3 Eigene Untersuchungen
3.5 Sequenzanalyse
3.5.1 Verwendete Computerprogramme
Die eingesetzten Computerprogramme und Datenbanken werden vorab in der Tabelle 3.5.1-1 zusammengefasst. Neben den Anwendungen für die Sequenz-analyse wird auch die Software für die Erarbeitung des universellen PCR-Typisierungsschemas aufgeführt.
Tabelle 3.5.1-1: Computerprogramme und Datenbanken unter Berücksichtigung des Verwendungszweckes
Programm Verwendete Optionen
Bezugsquelle/In-ternetadresse Referenz
Anwendungen, die direkt über das Internet betrieben werden (Online-Anwendungen) BANKIT Übermittlung von
Sequenzdaten an die NCBI®
-Gendatenbanken
http://www.ncbi.nl m.nih.gov/BankIt/
Sequenzverwaltung des National Center for
Biotechnology Information (NCBI), Bethesda, USA BLAST Vergleichende
Nukleotid- und Proteinsequenz-datenbankabfrage
www.ncbi.nlm.nih.
gov/BLAST
ALTSCHUL et al. (1990):
"Basic local alignment search tool." J. Mol. Biol. 215, 403-410.
GeneScan Identifizierung kompletter Gen-strukturen in genomischer DNA
http://genes.mit.ed u/GENSCAN:Html
BURGE und KARLIN (1997):
Prediction of complete gene structures in human genomic DNA. J. Mol. Biol. 268, 78-94 GENOMOME Darstellung des
Genoms von E. coli EDL 933
www.ncbi.nlm.nih.
gov LOCUS
LINK/ENTREZ GENE
Darstellung der Genlokalisation im Genom, Genaufbau
www.ncbi.nlm.nih.
gov
Datenbanken des National Center for Biotechnology Information (NCBI), Bethesda, USA
3.5 Sequenzanalyse 87
Fortsetzung Tabelle 3.5.1-1: Computerprogramme und Datenbanken unter Berücksichtigung des Verwendungszweckes
Programm Verwendete Optionen
Bezugsquelle/In-ternetadresse
Referenz
Anwendungen, die direkt über das Internet betrieben werden (Online-Applikationen) NUCLEOTIDE
Nukleotidsequenz-datenbankabfrage
http://www.ncbi.nl m.nih.gov
STRUCTURE Proteinstruktur-datenbank
http://www.ncbi.nl m.nih.gov
Datenbanken des National Center for Biotechnology Information (NCBI), Bethesda, USA
TIGR Comprehensive
Microbial Resource (CMR): Bakterielle Genomdatenbank
http://www.tigr.org/
CMR2
PETERSON et al. (2001):
The Comprehensive Microbial Resource. Nuc.
Acids Res. 29, 123-125.
Anwendungen, die auf lokalen Computersystemen installiert werden („Stand alone“-Applikationen)
BioEdit V7 Alignment, Bearbeitung von Sequenzrohdaten
http://www.mbio.n csu.edu/BioEdit/bi oedit.
html
HALL (1999): BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows
95/98/NT. Nucl. Acids. Symp.
Ser. 41, 95-98.
Chromas V 1.43
Darstellung von Sequenzrohdaten im BIN-Format
http://www.basic.n wu.edu/biotools/
Chromas.html
Betrieben durch „School of Biomolecular and Biomedical Science and Technology, Griffith University, Brisbane, Queensland, Australia”
Fortsetzung Tabelle 3.5.1-1: Computerprogramme und Datenbanken unter Berücksichtigung des Verwendungszweckes
Programm Verwendete Optionen
Bezugsquelle/In-ternetadresse
Referenz
Anwendungen, die auf lokalen Computersystemen installiert werden („Stand alone“-Applikationen)
Clone ManagerTM
Auswahl von Restriktionsen-donukleasen
http://www.scied.
com/sescat.htm
Scientific & Educational Software, 600 Pinner Weald Way Ste 202, Cary, NC 27513 USA
Cn3D 4.1 Darstellung von
3D-Proteinstrukturen
http://www.ncbi.
nlm.nih.gov/
structure/CN3/
cn3d.shtml
Produziert durch das National Center for Biotechnology Information (NCBI), Bethesda, USA
DnaSP.4.00 Darstellung, Berechnung von Nukleotidpoly-morphismen und Sequenzvariatio-nen
http://www.ub.es/
dnasp
ROZAS. und ROZAS (1995):
DnaSP, DNA sequence polymorphism: an interactive program for estimating Population Genetics parameters from DNA se-quence data. Compu. Applic.
