Declaration of plagiarism

I, Inka Marie Willms, hereby confirm that I wrote the here presented doctoral thesis “Assessment of antibiotic resistance in soil and its link to different land use types and intensities” independently, without using any means others than those mentioned in the respective chapters. I did neither seek unauthorized assistance nor did I submit this thesis in any form for another degree at any institution or university. All contributions by other authors to the here included publications are listed before the corresponding manuscripts.

Inka Marie Willms

141 Zu aller Erst möchte ich Dr. Heiko Nacke für die Möglichkeit danken in diesem interessanten Projekt promovieren zu können und dafür, dass er mir ständig mit gutem Rat zur Seite stand. Vielen Dank für die zahlreichen Korrekturen, die ständige Bereitschaft zum wissenschaftlichen Austausch und die Unterstützung und das Verständnis bei Problemen aller Art! Ich bin mir sehr bewusst, dass ich großes Glück hatte einen so großartigen Betreuer gehabt zu haben, der mir genug Freiheit gegeben hat meine eigenen Ideen in die Tat umzusetzen und mir genug Halt gegeben hat um mich nicht in der großen weiten Wissenschaft zu verlieren.

Weiterer Dank geht an PD. Dr. Michael Hoppert für die Bereitschaft Co-referent dieser Arbeit zu sein und für sein Interesse an den Ergebnissen. Außerdem möchte ich Prof. Rolf Daniel für die fachliche und verwaltungsbezogene Unterstützung danken, die er diesem Projekt entgegengebracht hat. Natürlich danke ich ebenfalls der restlichen Prüfungskommission für die Durchsicht und Beurteilung meiner Arbeit.

Ohne meine Studenten Anina, Isabell, Jingyue, Melissa, Lisa und Simon, hätte ich die Laborarbeit nicht bewältigen können, die nötig war um die hier analysierten Daten zu erheben. Vielen Dank für eure Arbeit!

Ich danke der kompletten Abteilung der Genomischen und Angewandten Mikrobiologie, für die gute Arbeitsatmosphäre, was die drei Jahre meiner Doktorarbeit zu einem großen Vergnügen gemacht hat! Diesbezüglich möchte ich besonders Dr. Dominik Schneider hervorheben, der diese Arbeit, genauso wie ein weiteres Manuskript korrigiert hat und für bioinformatische Probleme immer ein hervorragender Ansprechpartner war! Lieber Dank geht außerdem an Dr. Birgit Pfeiffer für die emotionale und wissenschaftliche Unterstützung in Form von vielen Gesprächen, die mir durch so manches Doktorarbeitstief geholfen haben! Dr. Anja Poehlein möchte ich für ihre bioinformatische Unterstützung danken und dafür, eine aufmunternde Seele im Büro vorzufinden, die einen das Arbeiten an vielen Tagen um manches erleichtert hat. Ein weiterer, großer Dank geht an Dr. Robert Hertel, ohne den ich gar nicht erst an dieser Stelle stehen würde.

142 Doktorhüten, die wir zusammen gebastelt haben. Wenigstens haben wir uns nicht nehmen lassen, die Doktorarbeiten angemessen zu zelebrieren, bei denen es möglich war!

Diese Arbeit wäre ebenfalls nie zustande gekommen, wenn ich nicht eine so tolle Familie hätte, die trotz gelegentlicher kleiner und großer Uneinigkeiten immer zusammenhält und sich unterstützt.

Besonders möchte ich meiner Mama und Achim, meinen Geschwistern, Antje, Lisa und Anton, mit Florian und Christof, meinem Vater und Andrea, Oma & Opa und Elke & Claus dafür danken ein Teil von mir und dementsprechend dieser Arbeit zu sein.

Zuletzt möchte ich mich von ganzem Herzen bei Oleg bedanken, dass er mich gelehrt hat, dass das Leben keinen Plänen folgt und man sich wegen Angst und Zweifel nicht für Geringeres entscheiden sollte. Außerdem danke ich ihm für den festen Halt, den er mir fortwährend gibt, egal wie rau die See ist.

