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10. ¨Ubung zur Vorlesung “Bioinformatische Methoden in der Genomforschung”

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10. ¨ Ubung zur Vorlesung

“Bioinformatische Methoden in der Genomforschung”

Sebastian B¨ocker, Martin Hoffmann Ausgabe: 19.01.2018

Abgabe: 25.01.2018

Aufgabe 1 (5 Punkte)

Berechnen Sie die PWM (Position Weight Matrix) f¨ur die folgende Menge an Strings:

1. ACGTAGATCGAT 2. CGATATCGATGC 3. CGCTATATCGGA 4. AGCAGCTAGTTT 5. AAAGCTGAGCTT 6. ACGACGTAGCTA 7. ACGATCGATAAA 8. TCTAGGTGATCA Aufgabe 2 (5 Punkte)

Was sind die Problemstellungen des Motif-finding Problems? Erkl¨aren Sie in eigenen Worten (inklusive Erw¨ahnung der bereits in der Vorlesung erw¨ahnten L¨osungsans¨atze und ihrer Schwierigkeiten).

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