II Material und Methoden
II.5 Antikörper
Die folgenden Antikörper wurden zur Immunpräzipitation oder als primäre Antikörper im Immunoblot verwendet.
Antikörper Beschreibung Referenz α-Tubulin Maus, monoklonal, Aszites Sigma, Taufkirchen
Akt 1/2 Kaninchen, polyklonal, gegen AS 345-480 des humanen Akt
Santa Cruz, USA
P-Akt/PKB Kaninchen, polyklonal, gegen
Phospho-Serin 473 des murinen Akt Cell Signaling, USA 1171/1172 Kaninchen, polyklonal, immunisiert mit
gereinigtem FGFR4ex-GST Protein diese Arbeit 4FA6D3C10 Maus, monoklonal, gerichtet gegen die
extrazelluläre Domäne des FGFR4
H. J. Bühring (1999), diese AG
NCAM Maus, monoklonal, 123C3 Santa Cruz, USA HER2-CT Kaninchen, polyklonal, gegen C-terminales
Peptid des humanen HER2
Lee et al., 1989
HER2 Maus, monoklonal, 2C4 Genentech, USA
VSV Maus, monoklonal, gegen 11AS des
Glykoproteins des Virus für vesikuläre Stomatitis (VSV-G), Klon p5d4
Boehringer, Mannheim
t-PA Ziege, polyklonal, C16 Santa Cruz, USA
Annexin II Ziege, polyklonal, C16 Santa Cruz, USA NCDH Kaninchen, polyklonal, H63 Santa Cruz, USA P-ERK Kaninchen, polyklonal, gegen
Phospho-Erk1/2 (Thr-202/Tyr-204) MAPK
Cell signaling, USA ERK2 Kaninchen, polyklonal, K-23 gegen Peptid
aus der Subdomäne XI des Ratten Erk2
Santa Cruz, USA
PRL polyklonal, C17 Santa Cruz, USA
PAI-1 polyklonal, C20 Santa Cruz, USA
PY (4G10) Maus, monoklonal, gegen Phospho-Tyr UBI, USA
S6Kinase Kaninchen, polyklonal Cell signaling, USA P-S6Kinase Kaninchen, polyklonal, gegen Phospho-Thr
412
Cell signaling, USA
uPAR polyklonal, FL290 Santa Cruz, USA
BclXL Maus, monoklonal BD Bioscience,
Heidelberg
Aktin Kaninchen, polyklonal Sigma, Taufkirchen
Die verwendeten, sekundären Antikörper für die Immundetektion der Proteine waren mit Meerrettichperoxidase (HRP) konjugiert.
Antikörper Verdünnung Bezugsquelle
Ziege gegen Maus 1:20000 BioRad, München
Ziege gegen Kaninchen 1:50000 BioRad, München
Esel gegen Ziege 1:25000 Jackson Immuno Research
Laboratories Inc., USA II.6 Plasmide und Oligonukleotide
II.6.1 Ausgangsvektoren
Vektor Beschreibung Referenz pcDNA3 Eukaryotischer Expressionsvektor, Ampr,
Neor, CMV-Promotor, BGH poly A, f1(+)
Invitrogen, USA
ori
pBlueScript KS+ ColE1 ori, Ampr, LacZ, f1(+) IG, SK (MKS) Stratagene, USA pSUPER-Retro siRNA generierender Vektor, H1 RNA
Promotor, pBABE Backbone
OligoEngine, USA pLXSN Retroviraler Expressionsvektor, Ampr, Neor,
ori vom pBR322, 5´-LTR und 3´-LTR vom MoMuLV, SV40 Promotor
Clontech, USA pcDNA3JVSV Modifizierter pcDNA3-Vektor zur
Protein-expression, VSV-Epitop
J. Bange, diese AG pZome1C pBABE-puro basierend, enthält TAP-Tag für