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7.3. Curriculum Vitae of Inka Marie Willms

EDUCATION

May 2017- Doctorate student at the Georg-August-University (Göttingen) presumably May 2020 Department of Genomic and Applied Microbiology

First supervisor: Dr. Heiko Nacke

Oct. 2014 - Masters degree at the Georg-August-University (Göttingen) Jan. 2017 Master of Science in “Microbiology and Biochemistry“

• Module Highlights: General and Applied Microbiology, Structural Biochemistry, Biochemistry and Biophysics

• Degree: Master of Science – Final Grade 1.3

• Thesis: “Physiologic and genomic analysis of Bacillus phages vB- BsuM_Goe2 and vB-BsuM_Goe3“ – Grade 1.0

Oct. 2011 - Bachelors degree at the Carl von Ossietzky University

Oct. 2014 (Oldenburg)

Bachelor of Science in “Environmental Sciences” – Final Grade 1.9

• Module Highlights: General Microbiology, Environmental Microbiology, Genetics, Bio- and Geochemistry

• Thesis: “Generierung dreidimensionaler Darstellungen am Rasterelektronenmikroskop mit Hilfe von Z-Stapeln" – Grade 1.5

ADDITIONAL WORK EXPERIENCE

June 2017- Project design for two bachelor and one master thesis projects as Jan. 2020 well as supervision of four bachelor and two master students

in the context of the dissertation

Sept. 2016 Internship – Identification of Campylobacter jejuni phage

Dec. 2016 receptor binding proteins

University of Copenhagen; Department of Veterinary and Disease Biology

May 2016 - Student Research Assistant

July 2016 Georg-August-University; Department of General Microbiology

• Support in teaching and correction of student protocols throughout the bachelor course “General Microbiology”

144 PUBLICATIONS & CONFERENCE PARTICIPATIONS

Feb. 2020 Submission of first author paper “Globally abundant

Candidatus Udaeobacter benefits from release of antibiotics in soil and potentially performs trace gas scavenging” to mSphere.

Jan. 2020 Willms, Yuan, Penone, Goldmann, Vogt, Wubet, Schöning, Schrumpf, Buscot, Nacke. 2020. Distribution of Medically Relevant Antibiotic Resistance Genes and Mobile Genetic Elements in Soils of Temperate Forests and Grasslands Varying in Land Use. Genes 11:150.

March 2019 Willms IM, Kamran A, Aßmann NF, Krone D, Bolz SH, Fiedler F, Nacke H. 2019. Discovery of Novel Antibiotic Resistance Determinants in Forest and Grassland Soil Metagenomes. Front Microbiol 10:460.

Feb. 2019 Biodiversity Exploratories Assembly (Wernigerode, Germany) Oral presentation: “Antibiotic resistance and its link to land use”

Presentation of poster: “Antibiotic resistance and its link to land use”.

Aug. 2018 ISME17 (Leipzig, Germany)

Presentation of poster: “Exploring a cradle of multi-resistant bacteria- antibiotic resistance in soil and its link to different land use types and intensities”.

May 2017 Willms IM, Hoppert M, Hertel R. 2017. Characterization of Bacillus subtilis viruses vB_BsuM-Goe2 and vB_BsuM-Goe3. Viruses 9:146.

Feb. 2018 Biodiversity Exploratories Assembly (Wernigerode, Germany) Oral presentation: “Antibiotic resistance and its link to land use”

Presentation of poster: “Antibiotic resistance and its link to land use”.

Sep. 2016 Willms IM, Hertel R. 2016. Phage vB_BsuP-Goe1: The smallest identified lytic phage of Bacillus subtilis. FEMS Microbiol Lett 363:

fnw208.

March 2016 VAAM-Conference (Jena, Germany)

Presentation of poster: “Bacillus subtilis phages: new isolates and insights”