Ralf Lützkendorf
Prof. Dr. Dr. Johannes Bernarding
02.03.2012
Ablauf, Datenaufkommen und
Auswertung eines klassischen DW-MRT
Experiments
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Grundlagen
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Einführung DTI/DWI
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Software
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Daten
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Übersicht Ablauf/Daten
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Datentransport und -sicherung
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Berechnungsbeispiel
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Metadaten
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Zusammenfassung/Probleme
Inhalt
LABIMI-f Workshop 2012
http://de.wikibooks.org/wiki/Neuroanatomie
Einführung DTI/DWI
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Einführung DTI/DWI
Neuronen
Neuronen und Diffusion
LABIMI-f Workshop 2012
Einführung DTI/DWI
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CT – Aufnahme DWI – Aufnahme
Anwendung – Beispiel 1
LABIMI-f Workshop 2012
Tensor-Matrix
Ellipsoid
D =
𝐷
𝑥𝑥𝐷
𝑥𝑦𝐷
𝑥𝑧𝐷
𝑥𝑦𝐷
𝑦𝑦𝐷
𝑦𝑧𝐷
𝑥𝑧𝐷
𝑦𝑧𝐷
𝑧𝑧Einführung DTI/DWI
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Einführung DTI/DWI
LABIMI-f Workshop 2012
Software
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MRT-
Sequenz Rekonstruktion Preprocessing Processing Fibertracking
Scan Parameter (PDF – File) Probanden Parameter (Laborbuch) Experimentablauf (Laborbuch)
Parameter Parameter Start-, Weg- und
Zielmasken
(*.img, *.nifti, *.dicom)
(Frequenzraum) (Bilddaten) (Korrekturen)
Übersicht Ablauf/Daten
LABIMI-f Workshop 2012
MRT Host
Desktop
Cluster Transfer-Rechner NAS
Datentransport und -sicherung
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Standard DWI Datensatz
• 1 Proband (gesamtes Gehirn)
• Auflösung = 184 x 184 pixel
• Voxelgröße = 1,2 mm³
• Schichten = 115
• Richtungen = 60 + 7
Rohdaten (Frequenzraum) 35,06 GByte
Bilddaten (DICOM)
67 * 8.335.330 Byte = 532 MByte
Vektoren 97,0 MByte
Berechnungsbeispiel
LABIMI-f Workshop 2012
PDF:
- Sequenzparameter
Laborbuch:
- Experimentparameter - Probandendaten
Metadaten
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Offizielle Notation:
- Probandenkürzel
- Laufende Nummer (MR Messungen)
- Transfernummer ( Host zum Transferrechner) Beispiel:
XY_0100_nr1200
Persönliche Notation:
- Laufende Nummer für eigene Messungen am 3T / 7T - Laufende Nummer für Probanden
Beispiel:
01_7T_XY12_01_Beschreibung
Metadaten
LABIMI-f Workshop 2012
• Große Datenmengen (NAS)
• Ergebnisse
• Vielzahl an Metadaten (Digital und in Papierform)
• Probleme
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Keine Vereinheitlichung
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Frequenzraum Daten?
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Zwischenergebnisse?
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Laborbuch ?
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