TAP-tagging von Proteinen am C-Terminus Euroscarf, Frankfurt*
pZome1N pBABE-puro basierend, enthält TAP-Tag für
TAP-tagging von Proteinen am N-Terminus Euroscarf, Frankfurt pEGFP1 Eukaryotischer Expressionsvektor, Ampr,
Neor, Kanr
BD Biosciences Clontech, Heidelberg
*http://web.uni-frankfurt.de/fb15/mikro/euroscarf/
II.6.2 Im Rahmen dieser Arbeit verwendete Plasmide
Vektor Beschreibung Referenz
pcDNA3-FGFR4(G388)VSV cDNA von FGFR4(G388) mit
VSV-Epitop am C-Terminus J. Bange, diese AG pcDNA3-FGFR4(R388)VSV cDNA von FGFR4(R388) mit
VSV-Epitop am C-Terminus
J. Bange, diese AG pcDNA3-FGFR4(K503M)VSV cDNA von FGFR4(K503M) mit
VSV-Epitop am C-Terminus
C. Stadler, diese AG pcDNA3-FGFR4int VSV intrazelluläre Domäne des FGFR4 mit
VSV-Epitop am C-Terminus HindIII und NaeI in den pcDNA3-VSV Leervektor) HindIII und NaeI in den pcDNA3-VSV Leervektor)
diese Arbeit
pLXSN-FGFR4sol Extrazelluläre Domäne des FGFR4 von AS 1-369 in pLXSN (PCR kloniert über EcoRI- und XhoI-Überhänge aus Oligos HJB55/56)
diese Arbeit
pLXSN-FGFR4exTM(G388) Extrazellulär- und Transmembran-Domäne des FGFR4(G388) von AS 1-396 in pLXSN (PCR kloniert über EcoRI- und XhoI-Überhänge aus Oligos HJB55/57)
diese Arbeit
pLXSN-FGFR4exTM(R388) Extrazellulär- und Transmembran-Domäne des FGFR4(R388) von AS 1-396 in pLXSN (PCR kloniert über EcoRI- und XhoI-Überhänge aus Oligos HJB55/57)
diese Arbeit
pEGFP-FGFR4(G388) GFP cDNA von FGFR4(G388) mit GFP-Fusion am C-Terminus (pEGFP1 XhoI und DraI verdaut, pcDNA3-FGFR4(G388)VSV XhoI und NheI verdaut; CIAP-Behandlung und Ligation von Vektor und Insert)
diese Arbeit
pEGFP-FGFR4(R388) GFP cDNA von FGFR4(R388) mit GFP-Fusion am C-Terminus (pEGFP1 XhoI und DraI verdaut, pcDNA3-FGFR4(R388)VSV XhoI und NheI verdaut; CIAP-Behandlung und Ligation von Vektor und Insert)
diese Arbeit
pZC-FGFR4(G388)ex-TAP Extrazellulär- und Transmembran-Domäne des FGFR4 mit Calmodulin- und ProteinA-Bindedomänen am
pZC-FGFR4(R388)ex-TAP Extrazellulär- und Transmembran-Domäne des FGFR4 mit Calmodulin- und ProteinA-Bindedomänen am
pSUPER-Retro-siRNA66 siRNA generierender Vektor spezifisch
für FGFR4 aus Oligos HJB66/67 diese Arbeit pSUPER-Retro-siRNA70 siRNA generierender Vektor spezifisch
für FGFR4 aus Oligos HJB70/71 diese Arbeit pSUPER-Retro-siRNA74 siRNA generierender Vektor spezifisch
für FGFR4 aus Oligos HJB74/75
diese Arbeit pT4-NCAM120 NCAM120 cDNA in T4(pHβ-Apr-1
neo) kloniert
Frank Walsh, King´s College, London UK pT4-NCAM125 NCAM125 cDNA in T4(pHβ-Apr-1
neo) kloniert
Frank Walsh pT4-NCAM140 NCAM140 cDNA in T4(pHβ-Apr-1
neo) kloniert
Steve Moore, London School of
Hygiene and Trop.
