003). Regulation of the expression of gas vesicle genes in Haloferax mediterranei: interaction of the two regulatory proteins GvpD and