Biosci. 11, 621-625 EditSeqTM
Sequenzbearbeitung und -translation
http://www.dna-star.com
Programmpaket „Lasergene, DNASTAR Inc. Wisconsin, USA“
HAPPLOT Vergleichende grafische Darstel-lung von Se- quenzpolymor-phismen
http://www.shiga-
tox.net/cgi-bins/stec/happlot
Betrieben durch “Microbial Evolution Laboratory der Michigan State University“
HON-NEW Bewertung nonsyno-nymer Mutationen anhand der Verän-derungen der Amino-säureeigenschaften (Ladung, Größe, Hydrophobie)
Persönliche
Zusendung ZHANG, J. (2000): Rates of conservative and radical nonsynonymous nucleotide substitutions in mammalian nuclear genes. J. Mol. Evol.
50, 56-68
3.5 Sequenzanalyse 89
Fortsetzung Tabelle 3.5.1-1: Computerprogramme und Datenbanken unter Berücksichtigung des Verwendungszweckes
Programm Verwendete Optionen
Bezugsquelle/In-ternetadresse
Referenz
Anwendungen, die auf lokalen Computersystemen installiert werden („Stand alone“-Applikationen)
MapDrawTM Auswahl von Restriktionsendo-nukleasen
http://www.dna-star.com
Programmpaket „Lasergene, DNASTAR Inc. Wisconsin, USA“
MEGA 3 Alignment, Analyse von Sequenzpoly-morphismen, Phy-logenetische Stammbäume
http://www.mega-software.net/
KUMAR, S. et al. (2004a):
MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and
sequence alignment. Brief. in Bioinformatics 5, 15-163 MegAlignTM Alignment,
Phylo-genetische Ana-lyse
http://www.dna-star.com
Programmpaket „Lasergene, DNASTAR Inc. Wisconsin, USA“
MS Oligo V. 4.0
Primer-Design http://www.oligo.
net/dnasis:Htm
Programmpaket „OLIGO, Primer Analysis Software, Molecular Biology Insights Inc., USA“
PAML 3.14 Maximum Likeli-hood Kalkulationen
http://www.aba-cus.gene.ucl.ac.
uk/software/
YANG (1997): PAML: a program package for phylo-genetic analysis by maximum likelihood. Comp.Appl.
BioSciences 13, 555-556 Primer
ExpressTM
Primer-Design http://www.ap-pliedbiosystems.
com
Applied Biopsystems, Darmstadt, Germany
PSFIND Markierung von Polymorphismen, Konvertierung in HAPPLOT-For-mate
http://www.shiga-tox.net/cgibins/
stec/psfind
Betrieben durch “Microbial Evolution Laboratory der Michigan State University“
RPD V. 2.0 Detektion, Analyse von Rekombination
http://darwin.uvi-go.es/rdp/rdp.html
MARTIN und RYBICKI (2000):
RPD: Detection of recombination amongst aligned sequences.
Bioinformatics 16, 562-563
Fortsetzung Tabelle 3.5.1-1: Computerprogramme und Datenbanken unter
Berücksichtigung des Verwendungszweckes
Programm Verwendete Optionen
Bezugsquelle/In-ternetadresse
Referenz
Anwendungen, die auf lokalen Computersystemen installiert werden („Stand alone“-Applikationen)
SCR3 Bewertung nonsy-nonymer Mutatio-nen anhand der Änderungen der Aminosäureeigen-schaften (z. B.
Ladung, Größe)
Persönliche Zusendung
HUGHES et al. (1990):
Positive Darwinian Selection Promotes Charge Profile
Diversity in the Antigen-binding Cleft of Class I
Major-Histocompatibility-Complex Molecules.“ Mol. Biol. Evol. 7, 5 15-524; HUGHES und FRIEDMAN (2000):
Evolutionary Diversification of Protein-Coding Genes of Hantaviruses. Mol. Biol. Evol.
17, 1558-1568 SeqManTM Vergleich von
Sequenzrohdaten
http://www.dna-star.com
Programmpaket „Lasergene, DNASTAR Inc. Wisconsin, USA“
SplitsTree 3.2 SplitsTree 4.0b
Grafische Darstellung phylogenetischer Beziehungen
http://www- ab.informatik.uni-tuebingen.de/
software/splits/
welcome_en.html
HUSON (1998): SplitsTree:
Analyzing and visualising evolutionary data. Bioinf. 14, 68-73; HUSON und BRYANT (2006): Application of
Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies. Mol. Biol.
Evol. 23, 254-267, Epub 2005
3.5 Sequenzanalyse 91