Medicine UK;
Kateryna Kolkova, University of Copen-hagen Denmark pT4-NCAM180 NCAM180 cDNA in T4(pHβ-Apr-1
neo) kloniert
Frank Walsh pcDNA3-GFP “green fluorescent protein” als Insert diese AG II.6.3 Wichtige Oligonukleotide
Name Sequenz Definition
HJB 1 CCGGAATTCGGAGTCAGTGACGGTACAGG CD33 forward HJB 2 CCGGAATTCGCAGCTCCTCATCCATCTCC CD33 reverse
HJB 3 CCGGAATTCGTTCTCCTGTCCCAGGTGCT CDH13 forward
HJB 4 CCGGAATTCCCCTCGTTGACATCCAGGAC CDH13 reverse
HJB 5 CCGGAATTCTCTCGCGTCTCTCCTCCTTC CDH3 forward
HJB 6 CCGGAATTCCTGTGACCTGCCCACTGTCT CDH3 reverse
HJB 7 CCGGAATTCCCAGCCCTACCCAACTCTCT CDH6 forward
HJB 8 CCGGAATTCCCTCACCGTCTGTGATGCTG CDH6 reverse
HJB 9 CCGGAATTCGGAGCCTGCTTATCCTCCAG DSG2 forward
HJB 10 CCGGAATTCCTAGACTGCCCCCTTGATCC DSG2 reverse
HJB 11 CCGGAATTCGCAGCAGACACCAAGGTCAC DSC3 forward
HJB 12 CCGGAATTCGTCGCACGACACTGAGTTGG DSC3 reverse
HJB 13 CCGGAATTCCCTGATGGGCAGTCAACAGC ICAM1 forward
HJB 14 CCGGAATTCCCCATTATGACTGCGGCTGC ICAM1 reverse
HJB 15 CCGGAATTCCTGACTGTGGCCCTCTTCAC ICAM2 forward
HJB 16 CCGGAATTCGACAGCAACACCGACACCAC ICAM2 reverse
HJB 17 CCGGAATTCGGTCTCTGTTCCCTCTGTCG ICAM4 forward
HJB 18 CCGGAATTCCAGGGTCACCACCAAGTAGC ICAM4 reverse
HJB 19 CCGGAATTCCAGCAGGACAGGGTTACTGC ITGA5 forward
HJB 20 CCGGAATTCCTGGGTGTCTGACGAGTCCT ITGA5 reverse
HJB 21 CCGGAATTCGCAGCTGTGCTTGCTCTACC ITGA6 forward
HJB 22 CCGGAATTCGGAGGCATATCCCACTAGGC ITGA6 reverse
HJB 23 CCGGAATTCCTAGACGTGGACAGTCCTGC ITGAV forward
HJB 24 CCGGAATTCCTTGGTGGCATGCTTCGAGC ITGAV reverse
HJB 25 CCGGAATTCCCAGCTAAGCTCAGGAACCC ITGB1 forward
HJB 26 CCGGAATTCCACAGACACCAAGGCAGGTC ITGB1 reverse
HJB 27 CCGGAATTCGGACCTCTCCTACTCCATGC ITGB2 forward
HJB 28 CCGGAATTCGTACTTGCCACAGGGTGAGG ITGB2 reverse
HJB 29 CCGGAATTCGTGAAGAGCTGCACGGAGTG ITGB4 forward
HJB 30 CCGGAATTCGCAGAACTGACCCTCGTAGC ITGB4 reverse
HJB 31 CCGGAATTCTCAGGGTCCCACTGGAAGAC COL XIII A1
forward HJB 32 CCGGAATTCCCCTGGAAGCCTTTCTCTCC COL XIII A1 reverse
HJB 33 CCGGAATTCGGCCTCTGAAGGAGGAGAAG MCAM forward
HJB 34 CCGGAATTCCCAGCTCCAGGAAGAGGATG MCAM reverse
HJB 35 CCGGAATTCGGATGGCAGTGAGTCAGAGG NCAM forward
HJB 36 CCGGAATTCGCTTAGGTGCACTGGGTTCC NCAM reverse
HJB 37 CCGGAATTCAGTCCTGCTGACCCTTCTGC PECAM forward
HJB 38 CCGGAATTCTCCTCTCCAGACTCCACCAC PECAM reverse
HJB 39 CCGGAATTCGACAACTTCTCCGGCTCAGG SDC1 forward
HJB 40 CCGGAATTCGGAGTAGCTGCCTTCGTCCT SDC1 reverse
HJB 41 CCGGAATTCGTCGATCCGAGAGACTGAGG SDC4 forward
HJB 42 CCGGAATTCCAGAGGAGCTCTGGATGAGG SDC4 reverse
HJB 43 CCGGAATTCGGGACCACATCTACGCTGAC VCAM1 forward
HJB 44 CCGGAATTCGAGGAAGGGCTGACCAAGAC VCAM1 reverse
HJB 45 CCGGAATTCATGAGGTGTGAGTGGGATGG gp130 forward
HJB 46 CCGGAATTCCAGAACAGCACTCCCAGAAG gp130 reverse
HJB 47 CCGGAATTCCTTGGGGATGTGCCTAGACC CAV1 forward
HJB 48 CCGGAATTCCAAAGAGTGGGTCACAGACG CAV1 reverse
HJB 49 CCGGAATTCCCAGGAGTACCAGGACAAGC COL IV A1 forward HJB 50 CCGGAATTCAGTCCCGGTAGACCAACTCC COL IV A1 reverse
HJB 51 CCGGAATTCCCAAGTCCTGTCACCTGTGC LAMC1 forward
HJB 52 CCGGAATTCGTATCTCGCCTGTCCACTCG LAMC1 reverse
HJB 53 CCGGAATTCCCGTGTCACCTACCAGAACC CD171 forward
HJB 54 CCGGAATTCCACCAAGAGCTGTGCCCTAC CD171 reverse
HJB 55 CCGGAATTCGCCACCATGCGG
CTGCTGCTGGCCCTGTTGG FGFR4 forward
HJB 56 CCGCTCGAGTTAGTCCGTATACCTGGCCTCGG FGFR4Sol reverse
HJB 57 CCGCTCGAGTTAGTGGAGC
HJB 64 GCGTCTGTAGAGGCTTCTGG NCDH forward
HJB 65 GTGCTTGGAGCCTGAGACAC NCDH reverse
HJB 66 GATCCCCGAGCAGGAGCTGACAGTAGTTCAAGAGAC
HJB 68 GATCCCCTGTCAGGGTTCTGCTCGGCTTCAAGA
HJB 79 TCGATACAGCCCGGCCAGCAGCAGG FGFR4TMGly-TAP
reverse (inverse PCR)
HJB 80 GCATACTTCTGCCTGCTGGG FGFR4TMGly-TAP
reverse (inverse PCR)
HJB 81 CTGCTGGCCGGGCTGTATCGAGGG FGFR4TMGly-TAP
forward (inverse PCR)
HJB 82 TCCAGGATAACTGTGACTCC MSP forward
HJB 83 GGACTTAACATGGGCTATGC MSP reverse
HJB 84 AGGATGCAGATGTCTCCAGC PAI1 forward
HJB 85 CCAGATGAAGGCGTCTTTCC PAI1 reverse
HJB 86 TGTTTCCTGCAACGATCACG PRL forward
HJB 87 GGAACGGATCATTAAGGACC PRL reverse
HJB 88 AGAATTCTGCCACCATGTCTCAGAGCAACC BclXL forward
HJB 89 GGGTGATGTGGAGCTGGGATGTC BclXL reverse
HJB 90 ACCACAGTCCATGCCATCAC GAPDH forward
HJB 91 TCCACCACCCTGTTGCTGTA GAPDH reverse
II.7 Molekularbiologische Methoden